На Большом рейде, закрытом от ветров, одновременно могла стоять целая эскадра. Якорная стоянка была хорошей. Подходы имели типичный шхерный характер с сильно изрезанной береговой чертой.

С первых же дней выяснились недостатки новой базы. Во-первых, все снабжение, в том числе продовольствие, надо везти издалека или получать от финнов. Согласно специальному соглашению финское правительство брало на себя обязательство ежедневно обеспечивать гарнизон военно-морской базы Ханко молоком, мясом и другими продуктами в счет межгосударственных расчетов. Во-вторых, доступ к базе оказался очень сложным. Существовало несколько путей: морской — по Финскому заливу, замерзающему зимой; по суше — поездом через всю Финляндию до ее юго-западной оконечности; воздушный — самолетами через Палдиски. В-третьих, границы базы ограничивали выбор более выгодных в тактическом отношении позиций и рубежей.

Для транспортировки людей и грузов на полуостров первоначально, пока залив был скован льдом, предназначались многомоторные бомбардировщики ТБ-3, которые заранее были переброшены на аэродром вблизи Палдиски. Первый самолет отправился на Ханко 22 марта с первым сводным отрядом из военных моряков и солдат. Вплоть до середины апреля 1940 г. Палдиски был промежуточной базой для переброски войск на полуостров.

2 апреля из Ленинграда к Ханко вышел первый караван судов с личным составом береговых батарей, стрелковых и других частей (около 7 тыс. бойцов и командиров), материальной частью артиллерии, танками и другим имуществом. В переходе участвовали транспорты «Днепр», «Вторая пятилетка», «Волголес», «Луначарский», «Эльтон», вспомогательный ледокол «Трувор». Флагманом шел ледокол «Ермак». Но даже с его помощью транспорты пробились к полуострову лишь 22 апреля.

Зима стояла суровая. Лед на заливе толстый, торосистый, пробиваться сквозь него с караваном судов было трудно. В пути, случалось, караван останавливался, и тогда, чтобы не терять время зря, командир 335-го полка приказывал командирам батальонов выводить роты на лед и проводить с бойцами строевые и тактические занятия.

Проделав многомильный путь через весь Финский залив, транспорты доставили на Ханко войска, технику, а также большое количество различных грузов и боеприпасов.

За первым караваном последовали другие транспорты. Грузы на Ханко доставлялись морем и по железной дороге от Выборга. С весны 1940 г. на Ханко регулярно заходили пассажирские суда Совторгфлота, совершавшие рейсы по маршруту Ленинград — Ханко — Таллин — Ленинград.

Состояние железнодорожной сети оценивалось как неудовлетворительное. Железные дороги не обеспечивали прохождения тяжелых грузов из СССР. Приказом начальника Главного морского штаба от 19 июня 1940 г. на Ханко сформировали управление военной железной дорогой. Уже в июле 1940 г. открылось прямое железнодорожное сообщение между Ханко и Выборгом.

Шоссейные дороги пришли в негодность и требовали капитального ремонта, грунтовые нуждались в гравийном покрытии.

Для возведения оборонительных сооружений на Ханко были направлены строительные и саперные части. Главный Военный Совет ВМФ 28 июля 1940 г. утвердил план военно-строительных работ по военно-морской базе Ханко. Для его выполнения был создан третий особый строительный отдел ОСО-3 (начальник — Г. С. Дубровский). В его подчинение передали 93-й и 94-й отдельные строительные батальоны, 296-ю и 101-ю отдельные строительные роты, 219-й отдельный саперный батальон и ряд других подразделений.

Места установки береговых батарей определяла комиссия под руководством опытного артиллериста контр-адмирала И. И. Грена.

Батареи предназначались для стрельбы по морскому противнику и имели соответствующие сектора обстрелов. Стрельба по сухопутным целям при этом не предусматривалась.

Батареи береговой обороны были расположены двумя группами с ярко выраженными задачами.

Первая группа на юго-западной оконечности полуострова — прикрытие правого фланга минной позиции; прикрытие входных фарватеров на рейд Ханко; противокатерная и противодесантная оборона побережья.

Здесь были установлены батареи 29-го отдельного артдивизиона имевшего две 130-мм и три 45-мм батареи. Огневые позиции для них выбрали на побережье Ханко, мысе Уддскатан, островах Руссаре и Граншер.

Вторая группа на северо-востоке полуострова в районе рейда Тверминне (Лапвик) — прикрытие рейда и фарватеров от проникновения легких сил противника с юга и востока Финского залива; оборона восточной группы островов. Эта группа состояла из батарей 30-го отдельного артдивизиона — одна 130-мм, одна 100-мм и три 45-мм батареи. Они размещались на побережье полуострова и островах Хесте-Бюссе и Лонгшер.

В местах, выбранных под размещение батарей, строились орудийные дворики с нишами для снарядов, командные пункты с дальномерами, склады, казармы, камбузы, столовые, бани. Каждая, даже небольшая часть на Ханко, имела свою баню.

На острове Руссаре строилась 305-мм башенная четырехорудийная батарея, которая после ввода в строй должна была стать основой артиллерийской обороны базы в морском секторе. Она должна была прикрывать правый (северный) фланг минно-артиллерийской позиции. Но к июню 1941 г. были готовы только котлованы под башни.

Поскольку 29-й и 30-й дивизионы имели на вооружении орудия среднего (130, 100-мм) и малого (45-мм) калибра, а строительство 305-мм батареи на острове Руссаре только начиналось, Комитет Обороны при СНК 20 июня 1940 г., решил перевести на Ханко две отдельные железнодорожные батареи: № 9 (три транспортера ТМ-3–12 с 305-мм орудиями) и № 17 (четыре транспортера ТМ-1–180 с 180-мм орудиями). Кроме транспортеров с орудиями батареи имели вагоны-погреба для хранения снарядов и полузарядов, вагоны-командные пункты, вагоны-электростанции, различные вспомогательные вагоны.