При возвращении из Норвегии «Лютцов» к востоку от Скагена атаковала английская подлодка. Взрыв торпеды нанес серьезные повреждения: корабль потерял руль и винты. Последующие атаки подводных лодок были отбиты силами авиации и корабельным эскортом. На помощь были срочно направлены буксиры, и корабль отбуксировали на ремонт в Киль без новых происшествий. Предполагалось, что ремонт должен был занять девять месяцев, соответственно в течение длительного времени корабль нельзя было использовать для рейдов против судохозяйства противника.

«Гнейзенау», отправленный в рейд в исландские воды, также был торпедирован подлодкой 20 июня 1940 г. у норвежского побережья, так что теперь оба линейных крейсера вышли из строя на несколько месяцев. Для активных действий остался только тяжелый крейсер «Хиппер». Но из-за чрезмерного потребления топлива этот корабль не мог долго находиться в море. Кроме того, у него были проблемы с котлами высокого давления. Такие же котлы стояли на новых эсминцах. Они обеспечивали высокое давление и температуру пара, но, как часто бывает с техническими новинками, были не лишены «детских болезней». В результате в каждой операции, где участвовали эти корабли, вскоре начинался озабоченный подсчет расстояния до ближайшей базы или танкера и поиск способов сохранить быстро уменьшающиеся запасы топлива на случай боя.

25 июля 1940 г. «Хиппер» покинул Тронхейм, чтобы осуществить поиск в Баренцевом море между Северной Норвегией и островом Медвежий и районе к западу от Шпицбергена. Английских судов повстречать не удалось, но были обнаружены несколько финских и русских. По политическим причинам русские суда не обыскивались, тогда как одно финское судно было арестовано. Не добились больших успехов три небольших вспомогательных корабля, которые контролировали каботажные перевозки в этих водах. Это был единственный вид действий, которые корабли типа «Хиппера» могли совершать в то время года, поскольку в высоких широтах у них не было шансов пройти незамеченными мимо Исландии, чтобы попасть в Атлантику.

Первое призовое судно, захваченное вспомогательным крейсером, прибыло в один из портов в Бискайском заливе 7 июля. В августе рейдер № 45 («Комет») под командованием капитана 1-го ранга Роберта Эйссена начал рискованное плавание из Норвегии в Тихий океан по Северному морскому пути. Русские оказывали помощь, предоставляя лоцманов и ледоколы до Новосибирских островов, но 1 сентября они прекратили ее и предложили Эйссену повернуть обратно. Он не подчинился и прошел оставшиеся 600 миль до Берингова пролива без сопровождения и лоцманов.

Во второй половине апреля большинство подводных лодок было отозвано из Норвегии, но лишь с июня они снова стали играть заметную роль в войне против судоходства англичан. Даже в это время их число все еще оставалось ограниченным, так как ряд лодок были переведены в учебную флотилию для обучения новых экипажей.

Поэтому численность лодок боевого назначения, находившихся в строю в первые два месяца войны, – 39 – была превышена лишь в июне 1941 г. и с той поры начала увеличиваться. Летом и осенью 1940 г. в море находилось обычно от 10 до 15 подводных лодок, из них две трети в главной операционной зоне к западу от Ирландии и Шотландии, где торговые пути в Англию сходились к Северному проливу. Маршрут южнее Ирландии, ведущий к крупным портам на западе Англии, не использовался британцами, поскольку он подходил слишком близко к недавно захваченным немецким базам на северо-западе Франции. Падение Франции сократило дорогу на позиции для подводных лодок приблизительно на 250 миль, что, в свою очередь, позволило увеличить их число в этом жизненно важном районе.

Но такого числа лодок было недостаточно, чтобы контролировать все подходы к Северному проливу. На маршруте ходило еще много одиночных транспортов, представлявших собой сравнительно простые цели для подлодок. Однако, чтобы добиться больших результатов в кратчайшие сроки, необходимо было атаковать конвои, которые не имели достаточного охранения, и даже одиночная лодка имела хорошие шансы на удачную атаку. По этой причине командование подводных сил стремилось расположить лодки так, чтобы обнаруженные конвои могло бы атаковать как можно больше субмарин. В этом районе надводных патрульных сил было все еще недостаточно. Воздушное патрулирование доставляло больше неприятностей, хотя громоздкие гидросамолеты «сандерленд» обычно засекали раньше, чем они сами могли обнаружить подводные лодки.

Действия немецких лодок не обеспечивала разведывательная авиация, хотя технические возможности для этого имелись. Радиоразведке лишь изредка удавалось засечь конвои, но, изменяя расположение подводных лодок, часто удавалось определить изменение маршрутов конвоев и привлечь другие лодки для их атаки. Постоянные штормы и нехватка подводных лодок мешали добиться серьезных успехов. В начале сентября четыре субмарины, наведенные радиоразведкой на конвой, в восьмибалльный шквал смогли потопить только пять судов. Три из них потопила «U-47» (капитан-лейтенант Гюнтер Прин). После атаки у Прина осталась только одна торпеда, поэтому его направили далее на запад для разведки погоды. Обычно для такой задачи использовались две подводные лодки, хотя их было трудно выделить для этой цели. Но люфтваффе нуждались в достоверных метеорологических сведениях, и, так как изменения в погоде обычно приходят с запада, требования авиации лучше всего можно было выполнить, направив разведчиков подальше в Атлантику. В начале войны для этой цели использовались также траулеры. Позже производились попытки использовать для этого метода буи, которые автоматически передавали данные о погоде.

20 сентября Прин обнаружил конвой НХ-72, направлявшийся из Галифакса в Великобританию, и следовал за ним, пока не подошли еще пять лодок, чтобы принять участие в атаке. За две ночи они потопили 11 судов и повредили еще одно. Большого успеха удалось достичь 17–19 октября при атаке конвоя SC-7, проходившего севернее Роколла к Северному проливу. Шесть подводных лодок потопили не менее 20 судов. «U-99» (капитан-лейтенант Отто Кречмер) потопила семь из них, а «U-101» (капитан-лейтенант Фриц Фрауенхейм) – восемь. Лодки, у которых еще оставались торпеды, 19 и 20 октября атаковали конвой НХ-79 и потопили еще 12 судов. Израсходовав все торпеды, они возвратились в базу, в море остались только две лодки и еще две для разведки погоды.