В последнее десятилетие, не переставая творить как художник, но отчетливо перераспределив силы, он стал мыслителем по преимуществу, избрал философию главным делом. Работал над публицистическими эссе, выступал с докладами и лекциями — в научных обществах, на конгрессах, в университетах, на летних курсах. Его художественные тексты этих лет синкретичны, пронизаны теоретическим дискурсом, по существу это — прощание с искусством.

Виткевич всегда считал себя прежде всего философом, и лишь во-вторых — художником. Творчество писателя обнаруживает органическую связь с его теорией. Центр виткевичевской системы поиска истины — «биологический монадизм». Концепция эта, по мысли автора, базируется на «здравом смысле», «точке зрения жизни», которая сочетает субъективный и объективный аспекты и, соединяя частные истины, дает возможность целостно описать мир, избегнуть сведения живого к мертвому, сложного — к сумме простых элементов. В своих идеях он видел развитие естественного «правзгляда», изначально свойственного разуму и потенциально содержащего адекватное представление о вселенной.

Виткевич стремился вырваться за пределы «физики» познанного мира — в область «метафизики» неведомого. «По-старомодному» писавший имена категорий с заглавной буквы, он словно творил в пустоте, заново населяя мир значениями — так, будто до него никакой философии не существовало. И в то же время был заядлым полемистом — ниспровергателем спекулятивных доктрин. Критике прагматизма и неопозитивистской «логистики», механико-материалистического «физикализма», психологизма и феноменологии в эпоху их расцвета посвящены многие его работы.

Метод Виткевича — творческое сомнение. «Единство во множестве», «постоянство в изменчивости», «бесконечность в ограниченности», «протяженность в прерывности» — его важнейшие идеи. Абсолютность движения для него — единственная аксиома. Он искал истину, понимая, что найдет лишь ее далекий отзвук. Эффект удаляющегося горизонта, вечно ускользающей тайны — для него самое ценное в процессе познания. Он требовал от искусства и философии не утверждать очевидное, объяснимое практической логикой, а искать — сокровенное, забытое, несбывшееся, то, чего еще нет. И, собственно, лишь тот для него вполне человек, кто стремится приблизиться к границе неизведанного, живет в погоне за Тайной.

По Виткевичу, нет мертвой материи: первична не безликая магма первоэлементов, а живая индивидуализированная психофизическая субстанция — множество постоянно изменяющихся монад, мельчайших взаимодействующих элементов безграничного мироздания. Каждая такая «Единичная Сущность» («Единичное Бытие», «Отдельное Существование») самодостаточна, автономна и конечна, характеризуется протяженностью в пространстве и длительностью во времени. С одной стороны, это совокупность многих взаимосвязанных качеств, с другой — ограниченная часть целого.

Система Виткевича выстроена на оппозициях, воссоздающих диалектику целостного бытия и самосознающего субъекта. Предметы «неживой» природы — сущности, «спящие» одной своей стороной. Животные и растения — монады с усеченным биопсихическим статусом. Лишь человек вполне тождествен Единичному Бытию: он — единство телесности и духовности, наделенное фундаментальным свойством — способностью переживать «метафизическую тревогу», состояние, при котором «противопоставление личности живого существа внешнему миру очерчено в сознании остро и явственно».

Духовность, в понимании Виткевича, есть система трех уровней: интеллекта, «жизненного чувства» (эмоции) и «метафизического чувства» тождества субъекта самому себе и единства с космосом. Пробуждение метафизического чувства преобразует хаос непостижимого в космос единства во множестве, и человек обретает цельность. Духовность возникает лишь при внутренней концентрации, при единении уровней в общей «длительности». Чаще она подменяется обыденным сознанием, ощущением биологической «протяженности», отчего вся система приходит в упадок: тело узурпирует права духа, императив познания исчезает, принадлежность к высшему типу сущностей ставится под сомнение.

Виткевич — философ и художник — работал ради откровения, приобщения к абсолюту. В нем говорили и аналитик, и мистик. В ключевом понятии «Тайна Бытия» совмещены у него реальное и трансцендентное. Он призывал «исключить все виды монизма», полагая, что в основе материи и духа единое первоначало, а различны лишь его атрибуты. Не был агрессивным атеистом, однако считал затемнением обстоятельств бытия культовую псевдонимизацию картины мира и эзотерические паранауки — «псевдоверу», имеющую видимость знания (что не мешало ему состоять в Метапсихическом обществе и наблюдать спиритические «феномены»).

В то же время религия — в этимологическом смысле слова — не только не отвергается, но и утверждается Виткевичем. Всеобщая связь существ, наделенных сознанием, — главный этический параметр его философии. С идеей любви, совместного опыта людей, выводящего в трансценденцию, связан трагизм его антропологических воззрений. Виткевич видит человека как сущность протеичную, текучую. Подлинное общение и взаимопонимание между единичностями представляется ему невозможным. Поэтому его герои обделены любовью, жаждой сопричастности целому. И это следствие объективного онтологического парадокса.