Некоторые большевики призывали отозвать депутатов от РСДРП из Государственной думы и отказаться от всех легальных форм работы и подпольно готовиться к новому революционному выступлению. Сторонников этой позиции называли «отзовистами». На III общепартийной конференции, состоявшейся в ноябре 1907 года в Финляндии, «отзовисты» преобладали среди большевиков.

Сходную позицию заняла и сложившаяся в 1908 году группа большевиков, именовавшаяся «ультиматистами» (В.Л. Шанцер, М.Н. Покровский, Г.А. Алексинский, А.В. Луначарский, М.Н. Лядов). В отличие от «отзовистов», призывавших к немедленному бойкоту Думы, «ультиматисты» предлагали отозвать депутатов из Думы в том случае, если они не объявят о своем беспрекословном подчинении указаниям ЦК РСДРП.

Одновременно в партии возникли споры и по вопросам марксистской философии. Один из вождей «ультиматистов» А. Луначарский в своей работе «Религия и социализм» считал необходимым определить место социализма среди религиозных систем. Луначарский называл социализм «новой религией», «религией труда» и призывал «сбросить ветхий плащ серого материализма». Активным сторонником Луначарского стал меньшевик В. Базаров, автор работ «Богоискательство и богостроительство», «Христиане третьего завета и строители башни Вавилонской». Это направление, к которому присоединились П. Юшкевич, Н. Валентинов, получило название «богостроительства».

Стремясь преодолеть противостояние духовного и материального начал, Базаров, Луначарский, Богданов и другие опубликовали сборник статей «Очерки по философии марксизма», в котором выступили за соединение марксизма с философией эмпириокритицизма, изложенной в работах австрийского физика и философа Эрнста Маха и швейцарского философа Рихарда Авенариуса.

В 1909 году руководители «отзовистов», «ультиматистов», «богостроителей» (А. Луначарский, А. Богданов, Г. Алексинский) создали на острове Капри (Италия) свою школу. В работе Каприйской школы активное участие принял Максим Горький. В конце 1909 года Каприйская школа стала издавать свою газету «Вперед», обвинявшую Ленина и ЦК в меньшевизме.

Одновременно активизировал свою деятельность Троцкий, который, начиная с V съезда РСДРП, предпринимал попытки, играя на противоречиях внутри партии, занять «надфракционную», центристскую позицию «беспристрастного арбитра», а затем и лидера социал-демократии России. В конце 1907 года Троцкий организовал издание эмигрантской газеты «Правда».

Попытки Ленина остановить центробежные тенденции в РСДРП не приводили к успеху. В своей работе «Материализм и эмпириокритицизм» Ленин резко атаковал Богданова, а заодно учение Маха и Авенариуса. По инициативе Ленина Богданов был исключен из редколлегии «Пролетария». Все 9 пунктов повестки дня совещания расширенной редколлегии этой большевистской газеты, состоявшегося в Париже в июне 1909 года, были посвящены вопросам внутрипартийной борьбы (об отзовизме и ультиматизме; о богостроительстве; о протесте Богданова по поводу статьи в «Пролетарии» с критикой его позиции; о школе на Капри и т. д.).

Сталин не поддержал Ленина в его философских спорах. В ряде писем этих лет (Владимиру Бобринскому и Михе Цхакая) Сталин называл дискуссии Ленина с Богдановым и Луначарским «бурей в стакане воды». В письме же к М. Торошелидзе Сталин, одобрив в целом работу Ленина «Материализм и эмпириокритицизм», заметил, что «материализм Ильича во многом отличается от материализма Плеханова, и это Ильич, вопреки требованиям логики (возможно, по соображениям дипломатии), пытается скрыть». Сталин обнаружил положительные стороны в философии Маха и Авенариуса и оценил этих философов как равных Гегелю и Гольбаху. Сталин писал, что следует более глубоко изучать суть диалектического материализма. (Однако поскольку работа Ленина «Материализм и эмпириокритицизм» считалась в СССР главной для постижения основ философии, эти письма Сталина не публиковались.)

Не только эти письма Сталина оказались скрытыми от советских читателей. Объявив себя верным учеником Ленина, Сталин решил не освещать подробно те глубокие разногласия, которые возникли между «бакинцами» и руководством во главе с Лениным, а поэтому затушевал то поистине революционное выступление Бакинского комитета против курса руководства и ту важную роль, которую сыграл он вместе с другими «бакинцами» в деле возрождения большевистской партии в период величайшего кризиса, поразившего ее.

Правда, в «Краткой биографии», изданной в 1947 году, говорилось, что в этих работах «Сталин дает смелую критику состояния партийных организаций и выдвигает план преодоления кризиса в партии». В то же время авторы «Краткой биографии», разумеется с ведома Сталина, постарались создать впечатление, что эти его статьи и резолюции БК были написаны в поддержку Ленина и осуждали позицию его противников. Такая интерпретация, исходившая из представлений о том, что Сталин всегда был верным последователем Ленина (за исключением позиции по аграрному вопросу на Объединительном съезде), существенно искажала подлинный смысл, принижала значение заявлений Сталина и БК в 1909—1910 годы и не позволяла понять причины, по которым после этих политических выступлений Сталин выдвинулся в первые ряды руководителей партии. В данном случае исследователь оказывается в положении, когда он должен защитить Сталина от самого Сталина.

Свой первый вызов руководству партии Сталин бросил в статье «Партийный кризис и наши задачи», опубликованной в двух номерах газеты «Бакинский пролетарий» в августе 1909 года. В ней Сталин предложил программу радикальных перемен в жизни всей партии. Он открывал статью заявлением: «Ни для кого не тайна, что партия наша переживает тяжелый кризис. Уход членов из партии, сокращение и слабость организаций, оторванность последних друг от друга, отсутствие объединенной партийной работы – все это говорит о том, что партия больна, что она переживает серьезный кризис». Он констатировал: «Вследствие кризиса революции, наступил кризис и в партии – организации потеряли прочные связи с массами, партия раздробилась на отдельные организации… Вместо тысяч в организациях остались десятки, в лучшем случае, сотни. Что же касается руководства сотнями тысяч, то об этом не стоит и говорить».

Сталин считал, что из партии побежали прежде всего самые неустойчивые. Основная же часть «неустойчивых» приходилась, по его словам, на интеллигенцию: «Революция отступила, свобод не стало, – и партия стала хиреть, открылось бегство интеллигентов, из партии, а потом и наиболее колеблющихся рабочих». При этом Сталин объяснял «бегство интеллигентов» не только их разочарованием в связи с поражением революции, или их страхом перед репрессиями, а сознанием утраты своих преимуществ по сравнению с рабочими по мере интеллектуального роста последних: «Бегство интеллигентов ускорялось ростом партии, собственно передовых рабочих, переросших своими сложными знаниями скудный умственный багаж «интеллигентов пятого года».