Поначалу повстанцы добились успехов, но 18 сентября 1454 года повстанцы и польское шляхетское ополчение потерпели поражение в сражении под Хойнице. Орден перешел в контрнаступление. Война приняла затяжной характер. Значительную поддержку ордену оказали Бранденбург и другие немецкие княжества.

Несмотря на серию неудач, поляки были твердо настроены на возвращение Поморья и земель по течению Вислы. В 1460 году король Казимир IV заявил:

«Даже если бы мне пришлось голову положить, или в последней рубашке остаться, то ни один из моих врагов не дождется, чтобы я отрекся от этой земли, которую Тевтонский орден вопреки всем правам оторвал от тела Королевства Польского. Эти земли являются собственностью короля и Речи Посполитой, которая здесь Орден поселила и помогала ему до тех пор, пока он коварно не выступил против нее и против всех нас, его основателей и добродетелей».

Наконец 17 сентября 1462 года королевские войска одержали решающую победу в битве при Пухове. Инициатива снова перешла к полякам и прусско-поморским повстанцам. В итоге орден полностью проиграл войну.

Второй Торнский мир (1466 г.)

19 октября 1466 года в Торне (Торуне) было заключено новое соглашение — через 55 лет после первого. Оно подтвердило принадлежность Польскому королевству всей Пруссии, а также закрепило переход к нему западной части владений ордена — Поморья (Померании) в районе Гданьска (Данцига), Хелминской и Михаловской земель, земель по Висле с городами Мариенбург (Мальборк) и Эльбинг (Эльблонг), а также епископства Вармия в Пруссии. После этого территория ордена сократилась почти вдвое.

Восточная часть Пруссии осталась во владении ордена, но сам он признал себя вассалом Польского короля. В связи с утратой Мариенбурга резиденция хохмайстера была перенесена в Кёнигсберг. Каждый вновь избранный верховный магистр ордена отныне должен был приносить присягу на верность польскому королю и обещать соблюдение условий договора. Одновременно он являлся польским сенатором.

Самостоятельность внешней политики ордена ограничила статья договора, запрещавшая ему искать внешней помощи для освобождения от присяги на верность Польше и от условий договора.

Торнский мир объявил амнистию подданным обеих сторон и провозгласил свободу торговли между обеими частями Пруссии.

Ливонский орден был объявлен независимым от Тевтонского ордена.

Конец ордена

После 1466 года орден влачил жалкое существование.

Избранный в декабре 1510 года верховным магистром маркграф Альбрехт Гогенцоллерн Бранденбургский (1490–1568) в 1519 затеял новую войну с Польшей. Формальным поводом для нее стал отказ магистра дать клятву в вассальной верности польскому королю и великому литовскому князю Сигизмунду I «Старому», сыну короля и великого князя Казимира IV.

Но реальная причина войны была иной. Московский князь Василий III с 1512 года вел войну против Великого Княжества Литовского. Его войска 8 сентября 1514 года потерпели страшное поражение от литвинов и поляков в битве под Оршей. В последующие годы они не смогли добиться перелома в свою пользу. Вот Василий Иванович и дал Альбрехту деньги (60 тысяч золотых), чтобы тот нанял себе солдат и ударил в спину полякам. Однако в ходе двухлетней кампании орден потерпел поражение в нескольких сражениях, после чего в 1521 году заключил мир.

Вскоре после войны Альбрехт познакомился с Мартином Лютером и Филиппом Меланхтоном, вождями церковной Реформации в Германии. Он проникся их идеями и перешёл в протестантизм. Весной 1525 года (10 апреля) Альбрехт заключил договор с королем Сигизмундом I, по которому владения ордена в Прибалтике были превращены в светское государство — герцогство Пруссия, вассальное по отношению к Польше. Власть в нем стала передаваться по наследству. Так появилось первое протестантское государство в Европе и мире.

Автором этого плана был основатель протестантской церкви, доктор богословия Мартин Лютер (1483–1546). В 1523 году он издал трактат «О светской власти», в котором изложил теорию «божественного» и «естественного» права. Лютер заявил, что светская власть, опираясь на «естественное право», обязана охранять существующие светский порядок силой меча, а тем самым она создает основу для христианского благочестия, то есть для «божественного права». Неудивительно, что большинство феодалов Германии с восторгом приняло данную концепцию…

Позже король Сигизмунд II Август (царствовал в Польше с 1548 г.) признал за бранденбургскими маркграфами право наследования прусского престола в случае прекращения в Пруссии династической линии Альбрехта.

В 1618 году, когда потомство Альбрехта по мужской линии прервалось, Иоганн-Сигизмунд Гогенцоллерн, курфюрст Бранденбурга, получил Пруссию от короля Речи Посполитой Сигизмунда III Вазы в качестве ленного владения — в обмен на обещание участвовать в войне против Швеции. Тем самым герцогство фактически присоединилось к Бранденбургу. А государство Тевтонского ордена в Прибалтике окончательно прекратило свое существование.