Обвинительный приговор вынесен на основании показаний трёх бывших его подчинённых: начальника 2-го отделения штаба 42-й стрелковой дивизии в звании майора, начальника 1-го отделения штаба 42-й стрелковой дивизии и его помощника (оба в звании старших лейтенантов). В силу занимаемых должностных положений, временного нахождения вне штаба дивизии они не знали и не могли знать боевой обстановки в целом, а также о всех действиях и отданных Лазаренко приказаниях по организации обороны частями дивизии, а потому не могли дать им объективных оценок.

В то же время свидетели из числа вышестоящего командования Западного фронта и командования 42-й дивизии, которые могли подтвердить или опровергнуть показания И. С. Лазаренко о его невиновности, допрошены не были. Более того, они тоже были арестованы. 22 июля 1941 года приговором Военной коллегии Верховного суда СССР на основании п. «б» ст. 193-17 и п. «б» ст. 193-20 УК РСФСР приговорены к высшей мере уголовного наказания — расстрелу — командующий Западным фронтом генерал армии Д. Г. Павлов, начальник штаба генерал-майор В. Е. Климовских, начальник связи фронта генерал-майор А. Т. Григорьев, командующий 4-й армией генерал-майор А. А. Коробков и начальник артиллерии фронта генерал-лейтенант H. A. Клич.

29 сентября 1941 года Президиумом Верховного Совета СССР прошение осуждённого И. С. Лазаренко о помиловании было удовлетворено, назначенное наказание в виде расстрела заменено 10 годами лишения свободы в исправительно-трудовых лагерях. Его этапируют в Коми в населённый пункт Кожва. О том, что приговорённый к расстрелу генерал Лазаренко в 1942 году был жив, знали лишь заключённые. Сын Лазаренко Григорий, окончив танковое училище, тоже воевал (начальник штаба отдельного танкового батальона). Когда генерала арестовали, его заставили публично перед строем отречься от отца.

Каково же было самому Ивану Сидоровичу — боевому офицеру, — прошедшему четыре войны, находиться за колючей проволокой, когда страна воюет с врагом? Он пишет новое прошение о помиловании.

Спустя год — 21 октября 1942 года — его досрочно освобождают из-под стражи и направляют в действующую армию. Восстанавливают в прежнем звании. На фронт Лазаренко прибыл в 50-ю армию на должность заместителя командира 146-й стрелковой дивизии, а в январе 1943 года переведён на должность замкомандира 413-й стрелковой дивизии.

13 октября 1943 года по поводу судьбы генерал-майора И. С. Лазаренко командующий 50-й армией генерал-лейтенант И. В. Болдин обратился к командующему Центральным фронтом генералу армии К. К. Рокоссовскому: «Особенно большую работу Лазаренко провёл в боях за станцию и посёлок Зикеево, г. Жиздра, при форсировании рек Десна, Ипать, Сож и закреплении захваченных плацдармов. В боевых операциях в 1943 году был ранен и дважды контужен. Но во всех этих случаях оставался в строю. За умелую организацию и руководство боями, проявленные в бою, личную храбрость и мужество генерал-майор Лазаренко представлен к правительственной награде. Выхожу с ходатайством о снятии судимости с генерал-майора Лазаренко». Через три дня — 16 октября — Рокоссовский красным карандашом напишет на этом обращении резолюцию: «Оформить ходатайство о снятии судимости». (Кому как не Константину Константиновичу знать, что такое снятие судимости и реабилитация. Поэтому другого решения и быть не могло.)

После столь высокой резолюции военный трибунал 50-й армии уже через неделю — 24 октября 1943 года — вынес решение о снятии судимости с генерала Лазаренко.

Необходимо сказать, что 31 июля 1957 года определением Военной коллегии Верховного суда СССР по заключению Генерального прокурора СССР приговор в отношении Д. Г. Павлова, В. Е. Климовских, А. Т. Григорьева, А. А. Коробкова и H. A. Клича был отменён, уголовное дело прекращено за отсутствием в деянии состава преступления.

…Всего восемь месяцев Иван Сидорович повоевал без клейма судимости. Погиб, командуя 369-й стрелковой дивизией Белорусского фронта, при освобождении Могилёва 25 июня 1944 года. Спустя месяц он посмертно удостоен звания Героя Советского Союза.

Но самой высокой наградой для него была бы реабилитация. Ведь снятие судимости ещё не означает реабилитацию — признания государством незаконности осуждения человека.

Самое активное участие в судьбе генерала приняли офицеры судебного управления Главной военной прокуратуры РФ. Для того чтобы понять, насколько объективно И. С. Лазаренко подвергся уголовной репрессии, были приглашены специалисты из Института военной истории Министерства обороны РФ (ныне Научно-исследовательский центр военной истории Министерства обороны Российской Федерации).

Из заключения специалистов указанного института следует, что накануне войны советское политическое руководство и командование РККА ясно понимало, что войны с Германией в самое ближайшее время не избежать. В то же время Вооружённые Силы СССР явно запаздывали с созданием исходной оборонительной группировки войск в приграничных районах, предусмотренной предвоенными планами. В связи с этим военно-политическое руководство страны было вынуждено избегать любых действий, которые могли ускорить выступление Германии, с тем чтобы выиграть время, необходимое для создания группировки войск, способной противостоять вермахту. Так, 15 мая 1941 года Генеральным штабом была издана директива, запрещающая какое-либо перемещение в пределах западных военных округов во избежание срыва плановой боевой подготовки частей и их мобилизационной готовности. Попытки командующих выдвинуть к госгранице хоть какие-то дополнительные силы жёстко пресекались.