В 1969 г РТЩ, выполненные в серийной конфигурации, дважды проходили летные испытания на Як-40 № 08 нулевой серии. Первый раунд испытаний с участием ОКБ и ЛИИ проходил с 20 февраля по 25 марта 1969 г Было рекомендовано провести ряд мер, в тч. устранить тряску руля направления и кабрирующий момент, возникавшие при выпуске РТЩ. После доработок 23–29 июля 1969 г в Шереметьево прошел второй раунд испытаний. Было констатировано, что теперь РТЩ можно рекомендовать для внедрения в серийное производство, что и сделали с самолета № 0113 (III квартал 1970 г, 102-й самолет, СССР-87643).

На самолете СССР-1967 провели отработку ряда других улучшений, в т. ч. изменения воздухозаборника среднего двигателя. Для повышения газодинамической устойчивости срез его обечайки сделали косым и добавили продольное ребро, нейтрализующее надфюзеляжные вихри, образующиеся при скольжении.

Сборка Як-40 на Саратовском авиазаводе

Пятёрка Як-40 на 2-м этапе ГСИ. Слева направо — первые четыре самолёта нулевой серии и первый прототип

5-й самолет нулевой серии

* В различных публикациях указывают 1011 построенных Як-40.

Очевидно, в это количество включают первый летный прототип и машину для статиспытаний.

Благодаря этому повысилась устойчивость работы двигателя. Это изменение обрело прописку на всех последующих Як-40, Весной 1969 года самолете № 07 нулевой серии (СССР-87672) испытали укороченные воздухозаборники боковых двигателей, которые затем также внедрили в серию.

В ходе испытаний отмечалось, что при эксплуатации самолета на грунтовых аэродромах с размокшим верхним слоем, а также с каменисто-галечными включениями не обеспечена защита двигателей АИ-25 от попадания частиц воды, грязи и грунта. С учетом этого ОКБ-115 проработало мероприятия по обеспечению соответствующей защиты двигателей. На серийных самолетах стали ставить небольшой грязевой щиток переднего колеса. Однако щиток и его тяги оказались подвержены повреждениям, требовавшим ремонта и вызывавшим дополнительные простои самолетов. Поэтому, начиная с 27-й серии, этот щиток ставить перестали.

С I квартала 1971 г, начиная с самолета № 0116 (113-й экз., СССР-87797), Як-40 стали штатно оснащать автопилотом «Кремень-40». Начиная с самолета № 1919 (IV квартал 1971 г), стали устанавливать крыло с 4 т топлива взамен крыла с 3 т топлива, что повысило дальность до 1300 км. Это крыло прошло испытания на Як-40 № 0316, который в одном из документов проходит как Як-40Б (в дальнейшем это обозначение не встречается).

Примерно в то же время (не позже 20-й серии) на Як-40 исчез пулеобразный обтекатель на вершине киля. Практически тогда же, со 196-го самолета, стали устанавливать стойки шасси с увеличенным ресурсом, что повысило эксплуатационную надежность, а также внедрили укороченные спереди мотогондолы, что повысило устойчивость работы двигателей на больших углах атаки. Тогда же убрали «перообразный» зализ на стыке задней части мотогондолы с пилоном.

В июле 1973 г с самолета № 0829 (СССР-87313) стали устанавливать устройство аварийного слива топлива. С марта 1974 г, с самолета № 0133 (СССР- 87389), внедрили двухпроводную систему управления стабилизатором, что значительно повысило безопасность полетов. С сентября того же года, с самолета № 0137 (СССР-87462), была установлена новая, более надежная система стопорения рулей и элеронов.

Среди видимых отличий подавляющего большинства серийных Як-40 от опытного (слева) — косой срез надфюзеляжного воздухозаборника и ребро под ним

Опытное реверсивно-тормозное устройство (РТУ) с убранными и выпущенными щитками

Серийное РТУ

Испытания Як-40 на раскисшем грунтовом аэродроме. Справа — носовая опора шасси с грязевым щитком

Многочисленные трансформации претерпела в серии компоновка пассажирского салона Як-40. 24-местный вариант с 3 т топлива выпускался до ноября 1970 г. (последний такой самолет № 1014, СССР-87875). Изначально такие лайнеры имели по 8 окон с каждого борта, что соответствовало 8 рядам по 3 кресла в каждом. Последнее заднее окно с каждого борта было вписано в аварийный выход.

27-местный вариант с 3 т топлива был отработан на экземпляре № 06 нулевой серии (СССР-87731, по другим данным — СССР-19676, позже СССР-87671). Акт по геи пассажирского и бытового оборудования был утвержден 17 декабря 1969 г В отличие от 24-местного варианта, заднюю перегородку салона перенесли с 26 на 27 шпангоут и установили 9-й ряд пассажирских кресел, в связи с чем на каждом борту появился дополнительный 9-й иллюминатор. Аварийные выходы остались на прежнем месте. Появились бар и откидное сиденье проводника, изменилась компоновка кабины экипажа. Объем правого багажника уменьшили, а левый вовсе упразднили. Самолет мог перевозить 27 пассажиров и не более 10 кг багажа на каждого. МАП и МГА утвердили эту компоновку 26 февраля 1970 г С ноября 1970 г 27-местный вариант выпускался серийно (с 1-го экземпляра 15-й серии, борт СССР-87786). Первоначально самолеты продолжали строить с крылом, баки которого вмещали 3 т керосина, а с 4-го квартала 1971 г на смену пришел вариант с 4 т топлива.