В этом же послании Сталин возлагал большие надежды на флот. Он отвергал предложение главкома Вацетиса о сокращении флота и утверждал, что военно-морские суда способны защитить Петроград. Как всегда Сталин подкреплял свои выводы вескими аргументами и цифровыми данными.

Скоро жизнь подтвердила предварительные выводы Сталина. О том, что организаторы наступления белых рассчитывали на своих союзников в тылу Красной Армии, свидетельствовал мятеж, вспыхнувший в фортах Красная Горка и Серая Лошадь 13 июня. Возможно, что аналогичные события могли произойти и в других местах, но подобные выступления были сорваны арестами в Петрограде сотрудников бывших посольств и членов белогвардейской подпольной организации «Национальный центр».

Сталин решил возложить на флот задачу разгрома мятежников. По его приказу 13 июня в море вышли корабли Балтийского флота. Одновременно в Ораниенбауме была сформирована Береговая группа войск, ядро которой составили отряды моряков. 14 июня Сталин прибыл в Ораниенбаум и провел совещание морского и сухопутного командного состава, на котором был принят план захвата форта Красная Горка одновременным ударом с моря и суши. 15 июня наступление на мятежный форт началось. В ночь с 15 на 16 июня форт Красная Горка был взят, а через несколько часов пал и форт Серая Лошадь. Расчет Сталина на боеспособность флота и моряков оказался верным.

В письме Ленину Сталин с удовлетворением отмечал, что в споре с военно-морскими спецами относительно использования флота для штурма сухопутных крепостей он оказался прав: «Морские специалисты уверяют, что взятие Красной Армии с моря опрокидывает морскую науку. Мне остается лишь оплакивать так называемую науку. Быстрое вмешательство со стороны моей и вообще штатских в оперативные дела, доходившее до отмены приказов по морю и суше и навязывания своих собственных. Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать таким образом, несмотря на все мое благоговение перед наукой». Как и рассчитывал Сталин, флот выдержал также неоднократные бои с английской эскадрой.

Успешно действовали и сухопутные части Красной Армии. 21 июня 7-я армия (23 тысячи человек) перешла в контрнаступление и вскоре отбросила Северо-Западную армию Юденича (16,5 тысячи человек) от Петрограда. Одновременно было развернуто наступление на войска белофиннов в районе Онежского озера, и 28 июня части Красной Армии овладели Видлицей – военной базой у границ Финляндии. Угроза падения Петрограда была предотвращена, и 3 июля Сталин вернулся в Москву. Поклонник Троцкого И. Дейчер признавал: «Сталин успешно осуществил руководство обороной Петрограда против Юденича, и он купался в лучах славы недавней победы».

Однако уже 9 июля Сталин был направлен на Западный фронт, где также сложилась опасная ситуация. Еще в апреле 1919 года польские войска начали захватывать земли, населенные украинцами и белорусами. В ходе своего наступления Польша овладела значительной частью территории созданной в феврале Литовско-Белорусской Советской социалистической республики (Литбел). 21 апреля 1919 года поляки взяли Вильно (Вильнюс) – столицу Литбела, и правительство Советской республики эвакуировалось в Минск. В своих посланиях Ленину Сталин сообщал о плачевном состоянии Западного фронта, о том, что он «представляет собой лоскутный двор, который невозможно починить без готовых резервов, и что достаточно одного серьезного удара противника в одном из важных пунктов, чтобы весь фронт зашатался, вернее – пошатнулся». Опасения Сталина подтвердились. 8 августа поляки взяли Минск и продолжили наступление.

11 августа Сталин докладывал Ленину из Смоленска, где размещался штаб Западного фронта: «Положение на Западном фронте становится все более угрожающим. Старые, истрепанные, усталые части 16-й армии, на которую наседает наиболее активный противник, не только неспособны обороняться, но потеряли способность прикрывать отходящие батареи, естественно, попадающие в руки противника». Однако не смотря на требования Сталина, из-за тяжелого положения на других фронтах подкреплений не поступало, и Красная Армия продолжала от ходить. Лишь достигнув Березины, Красная Армия смогла закрепиться на ее левом берегу и создать устойчивую оборону. К этому времени натиск поляков ослаб. Возможно, что осенью 1919 года в условиях быстрого продвижения белых армий Деникина к Москве польское правитёльство уже не считало Советское правительство своей главной угрозой, а помогать восстанавливать «великую, единую и неделимую Россию» ни под белым, ни под красным знаменем у него не было желания. В сентябре Сталин покинул Западный фронт, и уже 26 сентября ЦК принял решение направить его на Южный фронт.

К этому времени на Южном фронте сложилась самая опасная ситуация для Советской республики за все время Гражданской войны. Еще в мае 1919 года началось наступление белых армий под командованием А.И. Деникина. Хотя их численность была невелика (около 100 тысяч человек), им противостояли еще меньшие (60 тысяч человек) и слабые силы красных. Развернув наступление на фронте от Волги до Днепра, 30 июня белые взяли и Царицын и Екатеринослав. 1 июля Троцкий, находившийся на Южном фронте, телеграфировал Ленину: «Ни агитация, ни репрессии не могут сделать боеспособной босую, раздетую, голодную, вшивую армию». Он вернулся в Москву и подал в отставку со всех своих постов. Правда, Ленин и остальные члены советского руководства уговорили Троцкого вернуться к исполнению своих обязанностей, но председатель Реввоенсовета явно не мог придумать, как остановить наступление белых.

Документы свидетельствуют о том, что в то время Л.Д. Троцкий исходил из неизбежности поражения, а потому 5 августа 1919 года он представил в Совет обороны свой план переноса базы мировой революции из России в Индию. Поставив на России крест, Троцкий писал: «Ареной близких восстаний может стать Азия… Международная обстановка складывается, по-видимому, так, что путь на Париж и Лондон лежит через города Афганистана, Пенджаба и Бенгалии.» Он выдвинул «план создания корпуса (30 000-40 000 всадников) с расчетом бросить его на Индию». Троцкий предлагал «сосредоточить где-нибудь на Урале или Туркестане революционную академию, политический штаб азиатской революции… Нужно уже сейчас приступить к более серьезной организации в этом направлении, к сосредоточению необходимых сил лингвистов, переводчиков книг, привлечению туземных революционеров – всеми доступными нам средствами и способами».