Во исполнение постановления Совета Министров СССР № 324–150 от 25 марта 1959 г. "Об упорядочении структуры и сокращении расходов на содержание МВД СССР" приказом МВД СССР № 097 от 27 марта 1959 г. в структуре центрального аппарата МВД СССР были произведены следующие изменения:

— 4 с/о МВД СССР подлежал упразднению с передачей своих функций в Главное управление милиции МВД СССР;

— Контрольная инспекция МВД СССР включалась в состав Секретариата МВД СССР;

— Тюремный отдел МВД СССР включался в состав Главного управления мест заключения МВД СССР;

— Организационное управление МВД СССР подлежало реорганизации в Военно-мобилизационный отдел МВД СССР с передачей функций по организационно-штатным вопросам в Управление кадров МВД СССР.

Численность центрального аппарата МВД СССР подлежала сокращению с 2830 человек до 2164 человек, то есть сокращалось 666 человек.

Численность обслуживающего аппарата МВД СССР (медицинские учреждения, санатории, дома отдыха, научно-исследовательские учреждения, хозяйственные подразделения и другие службы центрального подчинения) сокращалась с 10630 до 9769 человек, то есть сокращался 861 человек.

Всего численность центрального аппарата МВД СССР вместе с обслуживающим персоналом сокращалась с 14921 до 13021 человек.

Новая структура центрального аппарата МВД СССР была следующей:

— ГУМ (253 — штатная численность, начальник — М.В.Барсуков)

— ГУМЗ (147, М.Н.Холодков)

— ГУВКВ (135, С.И.Донсков)

— Штаб МПВО страны (160, И.С.Шередега)

— ГУПО (90, Н.А.Тарасов-Агалаков)

— ГУВС (229, И.Н.Кирюшин)

— ГУГК(101, А.Н.Баранов)

— ГАУ (135, Г.А.Белов)

— Управление кадров (125, К.П.Черняев)

— УУЗ (35, Н.И.Бокарев)

— Военно-мобилизационный отдел (28, Я.Я.Козачок)

— ФПУ (64, Ф.И.Долгов)

— ХОЗУ (158, И.И.Солодилов)

— Отдел перевозок (28, А.Г.Ишков)

— Отдел детских колоний (30, С.И.Борисов)

— Отдел фельдсвязи (34, Б.И.Краснопевцев)

— Отдел капстроительства (20, А.П.Солодко)

— Юридический отдел (8, Н.Н.Светозаров)

— 1 с/о (215, И.И.Горбенко)

— 2 с/о (38, К.Е.Елисеев)

— 3 с/о (25, Н.Я.Баулин)

— Главная бухгалтерия (30, В.П.Пузарин)

— Секретариат МВД СССР (70, И.И.Митяев)

Приказом МВД СССР № 0112 от 7 апреля 1959 г. в связи с упразднением 4 с/о МВД СССР работа по организации и осуществлению административного надзора за спецпоселенцами и ссыльными была возложена на Главное управление милиции МВД СССР.

Приказом МВД СССР № 217 от 8 апреля 1959 г. генерал-майор внутренней охраны Я.Я.Козачок (бывший начальник отдела службы внутренних войск штаба ГУВКВ МВД СССР) был назначен начальником Военно-мобилизационного отдела МВД СССР.

Приказом МВД СССР № 0177 от 8 мая 1959 г. были утверждены штаты легкового и грузового автотранспорта, обслуживающего Центральный аппарат МВД СССР. По штатам на автобазе ХОЗУ МВД СССР числилось легковых автомобилей — 97, грузовых — 113.

Постановлением Совета Министров СССР № 652 от 26 мая 1959 г. "О сокращении количества заместителей министров", объявленным приказом МВД СССР № 520 от 13 июля 1959 г., для МВД СССР были установлены три заместителя министра внутренних дел СССР, из них один заместитель — первый, и 9 членов Коллегии МВД СССР.

Постановлением Совета Министров СССР № 812 от 20 июля 1959 г. О.В.Толстиков был освобожден от должности первого заместителя министра вн. дел СССР по МПВО и назначен заместителем министра внутренних дел СССР по МПВО и начальником Штаба МПВО страны.

Постановлением Совета Министров СССР № 819 от 23 июля 1959 г. И.С.Шередега был освобожден от должности начальника Штаба МПВО страны в связи с уходом на пенсию.

Приказом МВД СССР № 550 от 27 июля 1959 г. было объявлено "Положение о контрольной группе Секретариата МВД СССР".

Постановлением Совета Министров СССР № 911 от 7 августа 1959 г. С.А.Васильев и М.Н.Холодков были освобождены от обязанностей заместителей министра внутренних дел СССР.

Приказом МВД СССР № 645 от 10 августа 1959 г. комиссар милиции 2 ранга М.В.Барсуков был освобожден от должности начальника ГУМ МВД СССР. Этим же приказом начальником ГУМ МВД СССР был назначен бывший начальник УВД Мособлисполкома генерал внутренней службы 3 ранга Г.И.Калинин, и этим же приказом бывший заместитель министра внутренних дел СССР полковник внутренней службы С.А.Васильев был назначен начальником УВД Мособлисполкома.