В 1944 центральный аппарат А. имел следующую структуру.

В подчинении имперского управляющего делами находились управления Административное, Финансовое; отделы – издательский, организационный, кадров, работы с членами общества, организации съездов и встреч, музеев и коллекций, библиотек; пресс-служба. Также ему подчинялось управление «германских научных исследований». 15.8.1937 был создан фонд «Аненэрбе», а в апр. 1938 – издательство фонда (Берлин).

В подчинении куратора находились Литературный комитет и Комитет по исследованиям, осуществлявшие контрольные функции.

Основная работа сосредотачивалась в научных гуманитарных и естественных отделах.

Гуманитарные отделы:

• Исследовательский отдел геральдики и родовых эмблем (создан осенью 1937; фактически не функционировал; часть архивов находилась в Вейшенфельде): Карл Конрад А. Руппель (до 30.11. 1939);

• Исследовательский отдел германской архитектуры (создан в февр. 1939): Мартин Рудольф;

• Исследовательский отдел германской филологии и местного фольклора (в Диссене, Эммерзее): Бруно Швейцер (с марта 1938);

• Отдел по изучению ландшафтной символики (на 1938): Бруно Швейцер;

• Исследовательский отдел индогерманских и финских культурных связей (закрыт в 1939): Ирье фон Грёнхаген (февр. 1937 – осень 1939), затем вакансия;

• Исследовательский отдел истории первобытного общества (1938; сведений о работе нет);

• Исследовательский отдел Средневековья и новейшей истории (создан в февр. 1939): Герман Лёффлер;

• Учебно-исследовательский отдел истории Ближнего Востока (создан весной 1939 в Вене; занимался в основном языками и памятниками; архивы хранились в Поттенштейне): Виктор Христиан;

• Учебно-исследовательский отдел германистики (открыт 5.10.1936; размещался в Детмольде): Вильгельм Тойдт (до весны 1938); Бруно Швейцер (с весны 1938); затем Йозеф Отто Плассманн;

• Учебно-исследовательский отдел германской культуры и местного фольклора: Йозеф Отто Плассманн;

• Учебно-исследовательский отдел германских традиций и фольклористики (создан в апр. 1939 во Франкфурте-на-Майне): Генрих Хармьянц;

• Учебно-исследовательский отдел индогерманской арийской культуры и индогерманской лингвистики и культурологии (Мюнхен; исследовал персидский, санскрит и ведический языки): Вальтер Вюст;

• Учебно-исследовательский отдел индогерманской немецкой культуры и языков (изучал персидский, санскрит и ведический языки): Рихард фон Кинле (с весны 1943);

• Учебно-исследовательский отдел истории индогерманской религии: Отто Хут;

• Учебно-исследовательский отдел классической филологии и Древнего мира (открыт в февр. 1938): Рудольф Тилль. В мае 1939 был переименован в Отдел науки классического Древнего мира и разделен на 2 отделения – латинское (Рудольф Тилль) и греческое (Франц Дирлмайер);

• Учебно-исследовательский отдел культуры Северной Африки (с 1939 фактически не работал): Отто Ресслер;

• Учебно-исследовательский отдел народных легенд, сказок и саг (летом 1938 принял Центральный архив немецких народных рассказов от Немецкого исследовательского общества. Вскоре был распущен, а весной 1941 окончательно закрыт; архивы переданы в район Байрейта в Вейшенфельде): Йозеф Отто Плассманн (с 1.2.1937);

• Учебно-исследовательский отдел германской немецкой фольклористики (исследования этнографии и фольклористики): Рихард Вольфрам;

• Учебно-исследовательский отдел древней истории: Франц Альтхейм;

• Учебно-исследовательский отдел по письменам и символам (рунологии). Первый научный отдел в «Наследии предков» (открыт в июле 1935; весной 1943 объединен с Отделом рунологии, которым руководил Краузе, и переименован в Отдел рунологии и символистики): Герман Вирт (июль 1935—дек. 1938); фон Хорн; Карл Теодор Вайгель (с весны 1943);

• Учебно-исследовательский отдел раскопок (создан в февр. 1938): Рольф Хене; Ганс Шлейф (до весны 1940); Герберт Янкун (с весны 1940);

• Учебно-исследовательский отдел первобытной истории: Асин Бомерс;

• Учебно-исследовательский отдел средневекового латинского языка: Пауль Леманн (с весны 1942);

• Учебно-исследовательский отдел топографии и ландшафтного символизма: Вернер Мюллер;

• Учебно-исследовательский отдел философии (в февр. 1939 запланировано создание отдела): Курт Шиллинг;

• Исследовательский отдел германского искусства (создан в Вене, но не был официально признан и просуществовал с 15.5.1938 до конца года, когда был закрыт): Эмерих Шафран;