С ноября 1939 г. Е. Т. Синицын — резидент внешней разведки в Хельсинки под прикрытием должности советника, а затем — поверенного в делах СССР в Финляндии. Через ценного источника резидентуры «Графа» и других агентов получил и передал в Центр информацию о решении финского руководства сорвать переговоры с СССР, о скрытой мобилизации финской армии и передислокации ее частей к советской границе, а также об эвакуации гражданского населения из района Карельского перешейка. С целью проверки информации лично выезжал в приграничную зону для визуальной разведки.

После начала советско-финской войны 30 ноября 1939 г. вместе с советской колонией был эвакуирован в СССР. По окончании войны в марте 1940 г. вновь направлен в Хельсинки под прикрытием должности поверенного в делах, с конца марта — советника дипломатического представительства, а с декабря 1940 г. — вновь поверенного в делах. За время работы резидентом наладил доверительные отношения с рядом крупных политических и общественных деятелей Финляндии («Граф», «Монах», «Ахги», «Моисей», «Адвокат»), беседы и консультации с которыми раскрывали намерения, планы и действия финских реакционных кругов против СССР.

Возглавляемый Е. Т. Синицыным разведаппарат заблаговременно информировал Центр о грубых нарушениях финскими властями положений мирного договора с СССР, выражавшихся в переброске немецких войск на север страны, о секретных военных финско-германских переговорах, направленных против СССР.

11 июня 1941 г. источник «Монах» сообщил резиденту о подписании соглашения между Германией и Финляндией об участии последней в войне против СССР.

После объявления Финляндией войны Советскому Союзу в составе советской колонии был депортирован из страны и обменен на болгаро-турецкой границе на финских дипломатов, работавших в СССР.

С октября 1941 г. находился с семьей в эвакуации в Алма-Ате, где оказывал консультативную помощь следственному отделу НКВД Казахской ССР по ряду оперативных разработок, а также совершенствовал знания по Скандинавии. По возвращении в Москву в марте 1942 г. был назначен заместителем начальника 4-го (Скандинавского) отдела 1-го управления НКВД СССР.

В августе 1943 г. назначен заместителем резидента по Финляндии в Стокгольме. Однако, поскольку из-за военных действий прямое сообщение между СССР и Швецией в то время отсутствовало, Е. Т. Синицыну пришлось добираться до места работы через Северное море и Англию, в результате он прибыл в Стокгольм лишь в начале 1944 г.

В Стокгольме Е. Т. Синицын действовал под фамилией Елисеев и прикрытием должности 1-го секретаря посольства СССР в Швеции. При содействии посла СССР в Швеции A. M. Коллонтай он предотвратил передачу германским властям арестованного в Швеции немецкого антифашиста и разведчика Эрнста Вольвебераи добился вывода его в СССР. В феврале 1944 г. участвовал в конфиденциальных переговорах A. M. Коллонтай с финским дипломатом Ю. Паасикиви о выходе Финляндии из войны и об условиях перемирия.

В сентябре 1944 г. Е. Т. Синицын направлен в Хельсинки в качестве резидента внешней разведки и одновременно заместителя политического советника Союзной Контрольной Комиссии по Финляндии, возглавляемой секретарем ЦК ВКП(б) А. А. Ждановым. На этой должности внес значительный вклад в дело демократизации страны, содействовал установлению дружеских, добрососедских отношений Советского Союза и Финляндии. С помощью находящегося на связи с Е. Т. Синицыным еще с 1939 г. «Графа» удалось раскрыть реваншистские намерения реакционных кругов, связанных с западными спецслужбами, в том числе разоблачить попытку финской и британской разведок прослушивать телефонные переговоры И. В. Сталина и А. А. Жданова по ВЧ-связи.

В мае 1945 г. по ложному доносу Е. Т. Синицын был отозван в Москву, однако после тщательного расследования, проведенного по инициативе А. А. Жданова, назначен начальником отдела скандинавских стран 1-го управления НКГБ — МГБ.

В июне 1947 г. выезжал в Финляндию для выполнения специального задания. Принимал участие в подготовке мирного договора с этой страной.

Осенью 1948 г. назначен начальником отдела КИ при СМ СССР по разведке против Западной Германии с позиций Берлина. В 1950–1952 гг. — резидент КИ в Берлине.

В 1953–1956 гг. Е. Т. Синицын — представитель МВД — КГБ СССР в Будапеште. Принимал активное участие в подавлении антикоммунистического мятежа в Венгрии.

С августа 1962 г. по апрель 1968 г. — руководитель группы советников КГБ СССР при МВД Польши, затем в центральном аппарате ПГУ. В 1969 г. назначен заместителем начальника ПГУ КГБ.

С марта 1970 г. — представитель КГБ СССР при МВД ЧССР. В 1981 г. вернулся в Москву и вышел на пенсию.