После выхода из тюрьмы Анатолий Степанович проектирует Горьковский автомобильный завод. Для этой работы при Военно-инженерной академии им. В.В. Куйбышева создается отдельная мастерская. Создание специально под А.С. Фисенко отдельных проектных мастерских для сосредоточенной работы над особо важными объектами — характерная черта жизненного пути Анатолия Степановича — архитектурно-проектная мастерская на строительстве нового ЦАГИ в г. Жуковском (1936 — 1939 гг.), проектная мастерская Главгидропроектстроя НКВД СССР для проектирования Куйбывского гидроузла (1939 — 1941 гг.) и др.

В 1939 г. его опять арестовывают. Может быть, вновь высветилось его «кадетское прошлое», а может быть, всплыли совсем недавние «американские связи». Но его опять вытянули из застенка — и на этот раз вмешались какие-то заступники.

В 1942–1947 гг. А.С. Фисенко — как главный архитектор Государственного института проектирования предприятий авиационной промышленности (Госавиапром) занимается перебазированием авиазаводов на восток страны — решает вопросы формирования временных поселений и городков при заводах и научно-исследовательских институтах авиационной промышленности.

Его труд в годы Великой Отечественной войны высоко оценивается руководством страны — в 1944 г. Анатолий Степанович награждается Орденом Красной Звезды, в 1945 — Орденом Трудового Красного Знамени и медалями: «За оборону Москвы» и «За доблестный труд в Отечественной войне». Позднее, в 1953 г. он награждается медалью «За трудовую доблесть», а в 1961 г. — орденом «Знак Почета».

Карьеры Анатолий Степанович Фисенко не делал. Ее за него делала сама жизнь. Ему просто везло — он всегда оказывался в нужном месте в нужное время. И в отношении полученного образования — проектировщики промышленности оказались в 1930-е гг. крайне востребованы в связи с развернутой индустриализацией. И в отношении мест работы — ЦАГИ, Металлострой ВСНХ, Госпроектстрой-1, Военно-инженерная академия, Главгидрострой НКВД СССР, Гипроавиапром и т. д. И в отношении знакомств — А.В.Кузнецов, В.А.Веснин, А.Н.Туполев, В.М.Келдыш и др. И в отношении подготовки кадров — он по праву считается одним из отцов-основателей советской школы промышленного проектирования.

В 1946 г. Анатолий Степанович утверждается в звании «профессор». В 1950 г. избирается членом-корреспондентом Академии Архитектуры СССР. А когда Академия Архитектуры преобразуется в Академию Строительства и Архитектуры, становится действительным членом. С конца 1950-х гг. он сосредотачивается на преподавании — организует в МАРХИ Факультет промышленного строительства и становится первым деканом.

В 1964 г. А.С. Фисенко получает степень «доктора архитектуры». Причем без защиты диссертации — фактически, по совокупности работ. Подобный случай редким в советский период существования архитектурной профессии.

Область промышленного проектирования в СССР в значительно меньшей степени, нежели гражданская архитектура, подвергалась художественно-образному контролю со стороны власти. Если здания заводо-управлений, шлюзов, аэропортов, проходных и заводских общежитий не избежали принудительного «увлечения» их авторов сталинским ампиром. То, собственно, цеха, градирни, корпуса литеек и теплоэлектростанций, склады и домны практически все время оставались зоной строгого техноло-гического и конструктивного рационализма. Их почти не коснулись ни стилистические веяния сталинского соцреализма, ни раскаты хрущевской битвы с излишествами. Анатолию Степановичу и здесь повезло. Хотя бы в том, что ему, как и другим архитекторам-промышленникам, не пришлось по команде свыше менять свои профессиональные убеждения и начинать с утра проповедовать то, с чем еще вчера вечером он яростно спорил …

Многие моменты истории профессии архитектора в СССР до сих пор так и остаются до конца не проявленными. Например, не разъясненными остаются мотивы и нюансы ситуации выбора в качестве основного «подрядчика» советского ВПК именно фирмы А. Кана. Существовали ли в тот период в Америке фирмы, способные проектировать также быстро, как «Альберт Кан Инкорпорейтед»? Была ли кановская способность «мгновенного» проектирования, действительно, уникальной и руководству ВСНХ не оставалось ничего иного, как идти на контакт именно с ним? Какие доводы, кроме скорости проектирования рассматривались при принятии решения о заключении контракта с фирмой А. Кана? Каковы на самом деле были и условия его приглашения в СССР? Ответы на эти вопросы сокрыты в глубинах до сих пор не рассекреченных архивов.

Остается до конца не раскрытой конкретная роль сотрудников фирмы «Альберт Кан Инкорпорейтед» в становлении советского проектно-строительного комплекса. В формировании государственной системы массового архитектурно-строительного проектирования. Например, до сих пор не описанной осталась роль проектировщиков фирмы А. Кана в советском гражданском проектировании. Этому не удалось найти ни подтверждающих, ни опровергающих документов. Зато в четких формулировках и в детально проработанном контексте встают многие вопросы, которые никогда ранее не только не прорабатывались, но даже и не возникали. Например, как распределялась работа и осуществлялись текущие рабочие контакты между сформированным в марте 1930 г. в Детройте из представителей «Челябтракторостроя» проектном бюро «Chelyabinsk Tractor Plant» и американскими сотрудниками фирмы «Albert Kahn Associates Incorporated» «расквартированними» в Госпроектстрое? Была ли их работа двумя частями единого процесса, перекинувшегося через океан или это были два автономных и независимых друг от друга проекта? Какую роль в организации непосредственного проектного взаимодействия двух временных проектных коллективов, размещенных в США и СССР играл лично Альберт Кан?

Как конкретно осуществлялась технология «снятия» американского опыта советскими специалистами в стенах «Госпроектстроя» и в «Chelyabinsk Tractor Plant»? В каком виде (отчетов, рекомендаций, организационно-управленческих решений и т. п.) фиксировались ее результаты? По каким принципам происходила адаптация американского поточно-конвейерного производства проектной документации к качественному составу советских проектировщиков, состоянию базы стройндустрии, системе руководства-подчинения и т. п.?