На третий год своего посвящения епископ, оставив заложников в Тевтонии, возвратился в Ливонию с пилигримами, каких сумел собрать, и в то же лето построен был город Рига на обширном поле, при котором можно было устроить и корабельную гавань».

В 1207 году рижский епископ Альберт стал князем Священной Римской империи, принеся присягу императору Филиппу Швабскому, однако римский папа Инокентий III сделал рижского епископа независимым от императора, подчинив его напрямую себе, а позднее следующий римский папа присвоил Альберту сан архиепископа, что значительно повысило его политическое влияние и возможности.

В 1202 году с целью захвата остальных прибалтийских земель по благословению римского папы и уставу военно-монашеского ордена тамплиеров-храмовников (Tampee — первоначальное жилище орденской братии в Иерусалиме в замке, построенном на фундаменте Соломонова храма), в виде государственного образования был создан еще один немецкий рыцарский орден меченосцев — крестоносцев. Члены ордена имели отличительный знак — красный крест и меч на белом плаще. Изображение меча на плащах и гербе и дало название — орден меченосцев Ливонским орден стал по имени завоеванных рыцарями ливов, живших в бассейне Западной Двины.

Ливонский орден — («братья воинства христова») состоял из духовенства — «братьев-священников», воинов — «братьев-рыцарей» и оруженосцев и ремесленников — «служащих-братьев». Вступающий в орден по уставу давал четыре обета — обет безусловного послушания орденскому начальству, обет целомудрия, обет бедности и обет посвящения всей своей жизни «борьбе с неверными и язычниками». Орденские братья были обязаны ежедневно присутствовать на богослужениях, имели общие стол и жилище в орденских замках. Орденские братья одевались в простую черную или коричневую одежду из грубой ткани, были обязаны коротко стричься и носить короткую бороду. Запрещались любые развлечения, включая охоту. Братьями-священниками могли стать только давшие орденские обеты лица духовного звания, даже не дворянского звания. Они одевались в узкий белый кафтан с красным крестом на груди и без нашитого меча. Братья-священники всегда ходили в походы вместе с братьями-рыцарями — ни один орденский брат не мог исповедаться и получить отпущение грехов ни у кого другого, кроме орденского брата-священника. Братьями-рыцарями могли стать только лица дворянского, рыцарского рода, клятвенно удостоверявшие до приема, что они дворяне или рыцари, а также когда, где и как они или их предки получили эти звания. Будущие братья-рыцари должны были быть рождены в законном браке, неженаты, не принадлежать ни к какому другому ордену, не заражены никакими болезнями и никому ничего не обещать до вступления в орден. Сам орден никого не возводил в звание рыцаря. Вступающий воин произносил клятву, четыре обета и торжественно принимался в орден. На него возлагали рыцарский плащ, перепоясывали рыцарским мечом и вручали полное вооружение — меч, щит, копье и палицу. Орден также назначал своему рыцарю оруженосца для прислуги и давал три лошади. Само оружие вручалось без всяких украшений, но очень высокого качества. Брат-рыцарь одевался в длинный белый кафтан и белый плащ, на левой стороне которого на уровне груди был нашит красный крест и под ним красный меч. Братья-служащие (стрелки, арбалетчики, кузнецы, повара, слуги) были только простого сословия, перед вступлением в орден обязаны были удостоверить, что они никому не принадлежали в качестве раба и также давали клятвы и обеты.

Орден возглавлял Великий Магистр, который командовал войском, для ведения орденских дел был наделен неограниченной властью, лишь только в некоторых случаях подчиняясь Совету общего собрания-капитула братьев-рыцарей. Вторым в иерархии был капеллан — орденский канцлер и хранитель печати. Высокое положение занимали казначей и драпир, ведавший орденским вооружением и снаряжением. Управлением и судом в завоеванных землях Эстонии и Латвии ведали провинциальные орденские магистры-командоры, фогты и попечители-начальники замков. Все рыцари, жившие в одном орденском замке, составляли конвент во главе с попечителем. Частные и генеральные собрания братьев конвента назывались капитулами.

Ленными властителями ордена меченосцев были епископы, дававшие ордену земли во владение на праве епископского вассала. Епископ принимал присягу в верности и послушании орденского магистра, как ленном, так и каноническом. Орден подлежал епископскому суду и находился в его духовной и светской юрисдикции. На эстонских и латвийских землях было создано орденское рыцарское государство — Ливония — сразу же ставшее угрожать Новгороду.

В 1217 году объединенное новгородско-эстонское войско совершило удачный поход в Южную Эстонию. Генрих Латвийский в «Хронике Ливонии» писал: «В 1217 году новгородцы собрали большое русское войско, с ним же был и король псковский Владимир со своими горожанами, и послали звать по всей Эстонии, чтобы шли эсты осаждать тевтонов». В 1218 году Новгороде копсковское войско дошло до замка Венден и осадило резиденцию магистра Ливонского ордена. Почти тогда же, в 1219 году датскими войсками была захвачена Северная Эстония и на месте селения эстов Линданисе был основан «Датский город» — «Таани линн» — Ревель, впоследствии ставший Таллинном, и приказом епископа Рижского основано Эстляндское епископство

В 1221 году объединенное русское войско владимирского князя Юрия Всеволодовича из Новгорода ходило осаждать орденскую крепость Венден. В походе участвовало и 600 литовцев, которые после окончания похода еще целый месяц оставались в Пскове. В 1222 году эсты, которым помогали отряды новгородцев и псковичей, уничтожили гарнизоны крестоносцев в Эзеле, Феллине и Оденпе. Однако уже через год, год первой битвы войска русских князей с татаро-монголами на Калке, крестоносцы разбили войско эстов на реке Имере и вернули все города. На помощь эстам двинулось русское войско во главе с новгородским князем Ярославом Всеволодовичем, которое дошло до Ревеля и «повоевало всю землю Чюдскую». Генрих Латвийский писал: «И послал король суздальский своего брата, а с ним много войска в помощь новгородцам; и шли с ним новгородцы и король Псковский со своими горожанами, а было всего в войске около 20000 человек». В Юрьеве и Оденпе были оставлены русские гарнизоны. Однако в 1224 году ливонскими рыцарями был взят город Юрьев-Дерпт, основанный в 1030 году Ярославом Мудрым в чудской земле, и в виде отдельного государства было образовано Дерптское епископство. Эсты были полностью разгромлены. Русские были вытеснены из Эстонии, а орденско-псковская граница стала проходить всего в 30 километрах от Пскова.

В 1228 году римский папа Григорий IX разослал свой приказ-буллу в Любек, Ригу, Готланд, Динамюнде и шведский Липчепинг, в котором в категорической форме потребовал прекратить торговлю с русскими землями, которые для начала должны были быть отрезаны от Запада. Не все купцы послушали папу. Так, Рига и Готланд заключили договор с Мстиславом Давыдовычем Смоленским «о взаимном благоприятствовании» и торговли.

В 1228 году новгородский князь Ярослав Всеволодович собрал войско для похода на Ригу, столицу ордена крестоносцев. Князь с новгородским посадником и тысяцким прибыли в Псков, но в город их не пустили — был распущен слух, что князь везет с собой оковы ковать «лучших мужей». Ярослав вернулся в Новгород и выступил на вече: «Не мыслил я ничего грубого против псковичей, в коробах вез им дары, паволоки и овощи, а они меня обесчестили». В Новгород пришли полки из Переяславля — выступление на Ригу было полностью подготовлено. Боярская оппозиция распустила слух, что Ярослав идет не на Орден, а на Псков. Часть псковских бояр вынудили город заключить отдельный договор с Ригой, по которому рижане и орден должны были помочь Пскову в случае их военного конфликта с Новгородом. По условиям договора Псков не должен был вмешиваться в немецко-новгородские конфликты и признавал рыцарей-крестоносцев своими союзниками в случае нападения Новгорода на Псков. В подтверждение договора Псков и Рига обменялись заложниками. Прибывшему в Псков из Новгорода посланнику Мише, привезшего письмо Ярослава псковичам — «ступайте со мною в поход, я зла не думал никакого, а тех мне выдайте, кто обадил вам на меня» — псковичи ответили: на Ригу не пойдем, а своей братьи не выдадим. В Новгород был отправлен из Пскова игумен Гречин с посланием — «Тебе, князь, кланяемся, и вам, братья новгородцы, но в поход не пойдем, и братьи своей не выдадим, а с рижанами мы помирились; вы к Колываню ходили, взяли серебро, и возвратились ничего не сделавши, города не взяша, также и у Кеси (Вендена) и у Медвежей Головы, и за то нашу братью немцы побили на озере, а других в плен взяли, а вы раздравше немцев да прочь. А теперь на нас что-ли удумали? Так мы против вас с Богородицею и с поклоном — лучше вы нас перебейте, жен и детей наших в полон возьмите, чем поганые; на том вам и кланяемся». Поход Ярослава Всеволодовича не поддержала и часть новгородских бояр — « мы без своей братьи плесковиц нейдем на Ригу, а тебе, князь кланяемся». Поход не состоялся и князь покинул Новгород. Псковичи же «тех, кто имел придаток у Ярослава, выгнаша ис Плескова: пойдите по князи своем, нам есте не братья».

Новгородским князем на год стал Михаил Черниговский, которого опять поддержала боярская партия во главе с посадником Внездом Вадовиком. Михаил оставил новгородским князем своего маленького сына Ростислава и ушел в Чернигов. Однако. Ярослав Всеволодович не зря был отцом великого Александра Невского. Новгородцы отправили Ростислава к отцу и в 1230 году князь Ярослав вернулся в Новгород, из которого, как и из Пскова, бежали проорденско и прочерниговско настроенные бояре во главе с новгородским тысяцким Борисом Негочевичем и сыном новгородского посадника Вадовика Внезда Петром-Вадовиковичем. В Пскове сторонники Чернигова захватили и посадили в поруб Вячеслава — наместника Ярослава, который в это время был в Переяславле. Ярослав вернулся в Новгород, успокоил город и взял под стражу семьи ушедших бояр и бывших в городе псковичей. Он послал в Псков гонца — «мужа моего отпустите, а изгнанникам путь укажите прочь, пусть идут откуда пришли». Псков ответил: «Вышлите к нам жен их и все имение, тогда мы отпустим Вячеслава, или мы себе, а вы себе». Ярослав перекрыл дороги на Псков. После установления торговой блокады псковичи смирились и отпустили Вячеслава, а Ярослав отпустил задержанные боярские семьи и псковичей. «В се лето (1232 год-авт.) не было мира, и князь не пустил в Плесков купцов, и покупали соль по 7 гривен берковец». Псковичи прислали послов Ярославу в Новгород со словами «Ты наш князь» и просьбой прислать на псковский стол его сына Федора. Псковским князем Ярослав прислал своего шурина Юрия. Борис Негочевич и Петр Вадовикович с другими боярами покинули Пскова. Неудачно попытавшись взять Изборск, они ушли в Чернигов, а часть бояр — во владения Ордена во главе с племянником Мстислава Удалого князем Ярославом Владимировичем, несколько лет до этого княжившего во Пскове и знавшего систему укрепления города изнутри. Через год, в 1233 году крестоносцы и бояре-изгнанники с князем Ярославом Владимировичем взяли Изборск, но ненадолго — псковский отряд с переяславской дружиной отбили город и взяли в плен князя-изгоя, который был отправлен в оковах в Переяславль, из которого, правда, вскоре бежал к немцам.