Кодрингтон, как и другие амбициозные капитаны, стремился к славе и отличиям. Унаследованный им от предшественников экипаж был собран большей частью с двух других кораблей, причем их бывшие командиры старались избавиться от худших людей, но Кодрингтон упорно и настойчиво тренировал его, добиваясь слаженности действий. "С моими способностями в поддержании дисциплины на борту, с упорством и заботливостью Крофта, который является одним из способнейших первых лейтенантов, встречавшихся мне, у меня нет ни малейшего сомнения в том, что вскоре корабль будет в наилучшем состоянии". Фримантл глубоко верил в благотворное влияние нельсоновского флагмана: "Мы и так превосходный флот, но полагаю, что месяца через три будем еще лучше. Энергичность и активность на борту «Виктори» послужат примером для отстающих и умножат их усилия по поддержанию порядка и дисциплины".

Приготовившись было покинуть Кадис во вторник первого октября, Вильнёв изменил свои планы. Он намеревался воспользоваться утренним ост-зюйд-остом [27] "в моем стремлении выполнить волю императора, не взирая ни на силу противника, ни на состояние большинства кораблей Объединенного флота". Но в этот день восточный ветер был порывистым, с дождевыми шквалами, а установившееся встречное течение затруднило бы прохождение Гибралтарским проливом в Средиземное море. Так, по крайней мере, Вильнёв объяснял министру. Однако на совете высших офицеров, который состоялся утром этого дня, от выхода в море его отговорил адмирал Гравина, который указывал не только на восточный ветер и силу неприятеля под командованием самого Нельсона, но и на преимущества защищавшего их порта, как это уже было в 1797 году.

Пока Вильнёв колебался, ветер ослаб, перешел на западный, затем стих. 2 октября Гравина получил послание от испанского посла в Лиссабоне с предупреждением о намерении Нельсона бомбардировать Кадис. Британский адмирал был доволен утечкой этой информации. Предыдущие бомбардировки не принесли ожидаемого эффекта, а Гравина уже создал флотилию из легких судов, готовых атаковать бомбардирские суда и препятствовать высадке десанта. Гравина относился к Нельсону с должным уважением: так, 2 октября он докладывал испанскому премьер-министру Мануэлю Годою, что британский флот исчез из поля зрения сразу же по прибытии Нельсона, а днем раньше ушли даже корабли передовой эскадры, оставив наблюдателями несколько фрегатов. Гравина считал, что Нельсон собрал их для доведения до своих подчиненных плана предстоящей операции.

Новые инструкции Наполеона были тяжки для испанца. Он родился в Палермо, второй столице (после Неаполя) Королевства Обеих Сицилий. Наполеон же собирался отнять у короля Фердинанда и корону, и территорию. Гравина объяснял Вильнёву, Декре и Годою, что сражаться против собственной страны он не будет. Это не было исключительно его собственной проблемой, так как король Фердинанд приходился братом испанскому королю Карлосу. Годой объяснял Гравине, что, в случае открытия военных действий против Неаполя, Наполеон обещал считать Испанию нейтральной.

Сорокадевятилетний Гравина был старым приятелем Мануэля Годоя. Их обоих считали французскими приспешниками, но они оба, хоть и слабо, пытались отстаивать испанские интересы. Гравина хорошо ладил с Латушем, вместе с которым он пробыл в Бресте с 1799 по 1801 год. В 1802 году он привел испанскую эскадру в Санто-Доминго и произвел впечатление на французов своими действиями. Наполеон высоко оценивал его как адмирала, но считал никуда не годным дипломатом. Долгом Гравины в этой ситуации было сохранение флота или его победа. Его корабли вызывали всеобщее восхищение, но подготовка экипажей была недостаточной. Он обладал обостренным чувством чести, как и большинство морских офицеров того времени, но долгом его было избежать чрезмерных потерь в доверенном ему флоте, который был незаменим и жизненно необходим для будущего Испании. С другой стороны, инструкции Мадрида предписывали ему подчиняться Вильнёву.

Утром 6 октября снова задул ост-зюйд-ост, и Вильнёв, измученный противоречивыми чувствами, казалось, вновь обрел решимость. Он "информировал генерала [28] Гравину, что считает необходимым выйти в море в соответствии с распоряжениями своего правительства и желает получить определенное пополнение провизии, в котором нуждались его корабли; выдал необходимые распоряжения испанским кораблям быть готовыми к выходу одновременно с французами". Гравина ответил, что "считает необходимым перед съемкой с якоря провести военный совет, на котором должны быть услышаны мнения всех командиров обеих наций". Он отдал распоряжение вернуть на свои корабли всех моряков, ранее выделенных для службы на флотилии легких патрульных судов.

Военный совет состоялся 8 октября на борту «Буцентавра». Испанский контр-адмирал Антонио де Эсканьо сообщал, что "от французского командующего нашим генералом было получено очень вежливое письмо, в котором он, начальник штаба и другие высшие офицеры испанского флота приглашались участвовать в совете". По семь высших офицеров от каждого флота подписали документ, содержавший решения данного совета.

Проведя заранее дискуссию в своем кругу, испанские представители согласились с мнением Гравины. С ним были Эсканьо, считавшийся лучшим тактиком морского боя в Испании, а также командующие эскадрами: вице-адмирал Игнасио де Алава, бывший губернатор Манилы, державший свой флаг на только что отремонтированном трехпалубнике «Санта-Анна», и контр-адмирал Балтасар Сиснерос, флагман которого четырехпалубник «Сантисима-Тринидад» был одним из немногих испанских кораблей, отличившихся в битве при Сан-Винсенто в 1797 году. Бригадир Дионисио Алкала Галиано командовал линейным кораблем «Багама»; бригадир Рафаэль Оре был командиром флагманского корабля Гравины «Принц Астурийский»; последним членом делегации был, очевидно, бригадир Энрике Макдоннелл, ирландец, начинавший службу в Ирландском полку и переведенный позже на флот.

Французская сторона была представлена Вильнёвом, его начальником штаба Матье Приньи, и командующими эскадрами Пьером Дюмануаром и Шарлем Магоном. Из капитанов присутствовали Жюльен Космао-Кержюльен с «Плютона», Эспри-Транкий Мэстраль с «Нэптюна» и Гийом Ла Виллегри с «Монблана».

Лаконичный протокол этого заседания, посланный Вильнёвом министру Декре, умалчивает о бурной дискуссии, описанной позже Эсканьо и сыном Галиано Антонием. Вильнёв конфиденциально сообщил собравшимся, что он имеет неукоснительные распоряжения вывести флот в море и атаковать противника во всех случаях, когда имеется превосходство в силах. Последняя поступившая информация гласила, что в районе Кадиса противник располагает тридцатью одним — тридцатью тремя судами. Эсканьо от имени испанцев спросил, что "при данных обстоятельствах было бы более желательно — выйти в море или дождаться атаки и принять бой, стоя на якорях". Он подчеркивал разницу в выучке между британцами, которые постоянно находились в море, и французами и, в особенности, испанцами, "которые провели восемь лет, не выходя из портов". Он указывал на тот факт, что некоторые из испанских кораблей "вообще не имели никакой возможности тренировать свои экипажи, а трехпалубники «Санта-Анна», «Райо» и «Сан-Хусто», только что вышедшие из доков и спешно вооружаемые, могли бы выйти в море с флотом в случае крайней необходимости, но они никоим образом не в состоянии сослужить такую службу в бою, какую могли бы сослужить, будучи полностью отмобилизованными".