В 1938 г. отозван в Москву и переведен в резерв назначения. В 1939 г. уволен из органов НКВД. Однако после письма на имя Л. П. Берии A. M. Коротков был восстановлен на службе в разведке: с апреля 1939 г. он — старший уполномоченный, а с мая 1939 г. — заместитель начальника 1-го (немецкого) отделения 5-го отдела ГУГБ НКВД. В этом же году он был принят в члены ВКП(б).

В конце 1939 г. выехал в загранкомандировку в Данию и Норвегию под прикрытием должности дипкурьера НКИДа.

В июле 1940 г. A. M. Коротков был направлен на месяц в Германию под прикрытием стендиста по обслуживанию советских выставок в Кенигсберге и Лейпциге для восстановления связи с особо ценными источниками, работа с которыми была законсервирована в 1936–1938 гг. В конце августа 1940 г. A. M. Коротков вновь возвращается в Берлин, на этот раз в качестве заместителя резидента легальной резидентуры под прикрытием должности 3-го секретаря полпредства СССР в Германии. Там он активизировал восстановленные связи, в частности, с Вилли Леманом(«Брайтенбах»), установил личные контакты с руководителями антифашистского подполья Харро Шульце-Бойзеном(«Старшина»), Адамом Кукхофом(«Старик»), Куртом Шумахером(«Тенор»). От этих антифашистов резидентура получала наиболее ценную информацию о подготовке Германии к нападению на Советский Союз.

В первые дни войны, когда здание советского полпредства в Берлине было блокировано гестапо, A. M. Коротков, рискуя жизнью, сумел несколько раз выехать в город для проведения встреч с агентурой, постановки задач и передачи радиостанции для связи с Центром и питания к радиостанции. Вскоре в числе интернированных сотрудников Полпредства СССР в Германии он вернулся в Москву.

С августа 1941 г. — заместитель начальника, а с октября 1941 г. — начальник 1-го отдела (разведка в Германии и на оккупированных ею территориях) 1-го управления НКВД/НКГБ СССР. Координировал операции по организации связи с агентурой, руководил подготовкой агентов-нелегалов и их выводом на территорию противника.

В 1943–1944 гг. выезжал в Тегеран и дважды в Афганистан для выполнения специальных заданий по ликвидации германской агентуры в этих странах, действуя под фамилией полковника Михайлова.

С 20 октября 1945 г. по 19 января 1946 г. находился в Берлине в качестве резидента объединенной резидентуры внешней разведки в Германии и заместителя политического советника при Главноначальствующем СВАТ.

С мая 1946 г. A. M. Коротков — начальник управления «1-Б» (нелегальная разведка) и заместитель начальника ПГУ МГБ СССР. С 29 июля 1947 г. он — начальник 4-го управления (нелегальная разведка) КИ при СМ СССР, с 19 мая 1949 г. одновременно член КИ.

С 9 сентября 1950 г. — заместитель начальника Бюро № 1 МГБ СССР по разведке и диверсиям за границей. С ноября 1952 г. — заместитель начальника ПГУ МГБ СССР и начальник управления «С» (нелегальная разведка). С марта 1953 г. — заместитель начальника, с 28 мая 1953 г. — и. о. начальника ВГУ МВД СССР. С 17 июля 1953 г. — начальник отдела HP ВГУ.

С марта 1954 г. — и. о. начальника Спецуправления (HP), врио заместителя начальника ПГУ. С 6 сентября 1955 г. — начальник Спецуправления и заместитель начальника ГГГУ КГБ при СМ СССР.

В ноябре 1956 г. A. M. Коротков был направлен в Венгрию в качестве заместителя руководителя опергруппы КГБ И. А. Серова. Участвовал в оперативно-чекистских мероприятиях по подавлению венгерского восстания, задержании активных повстанцев и изъятии оружия у населения, а также в захвате и выводе в Румынию бывшего премьер-министра Венгрии Имре Надя.

С 23 марта 1957 г. — Уполномоченный КГБ по координации и связи с МГБ и МВД ГДР, действовал под прикрытием должности советника Посольства СССР в ГДР.

Награжден орденом Ленина, шестью орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, знаком «Почетный сотрудник органов госбезопасности», чехословацким орденом «Боевой Крест 1939 г.», югославским орденом «Партизанская звезда» 1-й степени (1946), орденом ГДР «За заслуги перед Отечеством» в золоте (1958), государственными наградами Польши. В середине июня 1961 г. A. M. Коротков был срочно вызван в Москву. 27 июня на теннисном корте Московского комплекса «Динамо» во время игры с начальником ГРУ ГШ И. А. Серовым скончался от разрыва аорты. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.

15.08.1905–12.11.1974. Генерал-майор (31.05.1954). Чрезвычайный и полномочный посол (16.02.1943).Русский. Родился в Самаре в семье рабочего. Учился в церковноприходской, а после революции — в средней школе.

В 1920 г. ушел добровольцем в РККА. С мая 1920 г. — курьер амбулатории Заволжского окружного Военно-санитарного управления в Самаре. В январе 1921 г. направлен учиться на 18-е кавалерийские курсы в Самаре, однако заболел малярией и из-за этого в декабре 1921 г. был демобилизован из армии. С января 1922 г. — санитар эвакопункта, с июня по ноябрь 1922 г. — трубач 4-го отдельного дивизиона ГПУ в Самаре. С декабря 1922 г. — ремонтный рабочий 2-го участка службы пути Самаро-Златоустовской ж.-д.