Согласно ст. 3 данного федерального закона, основными принципами защиты прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при проведении государственного контроля (надзора) являются:

1) презумпция добросовестности юридического лица или индивидуального предпринимателя;

2) соблюдение международных договоров Российской Федерации;

3) открытость и доступность для юридических лиц и индивидуальных предпринимателей нормативных правовых актов, устанавливающих обязательные требования, выполнение которых проверяется при проведении государственного контроля (надзора);

4) установление обязательных требований федеральными законами и принятыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами;

5) проведение мероприятий по контролю уполномоченными должностными лицами органов государственного контроля (надзора);

6) соответствие предмета проводимого мероприятия по контролю компетенции органа государственного контроля (надзора);

7) периодичность и оперативность проведения мероприятия по контролю, предусматривающего полное и максимально быстрое проведение его в течение установленного срока;

8) учет мероприятий по контролю, проводимых органами государственного контроля (надзора);

9) возможность обжалования действий (бездействия) должностных лиц органов государственного контроля (надзора), нарушающих порядок проведения мероприятий по контролю, установленный указанным Федеральным законом, иными федеральными законами и принятыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами;

10) признание в порядке, установленном федеральным законодательством, недействующими (полностью или частично) нормативных правовых актов, устанавливающих обязательные требования, соблюдение которых подлежит проверке, если они не соответствуют федеральным законам;

11) устранение в полном объеме органами государственного контроля (надзора) допущенных нарушений в случае признания судом жалобы юридического лица или индивидуального предпринимателя обоснованной;

12) ответственность органов государственного контроля (надзора) и их должностных лиц при проведении государственного контроля (надзора) за нарушение законодательства Российской Федерации; недопустимость взимания органами государственного контроля (надзора) платы с юридических лиц и индивидуальных предпринимателей за проведение мероприятий по контролю, за исключением случаев возмещения расходов органов государственного контроля (надзора) на осуществление исследований (испытаний) и экспертиз, в результате которых выявлены нарушения обязательных требований;

13) недопустимость непосредственного получения органами государственного контроля (надзора) отчислений от сумм, взысканных с юридических лиц и (или) индивидуальных предпринимателей в результате проведения мероприятий по контролю.

Мероприятия по контролю проводятся на основании распоряжений (приказов) органов государственного контроля (надзора).

В распоряжении (приказе) о проведении мероприятия по контролю указываются:

1) номер и дата распоряжения (приказа) о проведении мероприятия по контролю;

2) наименование органа государственного контроля (надзора);

3) фамилия, имя, отчество и должность лица (лиц), уполномоченного на проведение мероприятия по контролю;

4) наименование юридического лица или фамилия, имя, отчество индивидуального предпринимателя, в отношении которых проводится мероприятие по контролю;

5) цели, задачи и предмет проводимого мероприятия по контролю;

6) правовые основания проведения мероприятия по контролю, в том числе нормативные правовые акты, обязательные требования которых подлежат проверке;

7) дата начала и окончания мероприятия по контролю.

Распоряжение (приказ) о проведении мероприятия по контролю либо его заверенная печатью копия предъявляется должностным лицом, осуществляющим мероприятие по контролю, руководителю или иному должностному лицу юридического лица либо индивидуальному предпринимателю одновременно со служебным удостоверением. Мероприятие по контролю может проводиться только тем должностным лицом (лицами), которое указано в распоряжении (приказе) о проведении мероприятия по контролю.

Продолжительность мероприятия по контролю не должна превышать один месяц. В исключительных случаях, связанных с необходимостью проведения специальных исследований (испытаний), экспертиз со значительным объемом мероприятий по контролю, на основании мотивированного предложения должностного лица, осуществляющего мероприятие по контролю, руководителем органа государственного контроля (надзора) или его заместителем срок проведения мероприятия по контролю может быть продлен, но не более чем на один месяц.