На Тихоокеанской эскадре мичман Шмидт получил назначение на мореходную канонерскую лодку «Бобр», которой в то время командовал капитан второго ранга Михаил Павлович Молас. Императорский русский флот имел заграничные базы вроде Порт-Артура и так называемые стационары, где постоянно могли стоять русские военные суда. Такими стационарами для канлодки «Бобр» являлись Шанхай в Китае и Нагасаки в Японии. Естественно, семьи офицеров тоже жили за границей и вкушали все прелести азиатского комфорта и экзотики.

Всё вновь стало катиться под откос в Японии, в Нагасаки, когда жена Шмидта потребовала от хозяина квартиры Катаоки выполнения всех пунктов контракта по найму площади, а тот ответил ей грубостью. Шмидт страшно возмутился, потребовал от японца извинений, но тот отказался. Тогда Шмидт отправился к российскому консулу Костылеву и пригрозил: если японца примерно не накажут, он убьёт его прямо на улице или поймает и прикажет матросам выпороть.

— Помилуйте, голубчик, — пытался успокоить Шмидта консул. — Мы и так делаем всё возможное.

— А я не могу ждать! — отрезал Шмидт.

Офицер устроил скандал, что ещё больше напугало дипломата и вынудило обратиться к командиру корабля «Бобр». М. П. Молас не имел права скрывать подобную информацию и был вынужден по уставу поставить в известность походный штаб эскадры, размещавшийся на флагманском корабле «Память Азова». В штабе не остались равнодушными к угрозам русского морского офицера в отношении иностранного подданного — убийство или самосуд сильно пахли серьёзным дипломатическим скандалом! И тут кто-то из бывших сослуживцев Шмидта по Черноморскому флоту вспомнил: скандальный мичман уже лечился от сильнейшей неврастении.

— Сейчас 1896 год, — прикинул командующий эскадрой. — В отставку мичмана Шмидта уволили в 1889 году. Семь лет прошло! Будет не лишним, если его вновь освидетельствуют судовые врачи.

Консилиум собрался у флагманского врача, статского советника В. Смецкого. По рекомендации консилиума и просьбе врача канонерской лодки «Бобр» Н. П. Солухи командование приняло решение о госпитализации Шмидта, уже получившего чин лейтенанта: болезнь не ушла, а продолжала прогрессировать. Отношение к лейтенанту Шмидту в целом оставалось со стороны командования и офицеров вполне благожелательным. Лейтенанта не третировали, из рядов офицерского морского корпуса не изгоняли. Никто не устраивал судов офицерской чести и не предлагал Шмидту подать в отставку. Будущий «революционный герой» имел выбор: остаться служить на Тихом океане, перевестись на другой корабль, вернуться в Кронштадт или подать в отставку. Он сам выбрал последнее.

Ещё в Японии Пётр Петрович узнал, что русскому торговому флоту требуются помощники капитанов на приходящие в Японию и Китай суда. Уволившись в отставку, Шмидт стал помощником капитана парохода «Кострома». Затем он перешёл служить на пароход «Диана», который потерпел катастрофу.

Оставшись без присмотра военных медиков и не находясь в рамках военной дисциплины, Пётр Шмидт более не лечился и не обследовался. Возможно, останься он на флоте и продолжай регулярно лечиться в военных госпиталях, никакой трагедии не случилось бы. Но…

Позднее произошёл разрыв с женой. Причиной была всё та же психическая болезнь — увлечённость революционными идеями на уровне маниакальности. Доминика Гавриловна этого не понимала: она не желала жертвовать семейным счастьем, мужем и ребёнком ради непонятных идей. О том, что совершил муж, что ему грозит смертная казнь, несчастная женщина узнала, находясь в Санкт-Петербурге. В конце декабря 1905 года она принесла в газету «Новое время» письмо, в котором рассказала о психическом заболевании мужа. Письмо было опубликовано 3 января 1906 года. Вся прогрессивная общественность всколыхнулась. Однако сам Шмидт, находившийся в казематах Очаковской крепости, официально отказался от жены и отказался признать себя психически больным. Он даже категорически отказывался проходить медицинскую экспертизу, прекрасно зная, каким будет её заключение. Тогда весь ореол революционного героя и мученика немедленно исчезал, и оставался только измученный психической болезнью человек.

6 марта 1906 года бывший лейтенант флота Пётр Шмидт был казнён. Его расстреляли. Как бывшего офицера и военного преступника. После октября 1917 года, когда срочно понадобились «красные святые», имя Шмидта подошло как нельзя лучше во всех отношениях. Вот только психика немного подкачала. Большевики решили вопрос просто: о психическом заболевании умолчали, а потом это стало тайной на долгие десятилетия…