Много вопросов вызывает и отношение комиссии к удару по Пентагону. Комиссия заявляет, что никому не было известно о том, что самолёт направляется в сторону Вашингтона вплоть до 9:36, то есть, всего за одну-две минуты до того, как самолёт врезался в здание Пентагона. [55] Однако министр транспорта США Норман Минета рассказал о разговоре, из которого следует, что вице-президент Чейни и другие присутствовавшие в конференц-зале убежища под Белым Домом, знали о приближении самолёта, как минимум, на 10 минут раньше. Таким образом, комиссия просто не упоминает о заявлении Минеты, хотя оно и было сделано в ходе дачи показаний самой комиссии. [56]

Комиссия также не дала ответов на многие вопросы, которые были связаны с сомнениями по поводу того, что самолёт, врезавшийся в Пентагон, был именно рейсом № 77, где за штурвалом сидел Хани Ханжур.

Например, для того чтобы врезаться в крыло № 1 здания Пентагона, самолёт, как сообщается, двигался по спирали вниз, что было бы сложно выполнить даже опытному пилоту. Ханжур же, как известно, был ужасным пилотом. Комиссия, столкнувшись с этой проблемой, признаёт низкий уровень его мастерства в одной части Отчёта, однако же, в другой утверждает, что ему было поручено выполнить это задание, потому что он был «самым опытным пилотом в этой операции». [57] Известно, однако, что он с трудом мог пилотировать даже одномоторный самолёт.

Комиссия также не смогла объяснить, почему, если террористам нужно было максимальное число жертв и разрушения, то крыло № 1 Пентагона подходило бы им в самую последнюю очередь, Оно было армированное, поэтому повреждений было меньше, нежели в случае удара по любому другому крылу; в крыле № 1 продолжались ремонтные работы, поэтому погибло относительно немного людей; и, наконец, министр обороны и всё начальство находились в противоположной части Пентагона, то есть, на максимальном удалении от первого крыла. [58]

Комиссия не отметила также тот факт, что многие критики утверждали, что ни повреждения, ни обломки здания Пентагона не могут быть следствием удара Боинга 757. Это противоречие вероятно легко бы разрешилось после просмотра записей системы видеонаблюдения в этой зоне. Но комиссия не затребовала эти записи и даже не упоминала об их существовании. [59]

В отношении рейса 93 комиссия также допустила много серьёзных ошибок и искажений. Один из фактов, которым пренебрегла комиссия, — свидетельства о том, что рейс 93 был сбит военными. [60] Комиссия лишь косвенно затронула эту проблему — они создали ещё одну хронологию событий, согласно которой военные узнали об угоне самолёта лишь после того, как он разбился. Такое утверждение, однако, подразумевает необходимость вновь проигнорировать служебную записку Лоры Браун.

Комиссия утверждала, что военные не могли узнать о рейсе 93 из видеоконференции Белого дома, организованной Ричардом Кларком, потому что на ней не присутствовали «уполномоченные должностные лица FAA и министерства обороны». [61] Однако, в книге Кларка «Против всех врагов» утверждается, что FAA было представлено его главой Джейн Гарви, а министерство обороны — министром обороны Дональдом Рамсфелдом и генералом Ричардом Майерсом, который впоследствии стал исполняющим обязанности председателя Объединённого комитета начальников штабов вооруженных сил США. А это совершенно точно были «уполномоченные лица». Кларк утверждает, что список самолётов, в отношении которых были подозрения о захвате, который зачитала Гарви и выслушали Майерс и Рамсфелд, включал «рейс 93 над Пенсильванией». [62]

Помимо этого комиссия заявляла, что ей «не известно, кто участвовал от министерства обороны» в видеоконференции, организованной Кларком. [63] Возможно, это невероятное утверждение связано с тем, что по заявлению Майерса, он был на Капитолийском холме тем утром как раз в то время, когда согласно данным книги Кларка, он находился в Пентагоне и участвовал в видеоконференции Белого дома. То есть, комиссия просто подтвердила утверждение Майерса, не обратив внимания на его противоречие мнению Кларка. [64]

Так или иначе, согласно новой хронологии событий комиссии, Чейни распорядился сбить самолёт в 10:10, то есть спустя 7 или более минут после того, как рейс № 93 разбился, а Ричард Кларк получил его лишь в 10:25. [65] Комиссия пренебрегла тем фактом, что сам Кларк заявил, что он получил приказ примерно в 9:50. [66]

Комиссия упустила ещё и то, что по сообщению телеканала «Эй-би-си ньюс», полковник Марр из NEAD получил приказ сбить самолёт и затем передал его лётчикам-истребителям: «Рейсу 93 Юнайтэд Эйрлайнс нельзя дать приблизиться к Вашингтону, округ Колумбия». [67] Осталось не замеченным Комиссией и то, что телеканал «Си-би-эс ньюс» и даже заместитель министра обороны Пол Вулфовиц заявили, что военные истребители были на хвосте рейса № 93. [68]