Вскоре после вылета первого эшелона Нагумо отдал приказ кораблям уменьшить скорость до 20 узлов и взять курс на юг. На палубы начали выкатывать самолеты второго эшелона.

Закончив концентрацию, пилоты взяли курс строго на юг и сформировали боевой строй. Впереди летел полковник Мицуо Фучида, ведший первую ударную группу с авианосца «Акаги».

В состав группы входили три эскадрильи (по два звена в каждой):

1-я эскадрилья: 40-е и 41-е звено (5 машин);

2-я эскадрилья: 42-е и 43-е звено (5 машин);

3-я эскадрилья: 44-е и 45-е звено (5 машин).

За ним на удалении 200 метров в колонне шла вторая ударная группа с авианосца «Kara», возглавляемая подполковником Такаси Хасигучи.

В состав этой группы также входили три эскадрильи:

1-я эскадрилья: 40-е и 49-е звено (5 машин);

2-я эскадрилья: 47-е и 48-е звено (5 машин);

3-я эскадрилья: 46-е и 43-е звено (4 машины).

Четвертая ударная группа, базировавшаяся на «Хирю», шла в колонне третьей на дистанции 500 метров от предыдущей группы. Группой командовал лейтенант Тосио Хасимото. В ее состав входили две эскадрильи:

1-я эскадрилья: 40-е и 48-е звено (5 машин);

2-я эскадрилья: 46-е и 47-е звено (5 машин).

Колонну замыкала третья ударная группа лейтенанта Садао Ямамото, базировавшаяся на «Сорю». Группа держала дистанцию в 200 метров от предыдущей группы. В составе группы были также две эскадрильи:

1-я эскадрилья: 1-е и 2-е звено (5 машин);

2-я эскадрилья: 1-е и 2-е звено (5 машин).

Вся колонна самолетов B5N2, вооруженных бомбами, шла в центре на высоте 3340 м.

Справа на расстоянии 500 метров от ударной группы Фучиды шла особая ударная группа подполковника Сигехару Мураты.

Первая особая ударная группа с «Акаги» состояла из двух эскадрилий:

4-я эскадрилья: 46-е и 47-е звено (6 самолетов);

5-я эскадрилья: 48-е и 49-е звено (6 самолетов).

За ними в колонне, соблюдая интервалы 200 метров, шли следующие группы.

Вторая особая ударная группа с «Каги» возглавлялась капитаном Казуёси Китадзимой и состояла из двух эскадрилий:

1-я эскадрилья: 41-е и 44-е звено (6 машин);

2-я эскадрилья: 44-е и 45-е звено (6 машин).

Далее шла третья особая ударная группа с «Сорю» капитана Тутому Нагаи:

1-я эскадрилья: 1-е и 2-е звено (4 самолета);

2-я эскадрилья: 1-е и 2-е звено (4 самолета).

Колонну замыкала четвертая особая ударная группа с «Хирю» капитана Хеиты Матумуры.

1-я эскадрилья: 40-е и 41-е звено (4 машины);

2-я эскадрилья: 42-е и 43-е звено (4 машины).

Самолеты B5N2, вооруженные торпедами, шли на высоте около 3100 метров.

Слева от командующего первым эшелоном на дистанции 1000 метров летел командир второй колонны подполковник Какуичи Такахаси.

Пятнадцатую ударную группу с авианосца «Сёкаку» составляли три эскадрильи пикирующих бомбардировщиков D3A1:

20-е штабное звено (3 машины);

1-я эскадрилья: 21-е, 22-е и 23-е звенья (8 машин);

2-я эскадрилья: 24-е, 25-е и 26-е звенья (9 машин);

3-я эскадрилья: 27-е и 28-е звенья (6 машин).

За ней на дистанции 500 метров шла шестнадцатая ударная группа с «Дзуйкаку» под командованием капитана Акиры Сакамото:

1-я эскадрилья: 23-е, 26-е и 29-е звенья (9 машин);

2-я эскадрилья: 24-е, 25-е и 26-е звенья (9 машин);

3-я эскадрилья: 27-е, 28-е и 29-е звенья (9 машин).

Пикирующие бомбардировщики D3A1 шли на высоте 3700 м.

Командир третьей колонны подполковник Сигеру Итая. Колонна шла в двух группах на высоте 4800 метров.

Восьмую ударную группу составляли две группы сопровождения:

Первая группа истребителей сопровождения с «Акаги», возглавляемая подполковником Сигеру Итая, в составе трех звеньев (1-е, 2-е и 3-е), образующих 2-ю эскадрилью (9 машин).

Вторая группа истребителей сопровождения с «Kara», возглавляемая капитаном Йосио Сигой, в составе трех звеньев (11-е, 12-е и 13-е), образующих 1-ю эскадрилью (9 машин).

Далее на дистанции 200 метров шла десятая группа подполковника Тадаси Канеко в составе:

Пятая группа истребителей сопровождения с «Сёкаку», возглавляемая подполковником Тадаси Канеко, в составе двух звеньев (11-е и 12-е), образующих 6-ю эскадрилью (5 машин).

Шестая группа истребителей сопровождения с «Дзуйкаку», возглавляемую капитаном Macao Сато, в составе трех звеньев (1-е, 2-е и 3-е), образующих 5-ю эскадрилью (6 машин).