Весной и летом 1920 года ВЧК нанесла ряд новых сокрушительных ударов по врагу. Чекисты раскрыли центры «Польской организации войсковой», осуществлявшей шпионаж и диверсии в Киеве, Одессе, Харькове, Житомире и других городах. В Ростове, Одессе, Киеве, Николаеве, Екатеринославе, Омске, Челябинске, Томске, Иркутске было разгромлено несколько белогвардейских организаций. За призывы к вооруженной борьбе против Советской власти чекисты арестовали группы правых эсеров в Москве, Петрограде, на Украине, на Алтае. В Ростове ими был арестован Донской комитет меньшевиков.

В июле ВЧК разоблачила группу врачей и служащих Центральной приемочной комиссии, бравших взятки за освобождение от военной службы здоровых людей. С начала поверочного сбора преступники признали негодными к службе 8 тысяч человек — одну треть осмотренных, получив за это около 50 миллионов рублей. Среди лиц, дававших взятки, были бывшие купцы, заведующие продовольственными магазинами, работники кооперации. Президиум ВЧК во главе с Ксенофонтовым приговорил 44 участника группы к высшей мере наказания.

Летом 1920 года Ксенофонтову пришлось много внимания уделять работе в Верховном революционном трибунале. С 16 по 20 августа он председательствовал на заседании, рассматривавшем дело участников «Тактического центра». Суду были преданы 28 человек — руководители центра Д.М. Щепкин, С.М. Леонтьев, С.Е. Трубецкой и С.П. Мельгунов, а также члены входивших в центр контрреволюционных организаций, ряд крупных деятелей царского режима. В процессе расследования ревтрибунал полностью доказал вину подсудимых. Они ставили своей целью свержение диктатуры пролетариата, уничтожение завоеваний Октябрьской революции и восстановление путем вооруженного восстания власти буржуазии, а также оказывали всемерную помощь Деникину, Колчаку, Юденичу и Антанте. Четверо руководителей «Тактического центра» были приговорены к расстрелу. Однако, приняв во внимание их чистосердечное раскаяние и желание сотрудничать с Советской властью, ревтрибунал заменил расстрел иными наказаниями. Остальные подсудимые были приговорены к различным срокам лишения свободы. Одного подсудимого суд оправдал. [1]

31 августа — 4 сентября И. К. Ксенофонтов руководил заседанием Верховного ревтрибунала, на котором слушалось «дело кооператоров». Суд приговорил четырех руководителей Центросоюза, виновных в контрреволюционной деятельности, к 15 годам лишения свободы. Несколько подсудимых были освобождены от наказания, некоторые были осуждены условно, двое — оправданы.

Оба процесса, которые вел Ксенофонтов, состоялись в условиях тяжелой войны с Польшей и отражения наступления войск Врангеля. Относительно мягкие меры наказания виновных показали всему миру, что Советская власть не намерена была мстить своим политическим противникам, давала им возможность честным трудом искупить то зло, которое они принесли народу, поднявшемуся на защиту революции.

В середине октября 1920 года Центральный Комитет партии демобилизовал Ф.Э. Дзержинского, поскольку военные действия на польском фронте заканчивались, и снова направил его на работу в ВЧК. И. К. Ксенофонтов целиком сосредоточился на исполнении своих прежних обязанностей заместителя председателя ВЧК.

В конце ноября Феликс Эдмундович предложил Ксенофонтову выехать на Кавказ для ревизии и инспектирования чрезвычайных комиссий.

— Чрезвычайные комиссии на Северном Кавказе еще не окрепли, — сказал он. — Им нужна большая помощь и кадрами и советами. Вам следует на месте выявить их проблемы и, если возможно, разрешить.

3 декабря коллегия ВЧК признала желательным образовать Центральное управление всеми органами ЧК на Кавказе. Ксенофонтов должен был изучить и этот вопрос. Кроме того, ему поручили договориться с особым отделом Кавказского фронта об организации особого отдела по охране границы.

Поездка была длительной. В Ростове-на-Дону Ксенофонтов провел ревизию районной ТЧК и Донской ЧК, затем посетил Новороссийск, Екатеринодар, Пятигорск, Владикавказ. Он внимательно анализировал работу чрезвычайных комиссий, интересовался состоянием дисциплины, взаимоотношениями ЧК с партийными и советскими органами.

Вернувшись в Москву, Иван Ксенофонтович доложил Дзержинскому о результатах поездки. Чрезвычайные комиссии Северного Кавказа, рассказывал он, в основном справляются с задачами. Кубано-Черноморская ЧК разгромила несколько законспирированных врангелевских организаций. Новочеркасская ЧК вместе с Донской ЧК ликвидировала белогвардейский «Штаб спасения России», арестовала его руководителя князя Ухтомского. Им удалось удачно внедрить в штаб своего человека. Чекисты раскрыли связи Ухтомского с белогвардейской бандой Назарова, с десантами Врангеля.

Дзержинский слушал внимательно, иногда что-то записывал в блокнот. О наиболее крупных операциях чекистов ему в общих чертах было известно, но многое он узнал впервые.

— Скажите, Иван Ксенофонтович, какие трудности испытывают чрезвычайные комиссии? Какие недостатки в их работе? — спросил он.

— Основная трудность — это нехватка работников. Особенно это чувствуется в транспортных ЧК. Я им рекомендовал установить более тесный контакт с партийными комитетами, с профсоюзами, просить у них пополнение. Транспортные ЧК слабо связаны с территориальными чрезвычайными комиссиями. Серьезный недостаток в работе всех ЧК — неумение выбрать главное направление. Много занимаются борьбой с мелкой спекуляцией, регистрацией нетрудовых элементов вместо того, чтобы бросить все силы на выявление законспирированных белогвардейских групп.