— Отдел оперативной техники (ООТ) (изготовление опертехники и снабжение ею местных органов) (применение опертехники оставалось прерогативой отдела "Б");

— Тюремный отдел (руководство тюрьмами МГБ как в центре, так и на периферии) (организован приказом МГБ СССР № 00396 от 27 сентября 1946 г.).

— Особое совещание при министре (для вынесения внесудебных решений по следственным делам, ведущимся в МГБ). (Штат секретариата ОСО МГБ СССР был объявлен приказом МГБ СССР № 00496 от 2 ноября 1946 г.);

— Управление делами (было организовано на базе АХФУ);

— Хозяйственное управление (организовано на базе АХФУ;)

— Финансовый отдел (организован на базе АХФУ).

В конце 1946 года произошла реорганизация аппаратов охраны руководителей страны. Приказом МГБ СССР № 00558 от 25 декабря 1946 г. управления охраны № 1 и № 2 и Управление коменданта Московского Кремля были объединены в Главное управление охраны МГБ СССР.

В основном эта структура МГБ СССР сохранилась до марта 1953 года, до слияния МГБ с МВД, однако, в деталях она постоянно менялась. Происходило укрупнение или разукрупнение оперативных управлений, менялся их профиль работы, и, наконец, происходила организация новых структурных единиц, связанная с передачей части функций МВД в МГБ. Это объяснялось растущим влиянием Абакумова, его стремлением переподчинить себе часть аппарата МВД, с одной стороны, и желанием Сталина создать мощную централизованную службу госбезопасности, с другой.

Уже в январе 1947 года совместным приказом МВД и МГБ СССР № 0074/0029 от 21 января 1947 г. была оформлена передача внутренних войск из МВД в МГБ. Было образовано Главное управление внутренних войск МГБ. Штатная численность войск составляла 68582 человека.

Приказом МВД и МГБ СССР № 0075/0030 от 21 января 1947 г. транспортная милиция была передана из МВД в Транспортное управление МГБ СССР. Вскоре приказом МГБ СССР № 00322 от 19 июня 1947 г. было организовано Главное управление охраны МГБ СССР на железнодорожном и водном транспорте. Основой этой реорганизации послужило постановление СМ СССР № 2104-556СС от 17 июня 1947 г.

Однако Сталин, усиливая влияние МГБ в делах внутри страны, лишил МГБ одной из важнейших и традиционных областей приложения сил: внешней разведки. Было принято решение объединить все разведывательные ведомства и службы СССР (1 Главное управление МГБ СССР, Главное разведывательное управление МВС, разведывательныю и информационные структуры ЦК ВКП(б), МИД, Минвнешторга и т. д.) в единый аппарат.

Решением СМ СССР № 1789-470сс от 30 мая 1947 г. был создан Комитет информации (КИ) при СМ СССР во главе которого был В.М.Молотов.

В структуре МГБ СССР 1 Главное управление было упразднено в связи с передачей функций этого управления в КИ при СМ СССР.

Для обобщения контрразведывательной работы и составления справочников, учебников и информационных бюллетеней приказом МГБ СССР № 00426 от 22 августа 1947 г. было организовано Специальное бюро при министре.

На основании постановления СМ СССР № 1130-405сс от 6 апреля 1948 г. совместным приказом МВД и МГБ СССР № 00369/0141 от 9 апреля 1948 г. из МВД в МГБ были переданы войска по охране особо важных объектов промышленности и железных дорог. Численность войск составляла 7301 человек.

В соответствии с постановлением СМ СССР № 3271 от 17 сентября 1947 г. приказом МГБ СССР № 332 от 28 июля 1948 г. была организована Центральная бухгалтерия МГБ СССР.

Государственное хранилище ценностей (ГОХРАН) было передано из МВД в МГБ. В связи с этим 21 апреля 1949 г. был создан спецотдел МГБ СССР.

В 1949 году служба наружного наблюдения и установки, т. е. оперативные функции были выделены из 5 управления МГБ СССР и приказом МГБ СССР № 00293 от 10 сентября 1949 г. было создано самостоятельное 7 управление МГБ СССР (оперативное). В соответствии с этим решением приказом МГБ СССР № 00386 от 6 декабря 1949 г. была утверждена новая структура 5 управления МГБ СССР. Отдел "О" был упразднен, а его функции были переданы в 5 управление. Теперь основной задачей 5 управления стала борьба с враждебными и антисоветскими элементами, работа против клерикалов и розыск авторов и распространителей антисоветских листовок и анонимных документов, т. е. функции секретно-политического управления.

В 1949 году произошли изменения и в Комитете информации при СМ СССР. Военная разведка была возвращена в Министерство вооруженных сил, а сам КИ стал теперь числиться при Министерстве иностранных дел СССР. Функции КИ при МИДе СССР продолжали сокращаться. Внешняя контрразведка и чекистская работа в советских колониях за рубежом были переданы в МГБ СССР, где для этих целей приказом МГБ СССР № 00333 от 17 октября 1949 г. было создано Первое управление.

Совместным приказом МВД и МГБ СССР № 00968/00334 от 17 октября 1949 г. из МВД в МГБ были переданы пограничные войска и милиция, а также Военно-строительное управление (ВСУ). Соответственно, в МГБ СССР теперь числились Главное управление погранвойск, Главное управление милиции и Военно-строительное управление.

На основании решения ЦК ВКП(б) от 19 сентября 1949 г. вся шифровально-дешифровальная работа из МГБ передавалась в ЦК ВКП(б) и, соответственно, 6 управление МГБ было ликвидировано. Это было оформлено приказом МГБ СССР № 00369 от 15 ноября 1949 г., а в ЦК ВКП(б) было создано Главное управление спецслужбы (ГУСС) ЦК ВКП(б) — КПСС.

Для обеспечения собственной шифровальной связи и дешифровки в МГБ СССР приказом № 0035 от 11 января 1950 г. был создан шифровальный отдел, согласно приказа МГБ СССР № 00443 от 18 августа 1950 г. он стал именоваться Отдел "С".