Почти перед самой войной, в 1940-м году, ВАК — Высший аттестационный комитет при Совете Народных Комиссаров (при правительстве) СССР, утвердил Ивана Степановича Исакова в ученой степени кандидата военно-морских наук; а где же подготовка, разработка в адъюнктуре или заочно темы кандидатской диссертации, наконец, защита на соискание ученой степени кандидата?! Он был переаттестован в воинское звание вице-адмирал с присвоением очередного звания — адмирал. А с началом боевых действий был назначен заместителем главнокомандующего и членом Военного совета Северо-Западного направления, т. е. стал заместителем Маршала Советского Союза К. В. Ворошилова.

Но рассмотрим обязанности и деловые качества Ивана Степановича, когда он будет переведен на ту же должность в Главкомат, находящийся в городе Краснодаре, где главнокомандующим Юго-Западным направлением был Маршал Советского Союза С. М. Буденный.

Эта личность вызывала особую тревогу у Николая Герасимовича Кузнецова, еще когда решением Сталина И. С. Исаков был утвержден в должности первого заместителя наркома ВМФ — начальника Главного морского штаба. И тревога эта значительно усилилась в первые часы, дни и месяцы войны…

Как уже упоминалось, в 1 час 15 минут 22 июня 1941 года по приказанию наркома ВМФ адмирала Н. Г. Кузнецова на Черноморском флоте была объявлена оперативная готовность № 1.

После доклада начальника гарнизона командующий флотом, во исполнение приказа наркома, потребовал затемнить город, усилить патрулирование и охрану объектов; о чем уведомили коменданта города А. П. Старушкина. В штабе флота собрались член Военного совета флота дивизионный комиссар Н. М. Кулаков, секретарь горкома Б. А. Борисов, командующий эскадрой контр-адмирал Л. А. Владимирский, командующий ВВС флота генерал-майор В. А. Русаков, комендант Береговой обороны генерал-майор П. А. Моргунов.

Ранее были перечислены все высшие руководители, с которыми вице-адмирал Октябрьский, командовавший Черноморским флотом, вступил в войну. На черноморских адмиралов и флотских командиров всего приходилось;

— линейный корабль «Парижская коммуна»,

— 6 крейсеров (5 — современных и 1 — устаревший),

— 16 лидеров и эскадренных миноносцев,

— 44 подлодки,

— более 150 кораблей иных классов,

— 625 самолетов,

— около 200 орудий береговой и зенитной артиллерии.

Флот имел Севастопольскую уникальную бухту, но неотработанную систему базирования из 5 военно-морских баз, в том числе главную ВМБ — Севастополь; а также 61 сухопутный и 15 морских аэродромов, а также крайне слабую противовоздушную оборону.

В книге «Корабли возвращаются в строй» (Симферополь, 1972, с. 24) ее автор М. Сургучев указывает, ссылаясь на советские источники, что у ЧФ было подводных лодок — 47, сторожевых корабля — 2, торпедных катера — 84, а также канонерские лодки и необходимые вспомогательные суда различного назначения; и, конечно же, вышеназванные линейный корабль «Парижская коммуна», капитально отремонтированный и модернизированный, и крейсера.

В другом источнике — журнале «Морской сборник» (№ 5, 2005, с. 57) приводится таблица «Боевой состав ВВС флотов к началу войны», где написано, что ЧФ к июню 1941 года имел: самолетов истребительной авиации — 346; бомбардировочной — 73; минно-торпедной — 61; разведывательной — 150; итого — 632 самолета.

Около 3 часов ночи посты службы наблюдения и связи (СНиС) и посты воздушного наблюдения, оповещения и связи (ВНОС), находившиеся в районах Евпатории и мыса Сарыч, донесли, что ясно слышат гул моторов неприятеля, идущего курсом на Севастополь.

Боевые действия на флоте начались перед рассветом 22 июня 1941 г. налетом небольшой группы германских люфтваффе на Севастополь. Заблаговременно получив готовность № 1, главная база встретила самолеты плотным огнем. Сразу был открыт огонь зенитной артиллерии противовоздушной обороны (ПВО) под общим командованием начальника ПВО флота — полковника И. С. Жилина; открыт огонь кораблей, а также нескольких универсальных батарей Береговой обороны; одновременно батареи и корабли вели огонь трассирующими пулями из пулеметов ДШК (пулемет системы конструкторов Дегтярева, Шпитального) и счетверенных пулеметов.

Это помешало летчикам и штурманам немецкой авиации быстро заблокировать город магнитными минами, к борьбе с которыми специалисты минно-торпедного отдела ЧФ оказались совершенно не подготовленными.

Противник продолжал минные постановки у Главной Военно-морской базы (ГВМБ), создавая тем самым нервозную обстановку у командования Черноморским флотом. В первые дни войны на этих минах подорвались морской буксир «СП-12» и 25-тонный плавучий кран (22 июня, с разницей в несколько часов), эскадренный миноносец «Быстрый» (1 июля), паровая шаланда «Днепр». Только в июле — августе в город прибыла группа ученых-физиков, среди которых были И. В. Курчатов (впоследствии академик, трижды Герой Социалистического Труда, руководитель ядерной программы СССР, член ЦК КПСС), А. П. Александров (впоследствии академик, президент Академии наук СССР, трижды Герой Социалистического Труда, член ЦК КПСС); в помощь которым были приданы флотские специалисты: капитан-лейтенант Г. Н. Охрименко, инженер-капитан 3-го ранга М. И. Иванов, капитан-лейтенант А. И. Малов и другие; вместе они создавали в Севастополе станцию размагничивания кораблей. Им предстояло решить проблему обезвреживания неконтактных мин; способ, заключавшийся в размагничивании корпуса корабля, был найден. При этом некоторые из флотских специалистов погибли при разминировании, решая поставленную задачу ценой своей жизни…