Согласовав все свои действия, утром 2 июня командир корабля с помощью двух буксиров ввел «Александра II» в док Сомерсет. Сразу же докеры, искусно работая, выровняли диаметральную плоскость броненосца с осью дока, a носовые и кормовые очертания стали строго против своих отметок, из него начали откачивать воду. По мере ее «опускания» по бортам «Александра II» ставили специальные упоры, a само днище обливалось из шлангов и спешно соскабливалось скребками. При доковании любого корабля эта работа считалась авральной, и в ней участвовал весь свободный от вахт экипаж. Быстро работая скребками, моряки счищали еще не ставшие каменными траву и ракушки, покрывшие ровным 5 -6-см ковром все днище. К вечеру док осушили, a подводную часть очистили.

Осмотр днища показал, что фальшкиль совершенно изъеден червем-древоточцем, весьма распространенным в теплых водах, и во многих местах продавился киль-блоками и оказался даже «провисшим и измочаленным». К исправлению фальшкиля приступили английские рабочие. Ежедневно их ра- ботало с утра до позднего вечера до 50 человек.

Тем не менее докование затянулось, и только 21 июня «Александр II» вновь «увидел» воду. 24 июня его уже встречали в Суде. Здесь на его борт прибыл командующий эскадрой в Средиземном море контр-адмирал П. П. Андреев, и его флаг взвился на гафеле. Плавание между греческими портами или, как тогда говорили моряки, «плавание в греческих водах» возобновилось. 14 июля в Суде «Александр II» встретился с «Николаем I», a спустя неделю с минным отрядом посетил порт Ретимо, где для учений собралась вся эскадра. Утром 9 сентября, будучи флагманом, «Александр II» повел за собой «Николая I», «Наварин», «Грозящий» и весь минный отряд на учения. Так оставшуюся часть 1897 г. броненосец провел в непродолжительных переходах из порта в порт, учениях и стрельбах.

В декабре к отряду присоединились крейсера «Россия», «Владимир Мономах». В начале 1898 г. по- явилась острая необходимость усиления эскадры Тихого океана, базировавшейся на Порт-Артур, и отремонтированный в Гавре «Сисой Великий», a также и «Наварин» ушли на Дальний Восток. В конце марта «Николай I», находившийся в дальнем плавании с мая 1893 г. и побывавший за это время на Дальнем Востоке, с изрядно изношенными механизмами отправили в Кронштадт для ремонта и замены котлов. В Средиземном море остался лишь один «Александр II», который вместе с «Грозящим», «Уральцем» и «Посадником» продолжал участвовать в затянувшейся осаде Крита. Только в конце сентября к ним присоединился крейсер «Герцог Эдинбургский». Его вместо дальнего похода по Атлантике с учениками машинных школ направили в Средиземное море.

В течение плаваний в машине приходилось производить обычные для механиков работы: исправлять топочные двери, кое-где менять дымогарные трубки. В целом машины, несмотря на длительную их работу, находились в удовлетворительном состоянии, и происшедшая 2 июня 1898 г. катастрофа стала все же явлением более случайным, чем закономерным. В левом бортовом коридоре у угольных ям произошел взрыв, в результате которого пострадало восемь кочегаров. Двоих из них спасти не удалось. Через несколько дней они умерли в лазарете.

При выявлении причин взрыва оказалось, что он произошел от возгорания скопившихся углеродистых газов, проникших в коридор из соседней ямы. Ничего не подозревавшие кочегары знали как следовало обращаться с огнем в самой яме, но, потеряв бдительность, зажгли в темном смежном помещении свечу, что и вызвало сильный взрыв. Этот случай еще раз подтвердил, насколько взрывоопасны бесчисленные трюмные отсеки большого корабля.

Однако, несмотря на утраты, плавание «Александра II» продолжалось. 28 октября на борт броненосца, стоявшего в Судской бухте, поднялся новый командующий эскадрой контр-адмирал Н. И. Скрыдлов — ветеран средиземноморского отряда.

Осенью 1898 г. из Петербурга для «Александра II» (в Судскую бухту) на одном из пароходов доставили 400 трубок для вспомогательного и 1500 для основного холодильника с тем, чтобы при ближайшей постановке в док их установить. Сам броненосец начал готовиться к своему второму средиземноморскому докованию, которое планировали провести в итальянском порту Пола.

По пути следования в Полу броненосец 12 ноября попал в сильный 9-балльный шторм и, пройдя через него без повреждений, утром следующего дня бросил якорь на красивейшем рейде. 19 ноября «Александра II» ввели в док За время трехнедельной стоянки в доке очистили подводную часть корпуса и покрыли его суриком или, как указывалось в рапорте командира, «особым составом красного цвета». Несмотря на то, что механизмы находились в хорошем состоянии, командование и механики хорошо осознавали, что максимум через год-полтора их придется полностью перебрать и серьезно ремонтировать, и выполнить это будет возможно только дома — в Кронштадте. Однотипные котлы, построенные Балтийским заводом для «Александра II» и «Памяти Азова», уже дослуживали свой предельный десятилетний срок.

24 декабря броненосец ушел на ходовые испытания. Выход прошел успешно. Очистка днища дала свои положительные результаты: «Александр II» всего при 64 оборотах винта легко достиг 11,75-узловой скорости. 26 декабря контр-адмирал Н. И. Скрыдлов убыл со своим штабом с броненосца и перенес флаг на «ветерана» — броненосный фрегат «Герцог Эдинбургский» и в тот же день ушел на нем в Неаполь. С отъездом адмирала напряженность плаваний для «Александра II» ничуть не уменьшилась. В этот же день он вышел из Пола в Наваринскую бухту.

Однообразное течение корабельной жизни нарушилось в начале января следующего 1899 г. На «Александр II» прибыл представитель родственной российской монархии наследник греческого престола королевич Георгий. С ним броненосец совершил переход в Ретимо. Чуть позднее, уже с «особой», представлявшей русскую монархию, великим князем Михаилом Николаевичем, отдыхавшим в Италии, посетил порт Бриндизи, а затем и Полу.

И все же кажущиеся на первый взгляд несложными переходы в теплых и почти всегда тихих средиземноморских водах на самом деле для моряков, и в первую очередь для машинной команды, оборачивались тяжелыми испытаниями. Лишь якорные стоянки позволяли не задействованным на вахтах увидеть ту неописуемую красоту побережья Греции или Италии, с неизгладимыми впечатлениями о которой каждый матрос вернется на Родину.