Одновременно Сталин и Дзержинский резко критиковали руководство вооруженных сил Советской России – Главный штаб и окрвоенкомитеты за их формальное отношение к нуждам солдат. Уроки «пермской катастрофы» вызвали у Сталина и Дзержинского скептическое отношение к официальным донесениям. Они требовали, чтобы штабы армии имели «своих представителей – агентов, регулярно информирующих штарм (штаб армии. – Прим. авт.) и зорко следящих за точным исполнением приказов командарма. Только таким образом можно обеспечить связь штаба с армией, ликвидировать фактическую автономию дивизий и бригад и наладить централизацию армии».

Оба члена комиссии указывали на низкий уровень политической работы среди солдат и атаковали Всероссийское бюро комиссаров, которое, по их словам, снабжало «формирующиеся в тылу части мальчишками, а не комиссарами… совершенно неспособными к постановке сколько-нибудь удовлетворительной политической работы». Они писали, что «слово «комиссар» превратилось в ругательную кличку». Сталин и Дзержинский предлагали «обновить состав Всероссийского бюро комиссаров».

Критике подверглась и деятельность Реввоенсовета республики. Сталин и Дзержинский утверждали, что одной из причин «пермской катастрофы» является политика Реввоенсовета, который расстраивал «своими так называемыми директивами и приказами дело управления фронтом и армиями». Не называя Троцкого, они предупреждали: «Без соответствующих изменений в военном центре нет гарантий на успех на фронтах».

Рекомендации Сталина и Дзержинского предусматривали не только организационные меры и кадровые перемещения, но и перемены в социальной политике Советского правительства. Они отмечали, что «революционный декрет о чрезвычайном налоге… превратился в опаснейшее оружие в руках кулаков для сплочения деревни против Советской власти», стал «одной из главных причин, если не единственно главной причиной, контрреволюционизирования деревни».

Вместе с тем авторы отчета считали, что некоторые ошибки, допущенные в первый год существования Советской власти, являются следствием неопытности партийных работников. Они ставили вопрос о необходимости осмысления опыта советского строительства и создания с этой целью особого государственного «аппарата»: «Таким аппаратом должна быть упомянутая выше контрольно-ревизионная комиссия при Совете Обороны».

Анализ причин «пермской катастрофы» свидетельствовал о глубоком понимании Сталиным проблем Гражданской войны и его умении быстро оценивать сложившуюся обстановку. В то же время Сталин и Дзержинский не ограничились анализом обстановки и подготовкой отчетных докладов. По предложению Сталина был создан Военно-революционный комитет Вятской губернии, в состав которого вошли представители местных властей. Сталин считал, что в руках комитета «должны быть сосредоточены все силы, все средства». Подобные же органы были созданы в уездах. Под руководством Сталина и Дзержинского за три-четыре недели была проведена «чистка и тщательная фильтровка бригады», прибывшей на Восточный фронт.

Вопросы организации Красной Армии заняли важное место в работе VIII съезда РКП(б) (18—23 марта 1919 года), накануне которого образовалась так называемая военная оппозиция. В нее вошли в основном «красные командиры» и их сторонники, недовольные активным привлечением военных специалистов из царской армии (бывшие «левые коммунисты» В.М. Смирнов, Г.И. Сафаров, Г.Л. Пятаков, А.С. Бубнов, а также К.Е. Ворошилов, С.К. Минин, Ф.И. Голощекин, Е.М. Ярославский и другие). Они выступали за возвращение к первоначальной организации Красной Армии с безбрежной митинговой демократией и отсутствием единоначалия. Вместе с тем сторонники «военной оппозиции» резко критиковали деятельность Реввоенсовета и лично Троцкого, возмущались его приказами о расстрелах ряда командиров и комиссаров. Накануне съезда Троцкий в письме пытался оправдать свои репрессии и доказать правильность своей политики.

Несмотря на попытки Троцкого ослабить накал выступлений против его политики, «военная оппозиция» подготовила свою платформу (тезисы доклада В.М. Смирнова) к очередному, VIII съезду партии. Выступление видных деятелей партии и военных командиров против руководства вооруженных сил в разгар Гражданской войны и перед началом активного наступления белых армий грозило крупными внутриполитическими потрясениями. К тому же накануне открытия съезда скоропостижно скончался председатель ВЦИК Я.М. Свердлов, и теперь Бюро ЦК партии состояло из трех человек (Ленин, Сталин, Троцкий), двое из которых придерживались противоположных взглядов на организацию Красной Армии, роль Реввоенсовета, «военспецов» и т. д.

Ленин принял меры для «локализации» внутрипартийного конфликта, и способствовал командированию Троцкого на Восточный фронт во время съезда. Разрядке конфликта помогло и смягчение позиции Сталина в отношении «военспецов». Выступая на съезде, Сталин осудил многие действия Реввоенсовета, критиковал платформу «военной оппозиции». Сталин поставил вопрос так: «быть или не быть в России строго дисциплинированной регулярной армии». Он подчеркивал, что добровольческая Красная Армия, создававшаяся из городских рабочих, оказалась неспособной одерживать победы. Создание же Красной Армии путем мобилизации привело к тому, что большинство красноармейцев составили крестьяне. Сталин утверждал, что «крестьяне не будут добровольно драться за социализм». Он говорил, что крестьян надо «перевоспитать в духе железной дисциплины, повести их за пролетариатом не только в тылу, но и на фронтах, заставить воевать за наше общее социалистическое дело и в ходе войны завершить строительство настоящей регулярной армии».

В то же время делегаты съезда понимали, что Красная Армия не сможет сохранять свою боеспособность, если будет по-прежнему проводиться политика, отталкивающая большинство крестьян от Советов. Многие выступающие на съезде говорили о том, что действия Советского правительства настроили «справного мужика» против Советской власти (на что указывал Сталин в Царицыне), что чрезвычайный налог провоцировал враждебность крестьян к Советам (о чем Сталин и Дзержинский писали в своем отчете о «пермской катастрофе»). Многие ораторы говорили о широком недовольстве крестьян действиями Советских властей. Секретарь Пензенского губкома В. В. Кураев сообщал: «Если бы я принес сюда все телеграммы, получаемые в отделе обобществления сельского хозяйства, в которых говорится, что берут у крестьянина последнюю лошадь, последний скот, не считаясь ни с какими декретами и циркулярами… я бы развернул перед вами эту картину настоящего хищничества… Крестьянство недовольно, оно протестует, среднее крестьянство ненавидит Коммунистическую партию».