За клевету полагалась епитимья в сорок дней сухоядения и восемьдесят ежедневных поклонов, за злопамятство — две недели сухоядения и сто поклонов на день. Существовало даже наказание за ропот на плохую погоду, оно расценивалось как хула на творение Божие: «Похуливше что-любо: дождь, или снегъ, тварь Божию, — да имат епитимию: 3 дний сухо да ясть, поклона 25» ( Прохоров. С. 29). Однако в Житии преподобного Кирилла Белозерского нет ни одного упоминания о том, чтобы преподобный применял какие-либо наказания по отношению к братии.

Преподобный Евфросин Псковский, который любил строгость в монастырской жизни, изгонял из своего монастыря только в нескольких случаях — если кто укорял другого брата, что тот беден и не принес в монастырь никакого вклада, или если кто воздвигал свары против игумена. Такого монаха сначала запирали в темницу, пока не покается. А если монах не смирялся, его после первого, второго и третьего наказания изгоняли из монастыря ( Серебрянский. Т. 4. С. 523). Однако митрополит Фотий расценивал изгнание из монастыря как слишком суровое наказание даже тогда, когда монах намеренно уклонялся от исповеди или от святого причастия, и предупреждал в своем послании снетогорского игумена от применения таких мер.

Никакой монастырский устав и дисциплинарные строгости не могли удержать порядок в монастыре, если его не удерживал игумен силой своей личности. В 90-е годы XVI века в Кирилло-Белозерский монастырь прибыл старец Александр, бывший настоятель подворья Кириллова монастыря в Москве. Прихватив с подворья казну и никому не отчитываясь, он стал строить пустынь за стенами обители. В своей пустыни он проводил большую часть времени, из монастырского казнохранилища, погребов и из сушила брал себе всякие запасы, с мельниц вывозил муку и солод, из монастырских сел — хлеб и все это свозил в пустынь. Кроме того, он вел даже свою собственную торговлю солью: «Лодки у него с солью ходили опричь монастырских» ( Никольский. Общинная и келейная жизнь. 1908. Т. 6. С. 884–885).

Старец Александр имел слуг и лошадей, причем ездил всегда с оружием: «саадаками и саблями, и ручницами» (кандалами). Бывая иногда в Кириллове монастыре, он жил не по чину монастырскому: не ходил в церковь, пил хмельные напитки у погреба со своими людьми. Среди братии старец Александр имел немало сторонников, поэтому он приобрел в монастыре такую власть, что не стеснялся обзывать («лаять») бранными словами игумена и соборных старцев, некоторых из них — старцев Христофора, Кассиана, Геронтия, Иова, Мисаила и Геласия выгнал из обители и отправил «к морю», видимо на монастырские службы на морском побережье. Непокорную братию он колол «остном», бил плетьми, некоторых сажал на цепь и в «железа». Остальных иноков все время запугивал: «грозит хочет в чепь и железа сажати на смерть», а также угрожал оговорить старцев и братию перед государем. От этих бесчинств старца Александра братия Кириллова монастыря стала разбегаться («бегут розно»), о чем соборные старцы и игумен, который не мог навести порядок в своем монастыре, доносили царю Иоанну Васильевичу Грозному (под челобитной подписалось 47 человек).

Подобные неуправляемые ситуации часто случались в монастырях, если игумен не обладал достаточной волей и духовным авторитетом. Удержать порядок в обители, в которой собиралось множество людей различных характеров, воспитания и социального положения в прошлом, было непросто, но и недостаточно. Игумен отвечал перед Богом за спасение души каждого монаха, а заставить спасаться только дисциплинарными правилами невозможно. В идеале настоятель должен был обладать такой силой духовного воздействия, чтобы братия старалась достичь его меры духовного совершенства, самим видом своим он должен был напоминать Спасителя. Состояние человека, которому посчастливилось на земле встретить преподобного, похожего на Христа, великолепно передано в Житии преподобного Мартиниана Белозерского. Преподобный Мартиниан был родом из вологодского села Сяма. Будучи еще отроком он пришел в Кириллов монастырь. Когда он подошел под благословение к преподобному Кириллу, то, увидев его, упал на колени со словами: «Отче, возьми меня к себе». Отныне его душа хотела только одного — быть рядом с преподобным.

Преподобный Кирилл обладал особым даром духовного исправления. Достаточно было одного его слова, чтобы изменить дурное намерение инока. Некий брат, по имени Феодор, жил далеко от Кирилло-Белозерского монастыря, но много слышал о святом Кирилле. Он пришел в обитель и упросил святого принять его. Некоторое время Феодор трудился вместе с братией, а потом вдруг возненавидел игумена. И насколько прежде он почитал святого Кирилла, настолько же теперь стал его ненавидеть, так что не мог ни видеть, ни слышать его. В своей ненависти он покаялся старцу Игнатию. Тот выслушал его и посоветовал терпеть и не уходить из обители. Прошел год, а ненависть продолжала мучить Феодора. Тогда он пошел к преподобному, чтобы исповедовать свой грех. Но когда он пришел в келью святого, то устыдился его святых седин и хотел уйти, не сказав, зачем приходил.

Прозорливый старец удержал брата и сам стал рассказывать ему, с какими мыслями тот к нему шел. Феодор, «исполнившись срама и стыда», просил прощения у игумена. Святой Кирилл, утешая его, сказал: «Не огорчайся, брат Феодор! Ведь все ошиблись во мне, один лишь ты был прав и понял, что я грешник. Ибо кто же я такой, как не грешный человек и непотребный?» ( Прохоров. С. 95). Брат еще больше стал сокрушаться, что напрасно ненавидел его. Преподобный Кирилл, видя его истинное покаяние, отпустил его и сказал: «Иди, брат, с миром в свою келью. Больше не придет на тебя такая напасть». С той поры Феодор обрел великую веру в святого. Соблюдая все монашеские заповеди, он подвизался в обители преподобного до конца своих дней.

Несмотря на то, что устав каждого монастыря требовал от монахов послушания своему настоятелю, отношения каждого конкретного игумена с монахами своей обители могли складываться по-разному. В Саввино-Сторожевском монастыре случилось так, что иноки написали великому князю Иоанну Васильевичу ложный донос на своего игумена — старца Дионисия. Государь повелел настоятелю и монахам явиться к нему лично. Всю ночь накануне игумен не спал, скорбя о поступке братии и страшась незаслуженного наказания.