События между тем развивались по совершенно невероятному, на первый взгляд, сценарию. Спустя ровно год после венчания Димитрия шапкой Мономаха, а именно 5 февраля 1499 года настала очередь торжествовать Деспине и ее соратникам: зять Ивана Патрикеева и его ближайший соратник князь Семен Ряполовский был казнен. Самого главу правительства и его сына Василия спасло от смерти только заступничество митрополита Симона: Патрикеевых «всего лишь» постригли в монахи. Позже схватили еще одного участника правительственного кружка князя Василия Ромодановского.

21 марта Иван Васильевич, словно позабыв все, что происходило год назад, «пожаловал сына своего князя Василия Ивановича, нарек его государем великим князем и дал ему Великий Новгород и Псков в великое княжение». И. И. Смирнов считал, что причиной опалы Ряполовских и Патрикеевых стали их намерения использовать малолетство Димитрия для захвата власти. С. М. Каштанов также не исключал того, что сторонники сына Елены Стефановны и Ивана Молодого могли замышлять свержение великого князя. Стоит отметить, что накануне решающих схваток двух придворных партий была создана целая литература, призванная скомпрометировать Ивана III. Автор «Сказания о князьях Владимирских», приуроченного к венчанию Димитрия Ивановича и, следовательно, созданного в самом конце 1497 — начале 1498 года, не ограничился задачей обоснования прав внука, но и постарался принизить его державного деда.

Симпатии книжника, черпавшего аналогии в византийской истории, оказались на стороне воинственного киевского князя Владимира, одолевшего своего малодушного деда — императора Константина. Воины Владимира разорили окрестности Константинополя, и императору Константину пришлось снять с головы своей «венец царский» и послать внуку с мольбой о мире. Подобные исторические параллели обнаруживали настроения радикальных сторонников Елены Стефановны.

Заговор в пользу Димитрия мог развиваться параллельно заговору в пользу Василия. В обеих партиях имелись горячие головы, полагавшие, что великий князь им препятствует, им не терпелось вступить в очный поединок, убрав с дороги Ивана Васильевича, который мешал и тем и другим. Но когда Патрикеевым удалось убедить государя пойти на венчание Димитрия, в окружении Елены Стефановны возобладали сторонники компромисса.

По мнению К. В. Базилевича, казнь Ряполовского «со времен Карамзина историки без достаточных на то оснований объясняли якобы их участием в династической борьбе на стороне Елены Волошанки и Димитрия Ивановича». Если одна часть исследователей (Я. С. Лурье, А. А. Зимин) придерживается «дипломатической» версии падения Патрикеевых, обращая внимание на разногласия между Иваном III и рядом деятелей правительства по поводу русско-литовских отношений, то другая часть (Н. А. Казакова, И. И. Смирнов) отдает предпочтение «династической», идущей от Карамзина, полагая, что опальные вельможи поплатились за попытку помешать Ивану III умалить положение Димитрия в пользу сына Софьи Палеолог.

Ясно выраженный совсем недавно принцип престолонаследия также был предан забвению, и на смену ему пришел произвол монарха, — кому хочу, тому и даю княжество — отвечал Иван III псковским послам, а в их лице всем недоумевавшим по поводу внезапных и внешне беспричинных перемен.

На самом деле упомянутые «династическая» и «дипломатическая» версии падения Патрикеевых друг другу не противоречат, а друг друга дополняют, поскольку конфликт с Литвой накладывал отпечаток на внутриполитические раздоры, и напротив, перипетии династической борьбы сказывались на дипломатических отношениях между Москвой и Вильно, которые усилиями придворных партий становились орудием междоусобной борьбы.

Уже вскоре после венчания Елены Ивановны в Вильно в 1495 году отец и сын Патрикеевы, Семен Ряполовский, ранее столь преуспевавшие на дипломатическом поприще, оказались отстранены от литовских дел. Между тем до последнего момента перечисленные лица играли ключевые роли в сношениях с западным соседом: в 1492 году в качестве «наивысшего» московского воеводы князь Иван Патрикеев принимал участие в переговорах о заключении мира с Литвой. В 1493 году к нему, как стороннику литовско-русского сближения, обращаются литовские паны.

В марте — апреле 1494 года Семен Ряполовский, сын Ивана Юрьевича — князь Василий и Федор Курицын ездили в Вильно сватать княгиню Елену. Василий Патрикеев вел переговоры в Москве с представителями Литвы в августе 1494 года. Это далеко не исчерпывающий перечень контактов Ивана Патрикеева и его ближайших помощников с литовской стороной за эти годы.

По сообщению Степенной книги, государь велел казнить Семена Ряполовского «испита подробну вся преже бывшая крамолы», причем такая же участь ждала отца и сына Патрикеевых. Получается, что опальные поплатились за прошлые преступления. Какие именно? Как только сопровождавшие в Вильно Елену Ивановну Семен Ряполовский и Михаил Русалка выехали в Москву, Александр Казимирович отослал большинство москвичей из придворного штата своей супруги, а Елену Ивановну «нача нудити к римскому закону».

Получается, что послы покинули Вильно, не удостоверившись в том, что оговоренные сторонами условия проживания Елены при дворе мужа будут строго соблюдаться литовской стороной. Что же касается Василия Ромодановского, то он провинился в том, что русские придворные Елены не сохранили в тайне от литовцев некую конфиденциальную информацию. Великий князь настоял, чтобы «вперед, что с вами дочи моя учнет говорити, и что будет от нее пригоже написати, или вам ко мне что писати, ино бы у вас не видел никто».