Летом 1849 года Зюсс вернулся в Вену и возобновил учение в политехникуме. Главными предметами его занятий были практическая геометрия и механика. Чтобы порадовать отца, Зюсс сделал большой чертеж его фабрики и получил за это 10 гульденов — огромную сумму для студента того времени. Это были первые деньги, заработанные собственным трудом. Ему приходилось ежедневно проделывать пешком далекий путь в политехникум и обедать, подобно многим студентам, за 12 крейцеров в мрачном кабачке.

Занятия были интересны. Ассистент профессора геометрии водил студентов за город и обучал их в поле с'емке и нивеллировке.

Ассистентом профессора механики был молодой поляк Цезарь Безард фон Безардовский, очень речистый и неутомимый в об'яснениях. Его карманы всегда были наполнены новыми журналами по его специальности. Он был любимцем всех студентов.

Несмотря на то, что занятия были поставлены интересно, Зюсса они полностью не удовлетворяли, и в начале 1850 года он писал своему дяде в Прагу, что техника — только практическая наука, и что даже пресловутая математика, упражняя память и сообразительность, не согревает душу. Его все больше и больше привлекала другая наука, тем более, что Вена, расположенная в богатой равнине, покрытой виноградниками, окруженной горами из молодых морских отложений, изобилующих раковинами, представляла большой контраст с Прагой. Увлекаясь палеонтологией, Зюсс успел закончить свое изучение граптолитов и в апреле 1850 года представил обществу друзей естествознания, основанному Гайдингером, готовую рукопись — первую научную работу.

В начале лета ему пришлось поехать в Карлсбад лечить печень. Здесь его внимание привлекли гранитные столбы, сложенные из нагроможденных друг на друга матрасоподобных глыб, и он начал рисовать некоторые из них.

Долина Карлсбада, врезанная в гранит, представляла по строению и ландшафту противоположность Праге, и Зюсс был неутомим в своих экскурсиях по окрестностям. Местный книготорговец предложил ему составить геологический или, как тогда называли, геогностический отдел путеводителя по Карлсбаду, который собирались издать. Книжка вышла зимой, и очерк Зюсса, помещенный в ней, был его первой печатной работой.

В то время в Праге жил знаменитый палеонтолог Иоахим Барранд. Это был человек высокого роста, внушительной наружности, бритый, в сюртуке, доходившем почти до пят. Иоахим Барранд был интимным советником герцога Шамборского (Генриха Бурбонского) и прибыл в Прагу вместе с французским двором, бежавшим от июльской революции в Париже. Очарованный богатством окаменелостей в древнейших формациях Праги, Барранд поселился в этом городе, собрал обширные коллекции и начал издание многотомного сочинения. Зюсс, по молодости лет, не знал, что, занявшись изучением граптолитов Праги, он нарушает права Барранда, который занимался этим ранее. Когда ему раз'яснили это, он написал Барранду и предложил ему свою коллекцию граптолитов и результаты их изучения. Барранд отказался принять коллекцию и поспешил напечатать свои исследования. Зюссу пришлось, печатая свою работу, исправлять в корректуре номенклатуру новых форм, согласно труду Барранда. Тем не менее, Барранд начал в печати полемику, которую Зюсс не поддержал. Зюсс начал, таким образом, свою научную деятельность, как говорится, в дурную погоду. Впрочем через несколько лет Барранд сам посетил Зюсса в Вене, и между ними возникли даже дружеские отношения, продолжавшиеся до смерти старого ученого.

Деятельность Зюсса обратила на себя внимание ученых и открыла ему доступ в венский придворный Минералогический кабинет. В то время молодой человек, хорошо владевший английским и французским языками и могущий вести переписку, был большой редкостью, и Зюссу охотно поручали ту или иную работу.

В октябре 1850 года он начал слушать лекции: по строительному искусству, по химии и практической геометрии — в политехникуме, и по теоретической астрономии — в университете. Он сдал испытание по механике. Сношения с Безардом возобновились. Последний пригласил Зюсса и еще нескольких студентов приходить к нему три раза в неделю на дом. Он обещал об'яснять новые машины, а Зюсс должен был учить студентов английскому языку, чтобы они могли понимать специальные журналы. Занятия проходили успешно.

В это время в Вене появился спрос на лакированную кожу, и Зюсс построил на фабрике отца шесть новых печей для лакировки. Но интересы его попрежнему были связаны с музеем.

Однажды, в начале декабря 1850 года, отец Зюсса шел по улице. Его остановили и предупредили, что завтра у него будет обыск. Он вернулся домой. Семья все пересмотрела, но ничего подозрительного не нашла, кроме нескольких журналов и карикатур 1848 года. Эдуард на вопросы отца заявил, что он ни в каких запрещенных обществах или делах участия не принимал. Обыск, произведенный через три дня, ничего не обнаружил; но из стола Эдуарда забрали все бумаги.

В политехникуме отсутствовали Безард и некоторые товарищи Зюсса; по слухам, они были арестованы. 16 декабря в половине седьмого утра Эдуарда Зюсса арестовали. Полицейский чиновник, в сопровождении другого чина, повел его под руку в мрачное здание в переулке Штерн, где раньше помещался женский монастырь, а теперь был расположен полицейский штаб. Народная молва называла его «отель Штерн». Когда Эдуарда вели по обширному двору, один из гулявших там арестантов воскликнул: «Вот гувернантка опять привела воспитанника». В канцелярии составили протокол. Эдуарда раздели, отобрали часы и запонки и затем повели на несколько этажей вниз. В темном коридоре открыли тяжелую дверь камеры, из глубины которой раздался возглас: «Нас уже шестеро, нет места!», но Зюсса втолкнули и быстро заперли дверь на замок.

Эдуард остановился у дверей, привыкая к мраку. Ему, не раз посещавшему рудники, казалось, что он попал в глубокую шахту. Свет проникал сверху через два небольших отверстия с толстыми решетками. Справа от дверей, вглубь, тянулись нары, на которых лежало несколько едва различимых фигур. У стены под окнами стояли тяжелые обрубки дерева, заменявшие стол и стулья. Слева в углу, в квадратном ящике, стоял ушат.

— Вы политический? — раздался вопрос из глубины камеры.

— Я студент, — ответил Эдуард.