В январе 1916 года вице-адмирал Канин получил от командования более широкие полномочия. Теперь он мог по своему усмотрению использовать новые линейные корабли и проводить неограниченные операции. Ставка ждала, что, как и при Эссене, Балтийский флот будет проявлять инициативу, однако этим надеждам не суждено было сбыться. 6 сентября 1916 года начальник Морского генерального штаба адмирал Русин представил Николаю II как Верховному главнокомандующему доклад о состоянии Балтийского флота: «Стратегическая обстановка на балтийском морском театре, определившаяся в течение 1915 года и сохраняющаяся в главнейших своих основаниях и поныне, создает для боевой деятельности нашего флота Балтийского моря крайне трудные и тяжелые условия. Несоразмерность наших материальных сил и средств с таковыми же противника передает инициативу широких морских операций в руки неприятеля и требует от нашего флота, при всякой попытке, так или иначе взять инициативу в свои руки, самого полного напряжения, высокого боевого духа и исключительной подготовленности во всех отраслях военно-морского дела… Эти обстоятельства и вытекающие из них боевые требования к флоту властно указывают на необходимость иметь и надлежащее командование флотом, обладающее исключительной волей, решимостью и проявлением широкой инициативы стратегического замысла. Только при этих условиях, требуемых исключительной по трудности обстановкой, создавшейся на театре, возможно ожидать надлежащего парирования боевых операций противника доблестным личным составом нашего Балтийского флота, высоко подготовленного многолетними трудами покойного адмирала Эссена, явившего за свое почти годовое командование флотом на войне образец тех исключительных качеств, кои необходимы командованию Балтийским флотом при столь серьезной обстановке… Между тем настоящее командование флотом Балтийского моря не обладает, к сожалению, этими необходимыми качествами, что особенно подтвердилось в итоге летней кампании 1916 года, протекавшей при довольно благоприятной для нас обстановке». Государь согласился с докладом Русина, но воздержался от его разглашения даже среди высших чинов Ставки. В тот же день Канин был отстранен от командования Балтийским флотом, став членом Государственного совета, а на его место был назначен произведенный в вице-адмиралы Андриан Иванович Непенин, на долю которого выпало лишь полгода командования Балтийским флотом.

Осенью 1916 года стал проявлять активность германский подводный флот. Субмарины заполонили Балтику и даже прорывались через наши минные позиции. По приказу адмирала Непенина только по ночам пришлось ставить новые заграждения. Потеряв на них несколько лодок, германцы прекратили свои подводные вылазки к Финскому заливу. В ночь с 28 на 29 октября 1916 года врага ждал неприятный сюрприз в виде невиданных потерь — на русском минном поле погибла почти вся германская флотилия! Из вышедших в рейд для обстрела Балтийского порта 11 новейших эсминцев в базу вернулись только 4 корабля!..

В начале 1917 года штаб Балтийского флота подготовил основные планы кампании этого года, где по-прежнему оставалась высадка десанта в Курляндию. По мнению адмирала Непенина, это позволило бы изменить ситуацию и на море, и на сухопутном фронте. Но вместе с отречением государя от престола 2 марта получил отставку и командующий флотом. Как известно, уже 4 марта 1917 года адмирал, собравшийся уезжать в Петроград, был убит выстрелом из толпы, о чем мы расскажем далее. Спустя полгода, в сентябре 1917 года, в Курляндии сосредоточился вражеский десантный корпус под командованием генерала фон Катена в количестве 25 тыс. человек.

На рассвете 11 октября 1917 года германская эскадра вышла из Либавы и направилась к острову Эзель, в бухту Тага-Лахт. Началась операция «Альбион» по захвату Моонзундских островов…

Война продолжалась, и русское правительство расходовало на её продолжение огромные средства. Но для Балтийского флота было решено новых эсминцев не закладывать до тех пор, пока не будут полностью завершены ранее принимавшиеся кораблестроительные программы.

Лишь в начале марта 1916 года правительство приняло последнюю программу военного периода, предусматривавшую поставку на фронт около 100 подводных лодок, 90 % которых так и не были построены.

Так как значение мощи подводного флота и его влияние на боевые действия на море уже не вызывало ни у кого сомнений, на создание подводных кораблей Совет министров выделил 11,6 млн золотых рублей. На эти деньги к 1919 году планировалось построить 16 субмарин, восемь из которых предполагалось Балтийскому и столько же Черноморскому флотам.

Кроме того, 12 лодок закладывались для Сибирской флотилии, в поддержку широких действий Тихоокеанскому флоту.

Военное министерство предполагало, что все лодки должны были вступить в строй до 1920 года, вне зависимости от того, завершится ли к этому времени война или нет.

Средства были выделены, и даже дошли до подрядных судостроительных организаций, которые успели даже заложить несколько лодок на верфях, но Истории было угодно так, что ни одной из них не суждено было быть спущенной на воду…

Вместе с тем в ожидании реализации проектов по строительству подводного флота в 1916 году русское правительство приобрело в Северо-Американских Соединенных Штатах у фирмы «Holland» 11 подлодок.

Между тем в марте 1916 года по плану Морского генерального штаба произошли и изменения структуры Балтийского флота. Приказом Верховного Главнокомандующего была упразднена Балтийская эскадра.

В непосредственное подчинение командующего Балтийским флотом были переданы бригады крейсеров и линкоров, минная дивизия и дивизия подводных лодок. Эсминцы были сведены в 1-й, 2-й и 3-й дивизионы минной дивизии. В 4-й дивизион вошли эсминцы типа «Охотник». 7-й дивизион передавался в состав отряда судов Або-Оландской позиции, а 8-й — в дивизион сторожевых судов. В 1-й дивизион дивизии подводных лодок вошли: «Гепард» и «Змея», затем «Волк» и «Единорог», «Барс» и «Вепрь». Во 2-й дивизион — «Пантера» и «Ягуар», «Львица» и «Тигр». 3-й и 4-й дивизионы состояли из строившихся подводных лодок, а в 5-й и 6-й входили устаревшие подводные суда.

В течение трех последующих месяцев 1916 года соответствующие корабли нашего флота продолжали минировать воды Балтики. Так, эсминцы 4-го дивизиона «Лена», «Волга» «Амур» и «Свирь» успешно выставили 1070 мин между маяками Бенгштер и Руссаре — район, являвшийся передовой минно-артиллерийской позицией, значительно укрепившийся в результате постановки мин.

На передовой минно-артиллерийской позиции, под прикрытием эсминцев «Искусный», «Ловкий» и «Молодецкий», тральщики и заградители «Молога», «Лена», «Нарова», «Волга» и «Шексна» выставили 993 мины. Не обошлось без происшествий: во время этой постановки от собственной мины погиб тральщик «№ 91».