На завод прибыл новый Главный Конструктор В.П. Горбунов. К 1941 г. общие производственные площади завода составили свыше 106 тысяч м 2. Но и этого было мало. На базе мастерских таганрогского авиационного техникума был создан цех шасси. Шла огромная работу по освоению нового самолета и уже 23 февраля 1941 г. в зимнее небо взлетел первый ЛаГГ-3 таганрогской сборки. В мае завод перешел на суточный план- график выпуска истребителей и к началу войны ежедневно с завода отправляли в строевые части до 6 истребителей.

С началом войны новые самолеты перегоняли в Ростов, где на ЛаГГ-3, один за другим, перевооружали отведенные с фронта истребительные полки. Были дни, когда с завода отправляли на фронт до 8-10 истребителей.

Но фронт приближался к городу и 8 октября 1941 г. был получен приказ об эвакуации. Всего восемь суток получили таганрожцы на эту титаническую работу. Были демонтированы сотни единиц оборудования, станков, стапелей. Все это и задел истребителей, материалы грузилось в эшелоны и баржи и увозилось в глубокий тыл.

Всего за 1941–1944 гг. завод № 31 в Таганроге и потом после эвакуации в Тбилиси в общей сложности построил 2550 истребителей ЛаГГ-3. В Тбилиси в годы войны серийно строились также истребители Ла-5. Ла-5ФН, Як-3. После окончания войны в Тбилиси осталось крупное самолетостроительное предприятие, возникшее в ходе эвакуации сюда в 1941 г. Таганрогского авиационного завода № 31, Севастопольского авиаремонтного завода № 45 и только начинавшего строиться Тбилисского авиаремонтного завода № 448. Но это отдельная история нового завода.

30 августа 1943 г. Таганрог был освобожден и уже 2 сентября начались восстановительные работы. В июле-августе фашисты уходя, взорвали основные цеха завода. Героическими усилиями тысяч авиастроителей завод, получивший № 86, был в основном восстановлен к 1950 г. Но еще в годы войны и разрухи в оставшихся цехах шли ремонтные работы, а многие заводчане в составе фронтовых авиаремонтных бригад ремонтировали боевые самолеты.

После начала Великой Отечественной войны ОКБ Г.М. Бериева эвакуируется сначала в Омск, а затем в Красноярск. Там ОКБ помогало в короткие сроки наладить производство самолетов Бе-4 (КОР-2) на новом месте (всего выпущено около 44 машин).

Во время войны, откликаясь на требования фронта, в ОКБ создается несколько проектов боевых самолетов. Но все же приоритет отдавался перспективному проектированию морских самолетов, таких как разведчик открытого моря МДР-10. На основе этого проекта была разработана летающая лодка — дальний морской разведчик ЛЛ-143 с двумя двигателями ALU-72. Два экземпляра этой машины были заложены в тяжелейших условиях эвакуации на красноярском заводе № 477 в 1944 г. Готовая летающая лодка была перевезена в Таганрог, куда в феврале 1946 г. вернулось и само ОКБ. 6 сентября 1945 г. состоялся первый полет ЛЛ-143.

Здесь же, в целях создания опытной базы морского самолетостроения, Постановлением СМ СССР от 21 июня 1946 г. конструкторское бюро было преобразовано в Государственный союзный опытный завод № 49.

Осенью 1946 г. на заводе № 86 было образовано ОКБ-86 НКВД СССР во главе с Р.Л. Бартини. Почти все ведущие конструкторы, начальники бригад, как и Главный Конструктор и его заместители были на положении заключенных.

СУ-2

Бе-6

Именно этими людьми был спроектирован, и практически построен к началу 1948 г. уникальный самолет Т-117. Это был первый в нашей истории широкофюзеляжный сухопутный самолет. В нем нашли воплощение многие идеи, значительно опередившие тогдашний уровень самолетостроения. Но самолет так и не был поднят в небо. Причиной этого стало с одной стороны сокращение бюджетного финансирования по министерству авиационной промышленности, с другой, тот факт, что двигатели ALU-73 были необходимы для тяжелых бомбардировщиков Ту-4 — единственных на тот момент носителей ядерного оружия.

Правда, потом идеи, заложенные в этой машине, нашли свое воплощение во многих самолетах ОКБ O.K. Антонова, т. к. еще в 1948 г. все чертежи, шаблоны, техдокументация были переданы в Киев.

10 июня 1950 г. завод № 86 был, наконец, переведен в первую категорию серийных заводов. В серийное производство был запущен гидросамолет Бе-6. Он строился серийно с 1952 по 1957 гг. Всего было выпущено 123 экземпляра Бе-6.

Параллельно с Бе-6 в конструкторском бюро был разработан легкий связной самолет-амфибия Бе-8 с одним мотором АШ-21. Шестиместный самолет-амфибия совершил свой первый полет с воды 3 декабря 1947 г. Хотя амфибия в 1948 г. выдержала государственные испытания, но в серийное производство так и не пошла. Основное внимание в этот период уделялось созданию боевых машин.