Для многих тевтонских рыцарей, тоскующих по славному прошлому ордена, польская опека была тяжелой и унизительной. Поэтому после смерти магистра Иоанна фон Тифена генеральный капитул ордена предложил магистратуру иностранному принцу, у которого не было соответствующих уставу ордена регалий, но его положение могло бы обеспечить новый взлет ордену. Выбор пал на герцога Фридриха Саксонкого, который мог рассчитывать на поддержку императора и немецких принцев. Фридрих прибыл в Кенигсберг 28 сентября 1498 г. и высказал свои пожелания, что обеспечило ему должность магистра. Король Польши пригласил Фридриха преклонить перед ним колени, но безуспешно. Новый магистр обратился к имперскому Совету, которому напомнил, что мир 1466 г. не был ни подтвержден, ни отвергнут Святым Престолом и империей. Фридрих осознавал, что его отказ преклонить колени перед королем Польши может спровоцировать новую войну. Во время заседания Генерального капитула ордена, состоявшегося в 1507 г., было принято решение взимать налог для набора войск и о реорганизации обороны. Каждый житель должен был вооружится за свой счет, обеспечить себя доспехами, аркебузой или арбалетом под угрозой лишения гражданских прав. Новый магистр таким образом пытался восстановить армию. Он попытался даже получить от Совета империи, собравшегося в Вормсе, карательные санкции для Данцига, Эльбинга и Торна (Торунь) за их измену во время Тринадцатилетней войны, но король Польши Сигизмунд I запретил представителям упомянутых городов отправляться в Вормс.

После смерти магистра Фридриха, которая последовала 14 декабря 1510 г., вопрос о подчинении королю Польши все еще не был урегулирован. Проблема выбора нового магистра стала еще острее. Капитул назначил нового магистра, маркграфа Бранденбургского Альбрехта, сына Фридриха Старшего, маркграфа Брандебургского, и Софии, дочери короля Польши Казимира IV.

Как и его предшественник, Альбрехт не был братом ордена и должен был огласить свои намерения в Мариентале перед правителем Германии, который и посвятил его в рыцари. После чего Альбрехта известили об избрании, он принес клятву верности императору Максимилиану и империи, прежде чем отправится в Кенигсберг, куда и прибыл в ноябре 1512 г. Альбрехт отказался подчиниться королю Польши и требованиям Краковского Сейма, состоявшегося в апреле 1518 г., ответив, что получил свою власть от империи и что его предшественники клялись в верности империи, а не Польше, и что он намерен действовать так, как они. Король Польши Сигизмунд обратился к Карлу V; тот потребовал от магистра принести требуемую клятву, так как желал, чтобы христианские принцы жили в мире и объединялись «против врагов религии». Правда, в это время император был обеспокоен серьезным религиозным кризисом, который реформы Мартина Лютера спровоцировали во всей Центральной Европе, особенно среди немцев. Магистр Альбрехт расценил ответ Карла V как измену и снова уклонился от принесения клятвы, что привело к возобновлению войны с Польшей.

Положение магистра Альбрехта было весьма деликатным. По сравнению с польской армией, тевтонская не могла обойтись без помощи империи. Карл V, обеспокоенный распространением реформаторского движения в государстве и нападением турок на Центральную Европу, попытался склонить магистра договориться с Польшей. Четырехлетнее перемирие было подписано в 1521 г. между орденом и его польским соседом. Магистр увидел выгоду, которую может извлечь из религиозного конфликта, что разгорался в Германии. Предоставив регентство епископу Самбии, Альбрехт в 1522 г. отправился в Германию в сопровождении нескольких рыцарей; он посетил Вюртенберг, где у него состоялась длительная беседа с Лютером. Затем 28 марта 1522 г. магистр направил тевтонским рыцарям послание с требованием отречься от целибата и вступить в брак. Лютер отправил в Восточную Пруссию своих последователей, в частности бывшего францисканца Иоганна Брисмана, дабы проповедовать там идеи Реформы. И в Рождество 1525 г. епископ публично объявил о своем признании Реформы в Главной кирхе Кенигсберга. За несколько месяцев идеи Лютера восторжествовали в Тевтонской Пруссии; большинство командоров ордена, а также рыцарей присоединилось к епископу.

Говорили об отступничестве магистра Альбрехта Брандебургского. На самом деле правильнее будет узреть политический акт в его присоединении к реформе Лютера, даже при наличии религиозных мотиваций; он, согласно высказыванию Леонарда, безусловно нашел в идеях Лютера ответ на свои вопросы. Но он осознавал, что ордену, одновременно монашескому и воинскому, нет больше места в Европе, раздираемой на части государствами, пекущимися о собственной независимости и думающими лишь о своих интересах; он видел, что Карл V не может или не хочет помочь ордену вернуть былую славу. Если попытаться спасти хоть что-то в тевтонском государстве, иного пути кроме компромисса с Польшей не просматривалось, и он решил этот вопрос как светский принц, а не как глава религиозного ордена. Отрекшись от монашества, Альбрехт Брандебургский начал переговоры с Польшей. Краковским договором от 8 апреля 1525 г. бывший великий магистр ордена Сятой Марии Немецкой признал себя вассалом короля Польши и получил от последнего в вотчину герцогство Пруссия, «передаваемое по наследству и неделимого с правом передачи по прямой и по боковой линиям».

Пруссия для Тевтонского ордена была потеряна; она становилась светским государством, и герцог Альбрехт Брангдебург-Ансбахский из рода Гогенцоллернов тотчас же принес клятву верности польскому королю. Там, где тремя столетиями раньше Герман фон Зальца заложил основы государства, которым правил орден монахов-воинов, родилось светское государство, присоединившееся к лютеранской Реформе и отошедшее от римского влияния, но тесно связанное с польской Короной, которой были переданы в мае 1526 г. архивы и документы ордена.

Секуляризация имущества ордена в восточной Пруссии вскоре после аннексии Польшей западной Пруссии и присоединения к протестантской реформе магистра Альбрехта Брандебург-Ансбахского спровоцировали серьезный кризис во всех тевтонских провинциях, особенно в Священной империи. Традиционные защитники тевтонских рыцарей, папа Клемент VII и император Карл V, были первыми, кто выразил свое возмущение отступничеством и изменой магистра и признал незаконными действия герцога Альбрехта Прусского, вассала короля Польши.

Первым отреагировал командор Германии Дитрих фон Клейн, который в июне 1526 г. публично осудил магистра за измену. Вскоре во время чрезвычайного генерального капитула, состоявшегося в Денворте, Дитрих фон Клейн был признан главой ордена до официальных выборов нового магистра; во избежание всяких провокаций, способных привести к новым секуляризациям, генеральный капитул решил, что тот, кто отделится от ордена, тем самым автоматически исключает себя из оного и лишается права пользования имуществом, которым орден его наделил. Тот же генеральный капитул поручил командору Вальтеру фон Кронбергу обратиться к Совету с требованием осудить отступничество герцога Альбрехта и кражи, совершенной им, когда он перевел церковное имущество Пруссии в имущество светское. Затем Дитрих фон Клейн созвал 16 декабря 1526 г. генеральный капитул в Мариентале для избрания нового магистра.

Центральная и Южная Германии были охвачены восстаниями и крестьянскими войнами. Многочисленные крестьяне, преувеличивающие значимость реформы Лютера, восстали против своих светских и церковных правителей. Сам Лютер, обеспокоенный беспорядками, осудил их. В городе, опустошенном и разграбленном крестьянами Франконии, состоялся генеральный капитул. Избирательная коллегия единодушно избрала командора Франкфурта Вальтера фон Кронберга новым магистром Тевтонского ордена; капитул изъявил желание, чтобы отныне должность магистра ордена исполнял командор Германии, что и было принято Карлом V и утверждено императорским указам от 18 января 1527 г.