Высшим органом конфедерации были Генеральные штаты. Важнейшие их полномочия были определены по акту Утрехтской унии. В компетенцию Штатов входило принятие общих для всех провинций законов, управление колониями и зависимыми от провинций землями, контроль за высшими судебными и административными учреждениями, утверждение в высших военных и административных должностях. Каждая из семи провинций располагала в Штатах только одним голосом — так обеспечивалось политическое равенство членов конфедерации. Однако на собрания съезжались делегации. С 1593 г. Генеральные штаты стали работать постоянно, заседали в них уже специальные советники. В полном составе Штаты собирались раз-два в год. В решении политических вопросов депутаты от провинций не обладали самостоятельностью, а голосовали на основе императивного мандата, т. е. соответственно предоставленнымим полномочиям.

К XVII в. Генеральные штаты сформировали собственную исполнительную структуру. Представительская и председательская роль принадлежала великому пенсионарию. Поначалу он только готовил заседания Штатов, вносил предложения по работе, а также ведал иностранными делами и текущими дипломатическими сношениями. Позднее пенсионарий стал как бы главой Республики, принимал иностранных послов, играл и роль канцлера государства. Рядом с ним в аппарате Штатов была и должность секретаря, ведавшего государственным делопроизводством.

Монархическое начало в новой государственности было представлено постом стадхаудера, наследственного в династии Оранских. Формально Объединенные провинции такого поста не знали, и стадхаудер был только в Голландии. Но поскольку это была крупнейшая провинция, роль ее правителя выросла до общегосударственной. Стадхаудеру принадлежало право участия в Генеральных штатах (без права голоса). В качестве «почетной привилегии» он занимал посты главнокомандующего, председателя Государственного совета, генерал-адмирала (с 1584 г.), считался председателем всех высших судов, назначал должностных лиц. Как «главный гарант соблюдения истинной веры» правитель имел полномочия регулировать столь важные тогда церковные дела. Стадхаудеры имели полномочия от своего имени вести внешнеполитические дела (и в XVII в. было не редкостью для Нидерландов, что внешнеполитические позиции правителя и Штатов не совпадали).

На место ликвидированных правительственных органов прежнего режима были созданы общеадминистративные советы. Формировали их Генеральные штаты. Военный советосуществлял высшее военное руководство и некоторые дела, связанные с организацией армии. Более важную роль играл Государственный совет. Теоретически именно он был правительством конфедерации. Составлялся он по своеобразному принципу на основе квот по провинциям (соответствующих доли взносов на содержание общей армии): от Голландии — трое, от Зеландии, Фрисландии и Хелдера — по двое, от других провинций — по одному советнику. В отличие от требовавшегося в Генеральных штатах единогласия дела в Совете решались большинством голосов. Однако государственные полномочия Совета постепенно сужались: вначале Штаты отстранили его от вопросов внешней политики. Созданная в 1602 г. Счетная палатасосредоточила у себя финансовые дела, ранее контролировавшиеся Советом. Фактически у Совета остались только полномочия по организации армии и по соблюдению внутренней единой торговой политики. Особыми правительственными органами были и две палаты — Посланийи Налоговая.

Организации финансов уделялось особое внимание. Помимо Счетной палаты было еще несколько должностных лиц, ведавших только финансовые дела: главный казначей, главный сборщик налогов. У каждого был собственный чиновничий аппарат с принудительными полномочиями. Общими для Республики были поземельный, поочажный (с домов) налоги и акцизный сбор. В крупнейших провинциях по портам вводились сборы на ввоз и вывоз товаров. Чеканку общегосударственной монеты обеспечивала особая Монетная палата.

Конституционно армия Республики должна была основываться на всеобщей воинской повинности и гражданской милиции. Фактически же в армии большинство составляли иностранные наемники. «Главным капитаном» армии считался стадхаудер, но военно-политические решения принимались Генеральными штатами и великим пенсионарием. Флотом руководили особые пять коллегий, образованные из прежних адмиралтейств, в том числе три в Голландии, во главе с адмиралами. Военный и торговый флот был важнейшим инструментом государственной политики Республики, поэтому коллегии находились под текущим контролем непосредственно Генеральных и провинциальных штатов.

Высшие государственные и правительственные органы были, как правило, и верховными судебными инстанциями. Так, финансовые дела, в том числе финансовые преступления, разрешались в Государственном совете. Военное командование было и высшим военным судом.

Вторым конституционным признаком конфедерации было сохранение государственной автономии провинций.Все провинции располагали самостоятельными органами власти и управления, построенными в равной степени по республиканскому и монархическому принципу. Большинство внутренних дел они решали вполне независимо от центра.

Органами власти в провинциях были представительные провинциальные штаты. Организованы они были на исторических началах по сословному принципу и по-разному в различных землях.

В Голландии(наиболее крупной провинции Республики, где жило до половины ее населения и которая обеспечивала до 60 % объединенного бюджета) штаты составлялись преимущественно из представительства дворянства и городов. Единственный «голос» от дворянства был закреплен за принцами Оранскими, а шесть других депутатов посылали магистраты больших городов. Иногда приглашались также делегаты сельских общин или небольших городов. С 1584 г. штаты разделились на южную и северную части. Но решения принимались единогласно. В следующей по размерам и по важности провинции — Зеландии— местные штаты были организованы аналогично. Реально здесь еще большее влияние принадлежало принцам Оранским, поскольку провинция была ранее их феодальным владением и даже города находились под сеньориальным главенством.