Как и было оговорено, артиллерия открыла огонь, но наступление вновь приостановилось — из-за неспособности пехоты 10-й танковой дивизии наступать непосредственно за огневым валом. Потеряв терпение, Гудериан вместе со своим адъютантом — подполковником Браубахом пошел в передовые подразделения. Однако когда те все-таки вновь поднялись, выяснилось, что огонь задних рядов накрывал передние. Браубах отправился туда, чтобы прекратить беспорядок, но его, с расстояния 100 метров, с бастиона, тяжело ранил польский снайпер. Несколько дней спустя адъютант Гудериана скончался от полученных ранений. Атака вновь была отбита, причем потери немцев были еще более тяжелыми.

Однако и поляки, к тому времени (с 14 по 16 сентября) отбившие семь пехотных атак, поддерживаемых танками, артогнем и авиацией, потеряли около 40 % убитыми и ранеными.

Учитывая потери, уменьшение количества боеприпасов, а также то, что на некоторых участках немцам все же удалось прорваться за главный вал и оттеснить поляков в цитадель — в 17 часов генерал Плисовский принял решение покинуть Центральное укрепление. Этому решению способствовало и то, что Плисовский, к тому времени раненый осколком, утратил связь с командованием. Ситуацию (а к тому времени польское правительство уже готовилось выехать из страны) не знал никто. Немаловажным было и то обстоятельство что немцы вот-вот могли перекрыть единственный свободный путь — на Тересполь.

Под покровом темноты поляки покинули крепость. Их отход прикрывал маршевый батальон 82-го пехотного полка и 2-я рота саперов, с задачей — заминировать дорогу и взорвать мосты. Затем они имели право покинуть крепость, присоединившись к остальным частям, идущим в Тересполь.

Кстати те действительно двинулись вовремя — в темноте у шоссе на Тересполь прошли перестрелки с немецкой пехотой, накануне получившей приказ переправиться через Буг и, выйдя к крепости со стороны Тересполя, атаковать ее с запада. Однако поляки опередили. Утром 17 сентября немецкие части вошли в цитадель.

Потери сторон при боях за крепость неизвестны, однако только 15 сентября потери 69-го пехотного полка 20-й моторизованной дивизии составили 127 убитых, 226 раненых (в том числе 10 — смертельно), семь утонуло в крепостных рвах. В районе крепости было взято в плен 988 польских солдат и офицеров, в основном раненых, оставшихся в госпитале.

Таким образом, германское командование (и лично генерал Гейнц Гудериан, как командир 19-го армейского корпуса, чьи войска в сентябре 1939 года брали Брест-Литовск. — Прим. авт.) имело представление о сложностях при штурме фортификационных сооружений цитадели. Тем более, что ни тяжелая артиллерия, ни авиация, ни танковые войска не являлись теми средствами, что сломили оборону поляков, несмотря на то, что основное сражение развернулось за локальный участок — главный вал Северного острова. Там не имелось каких-либо особо мощных фортификационных сооружений — только окопы и пулеметные гнезда. Просто полевые укрепления, хотя и находящиеся на выгодном для обороны месте.

Однако идеи «блицкрига» прочно сидели в немецких головах. В соответствии с планом взятие крепости было возложено на 45-ю пехотную дивизию генерал-майора Фрица Шлипера.

Это соединение было сформировано в апреле 1938 года на территории Австрии на базе 4-й австрийской пехотной дивизии и состояло из 130, 133-го и 135-го пехотных полков, 45-го танкоистребительного дивизиона, 98-го артиллерийского полка, 65-го батальона связи, 81-го инженерного батальона и подразделений обеспечения.

Несмотря на то, что части, укомплектованные австрийцами, по своим морально-боевым качествам уступали немецким, 45-я пехотная участвовала в боях на территории Франции и Польши, где неплохо показала себя.

План взятия крепости строился на внезапности. Штурмовые отряды пехоты должны были продвигаться вперед между огневыми налетами артиллерии. Приданную 45 пд мощную артгруппу составили 600-мм мортиры «Карл» 2-й батареи 833-го тяжелого артиллерийского дивизиона (орудия «Один» и «Тор»), 158,5-мм реактивные системы «Небельверфер» (8-й и 105-й дивизионы), а также приданные 682, 683, 684-я батареи 210-мм мортир образца 1918 года, объединенных в «мортирный дивизион Галля». Наблюдение за целями и корректировку огня должен был вести 8-й дивизион привязных аэростатов.

Цитадель не являлась главной целью 45-й дивизии, направление основного удара осуществлялось одной из трех ударных групп — правой. Ее задачами стал захват мостов на реке Мухавец (им были присвоены кодовые наименования «Гипп», «Холм», «Вулька» и «Ковель»), Учитывая, что через них может начать отход размещавшаяся южнее Бреста 22 тд РККА, задача их удержания правой ударной группой являлась не менее серьезной, чем захват. Помимо этого, перед правым ударным отрядом были поставлены задачи охвата Бреста с юга и овладение южным островом Брест-Литовской крепости. Было принято решение усилить центральный отряд, так как первоначально выделенной для этой цели усиленной роты оказалось недостаточно.

Для поддержки, в некотором смысле и дублирования захвата мостов правому штурмовому отряду придали группу специального назначения с задачей — стартовав на штурмовых лодках в полосе действий отряда, на большой скорости достичь мостов на р. Мухавец и захватить их неповрежденными, предотвратив подрыв мостов и их использование Красной Армией, как для отвода сил, так и для подтягивания резервов к границе. Командование группой поручили лейтенанту Кремеру, командиру взвода 3-й роты саперного батальона. В ее составе имелось 9 штурмовых лодок, учитывая вместимость которых можно подсчитать, что группа насчитывала не более 108 человек.