Военный совет Ленинградского фронта в начале сентября буквально каждый день обсуждал вопросы организации водных перевозок — строительства причалов на пристанях, изыскания транспортных судов, выделения людей на погрузочно-разгрузочные работы, обеспечения противовоздушной обороны трасс. 3 сентября Военный совет возложил руководство водными перевозками на Ладожскую военную флотилию (ЛВФ), которой подчинил суда Северо-Западного речного пароходства.

8 сентября пал Шлиссельбург, и перевозки в Ленинград еще более осложнились. В руках войск, находившихся на блокированной территории, осталась лишь южная часть Ладожского озера, главным образом Шлиссельбургская губа. Воспользоваться этим «окном» для снабжения населения города, войск фронта и флота было не просто. К южному берегу Шлиссельбургской губы вышли германские войска. Вся северная часть озера тоже находилась у противника.

Освоение водного пути было крайне трудным не только потому, что Шлиссельбургская губа насквозь просматривалась и простреливалась вражеским артиллерийским огнем. И не только потому, что Ладожское озеро, которое по своим размерам под стать морю — длиной более 200 и шириной до 140 километров, издревле известно своим буйным нравом — сильными штормами. Но главным образом потому, что ни на западном, ни на восточном берегах губы не было портов, оборудованных пристаней, не хватало озерных барж, пригодных для плавания по штормовому озеру.

9 сентября Военный совет фронта решил перенести приемку грузов на западном берегу озера в Осиновец — маленькую рыбачью гавань, мелководную, усеянную каменными рифами, назначив своим уполномоченным по ее благоустройству заместителя командующего ЛВФ капитана 1-го ранга Н.Ю. Авраамова. В его подчинение были переданы коллектив Балттехфлота для проведения дноуглубительных работ, отряд ЭПРОНовцев (ЭПРОН — экспедиция подводных работ особого назначения, в 1923–1941 годах организованная в СССР для подъема затонувших судов и выполнения аварийно-спасательных работ. С началом войны передана в состав ВМФ и преобразована в аварийно-спасательную службу ВМФ. — Примеч. авт.),ряд строительных и дорожных армейских батальонов. Вместе с железнодорожными войсками они двинулись в «наступление», приспосабливая к приемке и разгрузке Осиновецкую гавань, а позже — бухты Гольсмана и Морье.

Тем временем в труднейших условиях началась доставка грузов в осажденный Ленинград. 12 сентября с восточного берега озера под руководством капитана И.Д. Ерофеева в Осиновец прибыл первый пароход «Орел», буксировавший две баржи с 800 тоннами зерна. С этого дня и началась первая осенняя военная навигация на Ладоге.

Грузы шли в Ленинград по довольно сложному пути: со станции Волховстрой вагоны подавались на пристань Гостинополье, где продовольствие, боеприпасы перегружались на баржи, шедшие по реке Волхов до Новой Ладоги, а оттуда, уже на озерных баржах, до Осиновца; здесь новая перевалка на железную дорогу — и в Ленинград. Самым тяжелым и опасным отрезком всего пути была озерная трасса.

Руководство перевозками на Ладоге было поручено члену Военного совета Ленинградского фронта заместителю наркома Военно-Морского флота адмиралу И.С. Исакову. Обладая большими организаторскими способностями, адмирал успешно организовал строительство портовых сооружений, добился увеличения доставки грузов. Вскоре он был направлен на выполнение другого боевого задания.

В сентябре ладожцы перевезли через озеро до 20 тысяч тонн продовольствия и вооружения. В ходе перевозок о береговые камни разбилось до двадцати барж.

В целях упорядочения перевозок по реке Волхов и Ладожскому озеру и ликвидации многоначалия Военный совет фронта назначил своим уполномоченным по перевозкам в Ленинград генерал-майора A.M. Шилова, наделив его большими правами: его распоряжения, касающиеся обеспечения перевозок, подлежали немедленному и беспрекословному выполнению всеми учреждениями и организациями.

Генерал Шилов, умело взаимодействуя с командующим Ладожской военной флотилии (ЛВФ) капитаном 1-го ранга B.C. Чероковым, улучшил работу по доставке грузов; суда стали перевозить в сутки до 3 тысяч тонн. Порт Осиновец был передан в ведение начальника тыла фронта. Начальником порта стал капитан госбезопасности М.Г. Евграфов.

Немецкое командование всячески стремилось парализовать судоходство по озеру, усилив атаки с воздуха создаваемого Осиновецкого порта, пристаней и транспортов в открытом озере. Вражеским летчикам удавалось порой наносить ущерб судам, береговым сооружениям. Но как ни остервенело враг разбрасывал тысячи бомб, все его попытки сорвать перевозки оказались тщетными.

На защиту Ладожской трассы встали зенитные и авиационные части фронта и Краснознаменного Балтийского флота. С земли водный путь и приозерные береговые объекты прикрывали зенитчики Осиновецкого и Свирского бригадных районов ПВО. С воздуха трассу защищали два истребительных авиационных полка — один от истребительного авиационного корпуса ПВО и другой — от ВВС флота.

Так же смело и бесстрашно действовали моряки и речники. Из Новой Ладоги вышел пароход «Морской лев» с двумя баржами на буксире. В пути караван настиг жестокий шторм. Ветер и волны обрушивались с такой силой, что баржи стали переламываться. К терпящим бедствие судам первым пришел на помощь проходивший неподалеку пароход «Орел». Обвязавшись тросами, члены его команды вытаскивали людей из клокочущих волн. «Орел» спас двести человек, остальных подобрали команды «Морского льва» и подошедших кораблей флотилии.