10 июля 1658 г. боярин князь Юрий Ромодановский объявил патриарху царский гнев за самовольное присвоение им титула «Великого государя», уравнивавшего его с самодержцем. Никон в раздражении заявил: «От сего времени не буду вам патриарх». И уехал в свой любимый Новоиерусалимский Воскресенский монастырь. Он думал, что мягкий Алексей Михайлович погневается, посердится, а потом «заскучает за своим собинным другом» и позовет его обратно в Москву. Но шло время, а царь не ехал и писем бывшему другу не слал. Тогда в 1659 г. Никон сам написал царю письмо.

В нем он опять пытался шантажировать царя, играя на его человеколюбии и искренней вере. При этом он писал, что останется патриархом до тех пор, пока его не лишат чина вселенские патриархи. Долго тянулась ссора двух бывших друзей. Но Алексей Михайлович, как ни тяжело ему было, решил пройти этот путь до конца. «Тишайший» царь умел быть и твердым, и жестоким. В 1666 г. Священный собор с участием антиохийского и александрийского патриархов низложил Никона и отправил его под конвоем в Ферапонтов монастырь.

Вступив на престол после смерти отца, царя Алексея, в 1676 г., новый государь Федор Алексеевич посетил Новый Иерусалим. Он восхитился творением Никона и решил достроить монастырь, предоставив его Никону под резиденцию. За опальным патриархом послали в Ферапонтов монастырь. Он, несмотря на болезнь, быстро собрался и поехал в столицу, но 17 августа 1681 г. умер в дороге. Известно, что Федор собирался назначить четырех патриархов (в Новгороде, Казани, Крутицах и Ростове), а Никона сделать русским папой. Со смертью Никона от этого замысла отказались.

А в это время протопоп Аввакум со своими сподвижниками уже давно сидел в Пустозерске, в подземной тюрьме. Пока был жив царь Алексей, протопоп писал ему гневные письма: «Ты ведь Михайлович, русак, а не грек. Говори своим природным языком; не уничижай его и в церкви, и в дому, и в пословицах… Перестань-ко ты нас мучить тово! Возьми еретиков тех, погубивших душу свою, и пережги их, скверных собак, латынников и жидов, а нас распусти, природных своих. Право, будет хорошо». Но уже не слушал его царь Алексей. Не стал слушать челобитные Аввакума и царь Федор. Тем временем сторонники старообрядцев все смелели. Дело дошло до того, что «грамотки» и послания Аввакума разбрасывали по Москве даже в присутствии царя. Власть же не без оснований опасалась Аввакума. Он и его энергичные сподвижники, движимые пламенной верой, окруженные ореолом мучеников и страстотерпцев за «истинную веру», все больше раскачивали здание господствующей церкви.

Созванный в 1681—1682 гг. церковный собор приговорил Аввакума и ряд видных старообрядцев к сожжению. 14 апреля 1682 г. Аввакума и его соузников по подземной тюрьме «за великие на царский дом хулы» сожгли заживо в срубе, наполненном дровами и горючим материалом.

Можно понять восторг царя Федора Алексеевича, побывавшего в Новом Иерусалиме. Этому монастырю не было равных в России. Никон задумал и создал его, стремясь в миниатюре воспроизвести Святые места в Иерусалиме. Вся уютная и просторная местность вокруг высокого холма у Истры была им преображена и переименована. Он поступил здесь как Бог, создававший твердь. Холм, на котором возник Новый Храм – Воскресенский собор, по воле патриарха превратился в Сион. Тихая, извилистая, типично русская речка Истра услышала свое новое имя – Иордан. Поднявшись на соседний с Сионом холм Елеон, можно было увидеть Гефсиманский сад. А величественный скит, выражавший всю его гордыню, Никон поставил у потока Кедрон. Никон так полюбил избранное им место, что проводил там целые месяцы, увлеченный стройкой. Особенно поражала паломников своей необыкновенной высотой и величием ротонда храма с поливными изразцами, а также и вся живописная гармония церквей с окружающей природой. Согласно легенде, название всему месту дал царь Алексей Михайлович, приехавший посмотреть на дело рук его «собинного друга»: «Посмотря сюду и сюду на широту пространства польного и возлюби, и нарече имя монастырю Новый Иерусалим».

Рассорившись с царем, Никон переехал в Новый Иерусалим и ушел с головой в дела стройки. Достроить монастырь ему не удалось, но, согласно его воле, гроб с его телом привезли и похоронили здесь – в самом любимом для него месте на земле, которое было, по его убеждению, ближе всего к Небу.

Жизнь «Верха» – так называли царский дворец, стоявший на Кремлевском холме, – протекала при Алексее Михайловиче по принятым в старину обычаям и традициям. Царь вставал, молился, шел в баню, совещался с ближними боярами, заходил на половину царицы, играл с детьми, гладил любимого кота (его изображение дошло до наших дней). Летом царь с семьей жил «в прохладе» на лоне природы, в своих подмосковных дворцах: в Преображенском, Измайловском и в самом любимом – Коломенском. Деревянный, причудливой формы, ярко украшенный, Коломенский дворец возвышался на холме у красивой излучины Москвы-реки, откуда открывался вид на Москву. Семейная жизнь царя Алексея Михайловича сложилась на редкость удачно. Долгие годы он был счастлив с царицей Марией Ильиничной Милославской. Красивая, спокойная и добрая, она родила царю 13 детей – 5 мальчиков и 8 девочек. Царица была старше царя на 3 года, отличалась особым благочестием и богобоязненностью. Порой в малом возке, невзирая на снега или грязь, она отправлялась на богомолье по святым местам Подмосковья. Скончалась Мария 3 марта 1669 г., а в 1671 г. царь женился снова. Новой царицей стала 20-летняя дочь рязанского дворянина Наталья Нарышкина, которую он якобы встретил в доме своего приближенного боярина А. Матвеева и полюбил. В мае 1672 г. Наталья родила первенца – сына Петра, будущего реформатора России. Годы, проведенные Алексеем с Натальей, оказались самыми счастливыми для царя. Но счастье было недолгим – царь умер всего лишь 47 лет от роду.

Наследовал престол Алексея Михайловича его третий сын, 15-летний Федор (двое его старших братьев умерли в юности). Федор не отличался крепким здоровьем. Случалось, он неделями и месяцами не мог выйти из дворца, мучимый недугами. Даже на коронацию его несли на носилках. При этом Федор был умным, живым юношей, страстно любил лошадей, в которых знал толк. Он получил хорошее домашнее образование, знал латынь, любил чтение и музыку. Учителем Федора был Симеон Полоцкий. Ученый монах, воспитанник иезуитов, он обратил на себя внимание царя Алексея Михайловича в Полоцке, когда прочитал в честь царя оду, поразившую всех благозвучием и красотой. Его взяли в Москву и определили наставником царских детей. Симеон Полоцкий писал много стихов, составил «Вертоград многоцветный» – сборник стихотворных сентенций на все случаи жизни, стремясь при этом, чтобы «в непрерывном повествовании не родилась для слушателя скука», чтобы читатель получал новые знания.

Царствование Федора оказалось в целом спокойным. Федор правил гуманно, ему удалось умерить чрезмерные аппетиты родственников по материнской линии – Милославских. Им на смену в управление пришли люди достойные и опытные – бояре Языков и Лихачев, а позже князь В. В. Голицын.

При Федоре самодержавие уже не нуждалось в поддержке общества, «земли», усилилась власть воевод на местах. В 1678—1679 гг. провели подворную перепись, и с тех пор подданные платили налоги с дворов, а не с земли (с «сохи»), как раньше. В окружении царя обсуждали проекты преобразований, предвосхищавшие реформы Петра I. В 1681 г. отменили местничество – систему, при которой должности занимали люди в зависимости от знатности и заслуг их рода. Это приводило к распрям из-за «места», затрудняло управление. Федор указом предписал отменить местничество, а книги, в которых велся «местнический счет», сожгли при свидетелях в печах. Главным критерием продвижения по службе стали личные способности и выслуга лет.