Прочитав постановление, Иван не на шутку задумался. Бросить пить и куролесить представлялось ему делом решительно невозможным, однако следить за собой получше было совершенно необходимо. Поэтому обеспокоенный Барков решил вплотную заняться работой, чтобы как можно больше занять свое время. И опять судьба пошла ему навстречу – у него появилась возможность поближе познакомиться с М. В. Ломоносовым, к которому чаще всего посылали молодого человека для снятия копий и переписки документов.

Ломоносов, уже давно упрашивающий Академию выделить ему помощника «для употребления по бумажным делам», искренне обрадовался присланному канцелярией Баркову. Тот, решивший стать идеальным переписчиком и панически боявшийся ссылки на корабль, некоторое время вел себя более чем прилично. Он не дерзил, послушно выполнял все распоряжения ученого и терпеливо избегал скандальных ситуаций. Ломоносов не мог нарадоваться на столь старательного и послушного подопечного, о чем незамедлительно сообщил в канцелярию, сопроводив записку благодарностью. Чиновники, немало удивленные таким поворотом событий, недоуменно жали плечами и оставили все как есть.

В этот период Иван старательно переписал «Древнюю российскую историю», написанную самим Ломоносовым, и всю «Российскую грамматику», а также скопировал Радзивилловскую летопись Нестора. На первый взгляд скучноватый процесс переписывания летописей и документов был для Баркова очень увлекательным в основном по причине того, что его работа сопровождалась красочными, эмоциональными и подробными комментариями Ломоносова, охотно занимавшегося с бывшим студентом.

При помощи Михаила Васильевича Барков приобрел ценный опыт исторического исследования и обширные знания по источниковедению. Чтобы скомпоновать свои новые знания, Иван самостоятельно написал свою первую научную работу, которая называлась «Краткая российская история». Она вышла в 1762 году и была высоко оценена Г. Ф. Миллером, который написал и опубликовал свою рецензию в известном научном журнале «Ежемесячные сочинения и известия о ученых делах».

Миллер по достоинству оценил работу И. С. Баркова, сказав, что собранные, проанализированные и предложенные им факты гораздо более точные, чем приведенные в работе Вольтера «Истории Российской империи при Петре Великом».

Однако из-за сотрудничества с Ломоносовым Барков был все же вынужден расстаться с мечтой о прекращении практики длительных и частых запоев. Несмотря на впечатляющую репутацию и невероятный ум Ломоносова, этот ученый, так же как и Барков, с удовольствием потреблял спиртные напитки, а пребывая в сильном подпитии, выражался откровенно и неприлично. Достоверно известен факт, что Ломоносов однажды при встрече с И. Д. Шумахером, «сложив неприлично перста», демонстрировал собеседнику кукиш, сопровождая свой крайне недипломатичный жест сакраментальной фразой: «Накось, выкуси!»

Ломоносов нередко ругался со своими противниками-поэтами и, не выбирая выражений, говорил о них самые неприятные вещи, даже не догадываясь о том, что молодой Барков, слушая его, находил оправдание и собственному вульгарному поведению. Однако не только общение с Ломоносовым и попытки обуздать собственную бунтарскую натуру занимали много времени у Баркова. Вдохновленный очередной речью своего наставника, он вскоре решился взяться за Радзивилловскую летопись. Ее срочно требовалось отредактировать и подготовить к печати. Впрочем, она уже была хорошо знакома Ивану, поскольку ранее он переписывал ее по просьбе Ломоносова.

Академия планировала издать российские летописи для того, чтобы ознакомить с ними не только научные круги, но и более широкий и менее просвещенный круг читателей. Полный энтузиазма Барков проводил долгие часы, склонясь над рукописными страницами так хорошо ему знакомого научного труда. К сожалению, работой руководил не он сам, а И. И. Тауберт, поэтому Ивану приходилось точно выполнять все указания своего непосредственного начальника. Тауберт приказал Баркову исправить в тексте все непонятные выражения и слова, адаптировать к новым требованиям орфографию и заполнить имеющиеся в летописях пробелы сведениями из других исторических документов.

Радзивилловская летопись была издана в 1767 году, уже после ухода Баркова с работы при Академии. Эта научная популяризованная работа была во многом неточна, в основном из-за бесконечных поправок, внесенных Таубертом, но оказала большое влияние на мировоззрение широкой публики. Она позволяла всем желающим ознакомиться с отечественной историей и подготовила россиян к восприятию других публикаций исторических и научных рукописей.

В 1762 году Барков сочинил оду, посвященную дню рождения Петра III. Сразу после этого Ивана, по протекции Ломоносова, назначили в Академию переводчиком. Из-под его пера вышли художественные переводы произведений Горация, текстов речей Марка Аврелия, басен Эзопа и т. д.

Впервые попробовал себя в поэтическом жанре Барков еще в студенческие годы, однако никому свои произведения не показывал. Дело в том, что ему совершенно не нравилось писать произведения в одическом жанре, который наиболее ценился его современниками. Стихи Баркова, по мнению общественности, являлись ярким примером реализма эпохи классицизма. Они сочетали в себе уличную вульгарность и высокий стиль. Н. И. Новиков, который некоторое время общался с необычным поэтом, называл Баркова «человеком острым и отважным». Он же с гордостью отмечал, что Иван написал большое количество «невозможных в печати целых и мелких стихотворений в честь Вакха и Афродиты… все сии стихотворения у многих хранятся рукописными».

Необходимо отметить, что произведения Баркова стали пользоваться популярностью у читателей определенного круга не потому, что представляли собой оригинальное, ранее неизвестное поэтическое решение. Вероятно, что здесь важную роль сыграла поддержка Ломоносова, который с энтузиазмом воспринимал все начинания автора. Сатиры Баркова вызывали особое восхищение знаменитого ученого, особенно сатира, в которой высмеивался давний соперник Ломоносова В. К. Тредиаковский.

Известно, что так называемые непечатные произведения Ивана Баркова негласно одобрялись Ломоносовым. Более того, исследователи уверены, что именно благодаря такому колоссу науки, как Ломоносов, Барков стал основоположником «порнографического стиля».