Летописец записал рассказ, будто Шемяка замышлял захватить сыновей Василия II и, зашив в «медведно» (медвежью шкуру), утопить в Волге. Эта версия не находит подтверждения в других источниках, и верить ей нет оснований. Малолетние дети великого князя были в руках мятежников, и ничто не мешало им умертвить их. Страна стояла на пороге новой смуты. Сторонники свергнутого князя пытались освободить его из тюрьмы. Но план не удался.

Правление Шемяки в Москве оставило след в языке. Появилось выражение «Шемякин суд». Оно обозначало полный произвол и беззаконие судебных властей.

Положение Шемяки было непрочным, и он послал в Муром к князьям Стародубским епископа Иону. Епископ поклялся, что Шемяка даст свободу и ««отчину» довольну» и Василию Темному, и его детям, если дети приедут в Углич. Там находился в заточении Василий II.

Шемяка принял детей свергнутого князя милостиво, позвал во дворец на пир, одарил подарками, но выполнять свои обещания он не собирался. Княжич Иван и его брат были отправлены к отцу в тюрьму.

Мятеж побудил Шемяку принять меры к успокоению страны. Собрав епископов и архимандритов «со всее земли», новый монарх стал «прощения просити и каятися», после чего обязался выделить свергнутому князю удел со столицей в Вологде.

Как только Дмитрий Шемяка вернул свободу Василию II, тот уехал в Тверь, где заручился союзом с тверским князем. Союз с Тверью был скреплен помолвкой шестилетнего сына Ивана с тверской княжной Марьей.

Дмитрий Шемяка собрал войска, но пустить в ход оружие не посмел. Московские бояре и служилые люди почти все отъехали на службу к старому государю. Вскоре отряды Василия II обошли Волоколамск и при поддержке тверичей заняли Москву.

В 1431 г. митрополичью кафедру в Киеве занял смоленский епископ Герасим, ставленник литовского князя Свидригайло. В Литве бушевали междуусобицы, и в 1435 г. литовский князь велел за некую «измену» сжечь Герасима на костре.

В Москве не прочь были передать митрополичий престол одному из русских иерархов. Но Византия воспротивилась этому.

Угроза турецкого завоевания побудила империю ускорить заключение церковной унии с Римом. Чтобы обеспечить присоединение к унии богатой и многолюдной русской епархии, патриарх назначил ее главой грека Исидора, игумена одного из константинопольских монастырей. Исидор деятельно участвовал в предварительных переговорах с Римом. Он слыл человеком образованным и к тому же обладал дипломатическими способностями.

Весной 1437 г. Исидор прибыл в Москву, а уже через полгода поспешил на объединительный собор в Италию. Собор открылся в Ферраре, а закончился во Флоренции. На нем встретились авторитетные иерархи и богословы Востока и Запада. Прения о вере и главенстве папы над патриархами были жаркими, и им не видно было конца. Однако император Иоанн Палеолог не мог ждать, и греческим иерархам пришлось принять условия, выдвинутые папой. Исидор взял на себя почин в выработке текста соглашения об унии. Акт о соединении христианской церкви под главенством Рима был подписан в июле 1439 г.

Рассчитывая на поддержку католических верхов Польши, Исидор по пути в Москву задержался на год в Литве. В 1441 г. Исидор вернулся в Москву. Во время литургии в Успенском соборе имя патриарха было заменено именем папы. Вслед за тем была зачитана грамота о соединении церквей. Три дня московские власти старались склонить Исидора к отказу от унии, а на четвертый день его взяли под стражу и заточили в Чудов монастырь. Полгода спустя Исидор бежал в Тверь. Московские власти его не преследовали. Тверской князь велел бросить иерарха в темницу, но затем освободил. Исидор нашел прибежище в Риме. Папа римский произвел беглеца в кардиналы, а позднее — в патриархи.

Некогда Дмитрий Донской пытался превратить русскую митрополию в послушное орудие своей политики. Византия не допустила этого. В свою очередь, Москва отвергла попытки греков подчинить московскую митрополию политическим интересам империи. Односторонние уступки в пользу «латинства» были сочтены московским духовенством и светскими властями недопустимыми.

В период смуты церковь немало помогла великому князю в преодолении кризиса. Но она не была безгласным орудием в руках светской власти.

Митрополит Иона в угоду великому князю запретил поминать Шемяку, но игумен Пафнутий Боровский отказался исполнить его приказ. В наказание глава церкви свел его в Москву и заключил в темницу. Спор закончился тем, что митрополит повинился перед Пафнутием и отпустил его с миром в его обитель.

Игумен Троице-Сергиева монастыря Мартиниан неизменно вступал в спор с государем, когда считал его неправым. Но прения не остались без последствий. Мартиниан лишился игуменского посоха. Его преемником стал Вассиан Рыло, пользовавшийся расположением великого князя. Василий Темный объявил, что берет Троицкую обитель со всей округой из-под власти удельного князя под свою власть.