После своего избрания патриархом (в октябре 1991 г.) Варфоломей следовал путем экуменического слияния Православной церкви с иноверцами, активно участвуя в православно-католическом, православно-исламском и православно-иудейском диалогах. Он был организатором и участником межрелигиозной Всемирной конференции "Религия и мир" 1994 г., в ходе которой призвал представителей всех религий "к союзу и совместным усилиям во имя духовных принципов экуменизма, братства и мира, поскольку все мы едины в Духе Единого Бога". Под его руководством состоялись консультации с представителями иудаизма в 1993 г. в Афинах и в 1998 г. в Израиле. В 2002 г. он участвовал в межрелигиозной молитве в Ассизи.

В 2006 г. по приглашению патриарха Варфоломея состоялся визит Бенедикта XVI в Стамбул, где они совместно молились в храме св. Георгия в Фанаре, а затем в католическом соборе Святого Духа в Стамбуле. В июне 2008 г. патриарх Варфоломей совершил официальный визит в Ватикан, а в октябре того же года молился вместе с папой в Сикстинской капелле в ходе межконфессиональной встречи, созванной для борьбы с фундаментализмом и за религиозную терпимость.

Патриарх Варфоломей активно вовлечен в мирскую общественную деятельность, выступал в Европарламенте, на международных "Пражском форуме 2000", награжден Золотой медалью Конгресса США и премией ООН "Борец за охрану Планеты Земля". В 2005 г. совместно в раввином Артуром Шнайером выступал в качестве организатора стамбульской "Конференции за мир и толерантность". 28 октября 2009 г. патриарх Варфоломей посетил синагогу Парк Ист в Нью Йорке.

Что же касается его тесных отношений с американским руководством, то следует подчеркнуть, что в 1998 г. в США был принят закон о защите Константинопольского патриархата, который обусловил твердую поддержку последних американских и натовских операций в православных государствах (Грузия и Украина) и произошедших здесь "цветных революций".

Именно этот религиозный деятель претендует сегодня на то, чтобы возглавлять всех православных верующих в мире, координируя и инициируя действия поместных церквей.

Надо сказать, что уже Константинопольский патриарх Димитрий (1972-1991) объявил себя "первым среди равных Святой Православной Церкви", а папу - "первым среди равных во всей Церкви Христовой", признав его, таким образом, "старшим братом". Патриарх Варфоломей также активно предъявляет претензии на статус главы Вселенского православия, позволяя именовать себя "Первопрестольным Православия" и "духовным вождем 300 миллионов Синода Константинопольского православных христиан". При этом он использует тот факт, что Константинопольская церковь имеет крайне разветвленную структуру и включает в себя 234 зарубежные епархии с числом прихожан около 3 млн. человек (хотя в самой Турции их не более 3 тысяч), что дает ему возможность утверждать, что основной своей паствой он считает рассеянные по всему миру епархии вне его канонической территории. Наиболее крупные по численности епархии при этом находятся в США - 1750 тыс., Канаде - 230 тыс., Австралии - 320 тыс., Германии - 350 тыс., Великобритании - 200 тыс.

Идея о "Первопрестольном православия" настолько серьезно принимается Фанаром, что совсем недавно секретарь Константинопольского патриархата архимандрит Елфидофорос Ламбриниадис заявил, что "отказ принять примат в Православной Церкви, примат, который может быть воплощен только лишь первенствующим - это не менее чем ересь". Как пишет прот. Андрей Новиков, "совершенно очевидно', что представленная в словах архимандрита Елфидофороса Ламбриниадиса доктрина восточного папизма мало чем отличается от доктрины западного папизма. Надо сказать, что секретарь Синода Константинопольской Церкви перешел определенный психологический рубеж - он уже не просто защищает "восточно-папистское" лжеучение, он прямо объявляет несогласных с ним в ереси".

По сути, православию навязывается глубоко чуждая ему католическая модель церковного устройства, которая может быть внедрена только в условиях разрушения его каноническо-правового строя, чего и добивается Фанар, поощряя раскол поместных Православных церквей и навязывая им политику экуменизма. Именно этой идеей было обосновано создание в 1996 г. параллельной с Эстонской православной церковью Московского патриархата Эстонской апостольской православной церкви под омофором Константинополя, хотя каноническое право не предусматривает параллельных юрисдикций. Данное событие вызвало на некоторое время серьезный кризис в отношениях между Москвой и Константинополем.

В качестве же главного средства единения православия под своим началом Константинопольский патриарх рассматривает подготовку Великого Всеправославного Собора. Подготовительная работа к нему началась еще в 60-е годы по инициативе известного экумениста митрополита Никодима (Ротова), и с тех пор осуществляется на Всеправославных предсоборных совещаниях, которых состоялось уже четыре (в Шамбези в 1976, 1982, 1986, 2009 гг.), и на Межправославных подготовительных комиссиях (в Женеве в 1971 г. и в Шамбези в 1986, 1990, 1993, 1999, 2009 гг.).

Сам список вопросов, предложенный патриархом Варфоломеем, свидетельствует о том, что собор должен носить реформаторский характер. Он призван обсудить следующие темы:

1. Православная диаспора. Определение юрисдикции православных объединений за пределами национальных границ.

2. Процедура признания статуса церковных автокефалий.

3. Процедура признания статуса церковной автономии.

4. Диптих (иерархия православных Церквей). Правила взаимного канонического признания Православных Церквей.