Между тем погода, подводные заграждения, мины и артиллерийский огонь продолжали находить свои жертвы среди десантных барж и катеров, семь из которых погибли к середине дня. Однако благодаря усилиям их командиров и экипажей многие десантные баржи и катера не только сами выходили из опаснейших положений, но и оказывали сообща помощь тем, кто завяз в прибрежной отмели и не мог самостоятельно покинуть опасный район.

В 15 ч 35 мин адмирал Тэлбот сам высадился на плацдарм, чтобы посмотреть, как идут дела. Когда он вышел на берег, минометный огонь продолжался, и семерка истребителей «Ю-88» обстреливала плацдарм с бреющего полета. Тэлбот обнаружил 24 больших десантных баржи, еще сидящими на мели, и большую скученность на плацдарме из-за пробок на дорогах, ведущих к проходам между дюн. Вернувшись на «Ларгс», адмирал приказал высадить на берег рабочие партии моряков, чтобы помочь разгрузить плацдарм.

41-й отряд коммандос под командованием подполковника морской пехоты Тома Грея пересек Ла-Манш на пяти малых пехотно-десантных катерах (LCY(S)) и в 8 ч 45 мин высадился на берег в 300 метрах западнее назначенной позиции в секторе «Питер» у Лион-сюр-Мера. Отряд был встречен артиллерийским и минометным огнем, понеся при этом значительные потери. Морские пехотинцы сумели очистить пляж от немцев, но попытка с ходу овладеть Лион-сюр-Мером не удалась. Несмотря на двухчасовую бомбардировку Лион-сюр-Мера эсминцами, селение удалось взять лишь на следующее утро. Затем морские пехотинцы возобновили свое движение на запад, чтобы соединиться с 48-м отрядом коммандос, наступающим с участка «Джюно». Достигнув деревушки Пети Энфер, морские пехотинцы встретились с 46-м отрядом коммандос, чья первоначальная задача была изменена, и теперь они должны были взять Пети Энфер. Отряд успешно выполнил задачу, захватив 65 пленных.

45-й отряд коммандос подполковника морской пехоты Н. Райеса высадился в 9 ч 10 мин в Ла-Бреше в окрестностях Уистреама и двинулся на восток, чтобы оказать содействие 6-й воздушно-десантной дивизии. Позднее этот отряд оказался вовлеченным в упорный бой в районе Франсевиля, где немецкие самоходки, укрывшиеся в лесу южнее деревни, доставили морским пехотинцам много хлопот.

В 22 ч 50 мин, чтобы прикрыть переполненную якорную стоянку от ожидаемой воздушной атаки немцев, была поставлена дымовая завеса, а всего через 10 минут пришло сообщение о приближении германских самолетов. Их появление совпало по времени с пролетом над якорной стоянкой 300 союзных транспортных самолетов и буксируемых десантных планеров, несущих подкрепления 6-й воздушно-десантной дивизии. Ряд кораблей, игнорируя запрещающие сигналы, открыли огонь, и, по крайней мере, два английских самолета были сбиты. В итоге адмирал Вайен потребовал, чтобы все последующие воздушно-десантные операции подобного рода проводились только в дневные часы.

По мнению союзного командования, успех первой фазы операции «Нептун» был полным. В своем рапорте адмирал Рамсей отметил, что «самым выдающимся фактом является то, что, несмотря на неблагоприятную погоду, в своих главных положениях план был выполнен так, как он был составлен».

Общие потери десантных кораблей составили 304 единицы, из которых 50 % погибли на береговых заграждениях, оборудованных минами Теллера. К концу «Дня Д» в англо-канадском районе вторжения было высажено на берег 70 472 человека из подразделений первого и второго эшелонов десанта.

Следует отметить, что германские ВВС, захваченные врасплох, произвели несколько десятков вылетов. Ко второй половине дня вторжения немцы потеряли четыре бомбардировщика «Юнкерс-88» и один истребитель «Фокке-Вульф-190», который прежде чем его сбили над морем, сбросил 250-фунтовую фосфорную бомбу на палубу флагманского корабля «Булоло», взрыв которой вызвал жертвы и разрушения.

6 июня потери союзников, вызванные главным образом огнем зенитной артиллерии, были незначительными и составляли 113 самолетов на 14 674 самолетовылета (из них 5656 самолетовылетов приходилось на долю английских ВВС).

Непосредственное прикрытие с воздуха осуществляли шесть эскадрилий «Спитфайеров», дальнее — три эскадрильи «Тандерболтов». Кроме того, постоянное патрулирование над путями конвоев и соединениями вторжения выполняли четыре эскадрильи «Лайтнингов».

Адмирал Рамсей писал: «К концу „Дня Д“ беспокойство чувствовалось только по одному поводу — чтобы улучшившаяся погода позволила начать накопление сил на плацдармах так, как планировалось».

Подавляющее воздушное превосходство союзников гарантировало оборону от воздушных атак немцев. На море якорные стоянки в районе вторжения были сосредоточены ближе друг к другу для лучшего обеспечения обороны их от атак немецких подводных лодок и торпедных катеров. Атаки более крупных надводных кораблей противника считались маловероятными из-за повышенной минной опасности в районе. Возможность крупномасштабных воздушных налетов немецкой авиации вообще не учитывалась. Поэтому было решено принять статичную систему обороны, хотя и при любом другом варианте у кораблей все равно было бы очень мало пространства для маневрирования.

Ответственность за оборону Ла-Манша вне района вторжения лежала на командующих военно-морскими базами Портсмут, Плимут и Дувр, которые действовали в тесном взаимодействии друг с другом и с адмиралом Рамсеем.

Командующие военно-морскими Оперативными соединениями Западного и Восточного секторов района вторжения составили собственные диспозиции для охраны флангов своих секторов. Адмирал Керк разделил американский район вторжения на восемь оборонительных подрайонов с кодовыми названиями «Маунтин», «Хикери», «Эльде», «Прери», «Вермонт», «Канзас», «Орегон» и «Огайо». Из них первые три подрайона находились мористее остальных, гранича с ними на юге и востоке.