Несмотря на перемены, в стране по-прежнему продолжается гражданская война, но уже с участием США и их союзников по НАТО. В конце 2001 года Совет Безопасности Организации Объединенных Наций санкционировал создание Международных сил содействия безопасности (ИСАФ). Это подразделения в составе войск НАТО, которые участвуют в оказании помощи правительству президента Хамида Карзая, а также восстановлению ключевой инфраструктуры в стране. В 2005 году США и Афганистан подписали стратегическое соглашение о партнерстве обоих государств и долгосрочных отношениях. В то же время несколько миллиардов долларов были предоставлены со стороны международного сообщества для восстановления страны.

После терактов 11 сентября 2001 года президент США Джордж Буш-младший выдвинул талибам ультиматум: в кратчайшие сроки выдать американскому правосудию бен Ладена, а также все руководство «Аль-Каиды». 21 сентября талибы ответили отказом, заявив, что американцы не предоставили достаточно веских доказательств причастности этой организации к атакам в Нью-Йорке и Вашингтоне. Интересно, что до нынешнего года 92 % опрошенных афганцев никогда не слышали о согласованных множественных атаках, совершенных на территории Соединенных Штатов 11 сентября 2001 года. Опрос также показал, что четверо из десяти афганцев полагают, что США присутствуют на их земле с целью «уничтожить ислам или оккупировать Афганистан».

22 сентября два единственных государства, признававших режим талибов (ОАЭ и Саудовская Аравия; 3-й страной, признавшей Эмират Афганистан, был Пакистан), разорвали с Афганистаном дипломатические отношения. Из самого Афганистана в Иран и Пакистан хлынул огромный поток беженцев.

Официально продекларированные цели США – свержение режима талибов и освобождение территории Афганистана от влияния талибов, а также пленение и суд над бен Ладеном и его сообщниками по «Аль-Каиде».

По мнению некоторых журналистов, настоящей причиной вторжения США в Афганистан послужил отказ талибов в прокладке трубопровода TAPI (Туркменистан – Афганистан – Пакистан – Индия) на условиях США, в частности, план вторжения США в Афганистан существовал еще за полгода до событий 11 сентября.

Военная операция против движения Талибан началась вечером 7 октября 2001 года. В нанесении первого удара принимали участие 40 боевых самолетов; с американских и британских кораблей было выпущено около 50 крылатых ракет.

С 2003 по 2005 год в стране набирала обороты партизанская война. 2005 год – насилия стало все больше. За год в результате боевых действий в Афганистане погибли в общей сложности 1500 человек, наибольшее число после свержения режима талибов. Возросли потери американского контингента и сил ISAF. В июне был сбит американский вертолет МН-47, погибли 16 военнослужащих частей специального назначения – наибольшая единовременная потеря США с начала войны. В августе 17 испанских военнослужащих погибли в очередной вертолетной катастрофе. Увеличилось число атак с применением самодельных взрывных устройств. С января 2006 года началось размещение войск ISAF на юге Афганистана.

В 2008 году общая ситуация в Афганистане была неоднозначной. Талибы постепенно оправлялись от нанесенных альянсом ран и собирались с силами. На протяжении 2008 года талибы использовали тактику партизанской войны и мелких стычек, упорно уклоняясь от участия в крупных боевых действиях. Нападения на патрули, обстрелы конвоев, минирование дорог, атаки на блокпосты заметно участились. НАТО продолжало (с переменным успехом) осуществлять политику «силовой демократии». Среди местного населения росло недовольство от присутствия НАТО в регионе – во многом благодаря пропагандистским акциям Талибана. В августе 2009 года подразделения немецкого контингента ISAF совместно с афганскими силами безопасности предприняли массированное наступление на боевиков в уезде Чахар-дара. Талибов удалось выбить из региона и захватить их главный опорный пункт.

2010 год. 12 февраля на юге Афганистана в провинции Гильменд началась военная операция, в которой участвовали американские и афганские военные. В результате операции талибы были выбиты из главного города боевиков – Марджа. Американские военные назвали операцию успешной, хотя многие аналитики не были склонны так утверждать. В марте началась новая операция в окрестностях Кандагара.

По признанию самого Пентагона, какого-либо улучшения ситуации в Афганистане к осени 2010 года силы НАТО так и не добились, а некоторые аналитики говорили о том, что общая обстановка в стране ухудшилась. 2011 год. 9 января боевики Исламского Эмирата заявили, что установили контроль в ходе двухчасового сражения в ночь на 9 января над уездным центром Зари в провинции Балх и тем самым над всем уездом, так как противник не располагает больше никакими силами в этом районе. Было заявлено, что потерь у них нет. Взяты военные трофеи: 12 автоматов Калашникова, боеприпасы, другое оружие, 1 джип «Рейнджер».

В Афганистане, поданным на 6 августа 2010 года, находятся примерно 120 ООО военнослужащих Международных сил содействия безопасности (англ. ISAF). Их присутствие в стране после свержения режима талибов было необходимо для оказания помощи афганскому Временному органу в обеспечении безопасности в Кабуле и прилегающих к нему районах, с тем чтобы афганский Временный орган, а также персонал Организации Объединенных Наций могли действовать в условиях безопасности.

После оккупации НАТО производство наркотиков в Афганистане увеличилось. По данным ФСКН (Федеральной службы РФ по контролю оборота наркотиков), от героина афганского производства в России ежегодно гибнет вдвое больше людей, чем погибло советских солдат за всю десятилетнюю войну в Афганистане. По мнению директора ФСКН Виктора Иванова, распределение афганского наркотика такое: в Европу и на Юг идет по 30 % урожая, остальные 40 % – в Россию. Главный центр производства наркотиков – провинция Гильменд, оплот движения Талибан, где площадь посадок составила 103 тыс. га.