Спасская церковь села Уборы была построена в 1697 г., внутреннее же убранство закончено только в 1700 г. Об истории постройки храма и о тех архитектурных замыслах, которые зодчему не удалось до конца воплотить, можно судить по «делу», возникшему между заказчиком П. В. Шереметевым и строителем. Вести строительство в Уборах зодчий намеревался, как всегда, с артелью, в которую на этот раз входили его односельчане Михаил Тимофеев и Митрофан Семенов. Бухвостов обязался закончить постройку церкви с большим объемом художественных резных белокаменных работ в два строительных сезона, однако не уложился в этот срок из-за частых отлучек в Рязань, где шло сооружение Успенского собора. Против Бухвостова было начато "судебное дело". Зодчий был "посажен в колодничью палату за решетку". Но, понимая, что дальнейшее преследование мастера может окончательно сорвать строительство храма в Убоpax, Шереметев согласился на мировую.

В своей архитектурной композиции в Уборах Бухвостов вначале ориентировался на построенный в 1684–1688 гг. храм села Петровского-Дурнева (Дальнего) недалеко от Уборов. В этом необычном для своего времени сооружении традиционный четверик был скрыт выступающими вперед округленными притворами и алтарем. Однако в 1685 г. Шереметев потребовал изменить композицию и "делать четверик, а тот осмерик… делать на четверике". Это привело к значительному изменению первоначального творческого замысла Я. Г. Бухвостова. Можно предложить, что Шереметев потребовал пересмотра архитектурной композиции после возведения в Филях — подмосковной вотчине дяди молодого Петра I Л. К. Нарышкина — удивительного храма.

Спасская церковь села Уборы стоит в центре одной из излучин Москвы-реки, на вершине пологого холма, и ее стройный силуэт парит над всей окрестностью. Объемно-пространственная композиция храма представляет собой куб основной части, увенчанный тремя уменьшающимися кверху восьмериками и окруженный с четырех сторон разновеликими одноэтажными притворами и алтарем. Округлая форма трехлепестковых в плане приделов, завершавшихся ранее главами, придает архитектурному объему большую пластичность. Здание храма поставлено на невысокий парапет-гульбище.

Обильное белокаменное убранство придает храму большую живописность. Все резные детали, среди которых особенно выделяются сложные по форме наличники окон восьмериков, выступают на фоне оранжево-красных стен. Ленты цветочных гирлянд, обвивающих стволы колонн, тонкая пластика растительных мотивов белокаменных вставок парапета-гульбища неразрывно связывают постройку с окружающей природой.

Внутри храм производит столь же целостное впечатление, что и снаружи. Бухвостову удалось преодолеть массивность стен здания, расширив арки и придав им стрельчатые очертания. Это объединило притворы с центральной частью храма, зрительно расширив все внутреннее пространство.

В 1695–1698 гг. Бухвостов много строит в Рязани, однако он, несомненно, продолжает свою деятельность в столице и в подмосковных усадьбах.

К концу XVII века в вотчине Нарышкиных Троицком-Лыкове была построена удивительно изящная церковь. В синодике упомянуты имена строителей этого замечательного памятника: "Михаила да Митрофана, да Якова их господина". Следовательно, храм в Троицком-Лыкове строила та же артель, что и Спасскую церковь в Уборах, — Михаил Тимофеев, Митрофан Семенов во главе с Яковом Бухвостовым. Окончено строительство было в 1703 г.

Храм стоит на крутом лесистом берегу Москвы-реки. Подобно церкви в Уборах, он имеет невысокий подклет в виде террасы-гульбища. К трем дверям ведут широкие лестницы. Однако вместо центрической композиции зодчий избирает здесь композицию ярусной церкви с алтарем и западным притвором. Центральный кубический объем увенчан массивным восьмериком, на который поставлены еще два восьмерика, образующие башню с куполом. Алтарь и западный притвор также увенчаны главами, поставленными на двухъярусный восьмерик. Этот прием увеличил стройность архитектурных форм храма, подчеркнул башнеобразный характер его главного объема.

В декоративном убранстве храма Бухвостов перерабатывает полюбившиеся ему орнаментальные мотивы и увязывает их с композицией своего нового творения. Изысканное сочетание кирпича и белокаменной резьбы во всех элементах ордера придает храму в Троицком-Лыкове изящество, а обработка всех частей здания филенками и витыми колонками — удивительную пластичность. Белокаменная резьба покрывает наличники окон, колонки порталов, обрамляет восьмигранные окна-люнеты на южном и северном фасадах. С богатством белокаменной резьбы перекликается прорезной и кованый металл ажурных подзоров и крестов.

Связь внешнего облика и внутреннего пространства в храме Троицкого-Лыкова достигла у Бухвостова наибольшего совершенства. Стены внутри храма, прорезанные переходами и лестницей в виде золоченого балкона, ведущей на хоры, — были окрашены в алый цвет. Это выгодно оттеняло золоченый резной девятиярусный иконостас.

Все эти достоинства ставят церковь в Троицком-Лыкове в число лучших произведений московского барокко, дают возможность убедиться в незаурядном даровании автора, сумевшего в разработке единого типа небольшого вотчинного храма "под колоколы" создать различные по художественной выразительности памятники.