Разумеется, такое положение не устраивало. Генеральный штаб, который утверждал, что военной разведке в КИ отведено подчиненное положение. В результате в конце 1948 года министру вооруженных сил СССР Н. А. Булганину после продолжительных споров с В. М. Молотовым удалось вернуть военную разведку в состав Генерального штаба.

В том же 1948 году в состав МГБ перешли Управление советников в странах народной демократии и службы «ЕМ» и «СК». На их основе 17 октября 1949 года приказом МГБ СССР № 00333 было создано 1-е управление МГБ, на которое возлагались задачи по управлению внешней контрразведкой. Основными из этих задач были:

контрразведывательное обеспечение совколоний;

выявление и пресечение подрывной деятельности контрразведывательных органов капиталистических стран и эмигрантских центров, направленной против СССР.

Начальником 1-го управления 17 октября 1949 года был назначен Г. В. Утехин, которого 4 января 1951 года сменил С. Н. Карташов. Для выполнения поставленных перед ним задач 1-е управление имело собственные резидентуры в советских представительствах за рубежом.

Что касается КИ, то в феврале 1949 года его статус был изменен — его передали из Совета Министров СССР в ведение МИДа. Согласно приказу:

«Комитет информации не становится частью Министерства иностранных дел ни административно, ни финансово, ни организационно, оставаясь независимым учреждением. Комитет информации является секретной организацией и финансируется из специальных фондов Совета Министров СССР».

В ведении КИ оставалась политическая, экономическая и научно-техническая разведка. Новым председателем КИ после ухода В. М. Молотова с поста министра иностранных дел с 4 марта 1949 года стал его преемник в МИДе А. Я. Вышинский, а его сменил первый заместитель министра В. А. Зорин. Как и при В. Молотове, практическое руководство работой КИ осуществлял Первый заместитель А. Вышинского генерал-лейтенант Сергей Романович Савченко (с 24 августа 1949 по 2 ноября 1951 года). Структура Комитета информации при МИДе СССР включала в себя:

Первое управление (Англо-американское) — К. М. Кукин, АИ. Раина;

Второе управление (Европейское) — И. И. Агаянц;

Третье управление (Ближне- и Дальневосточное) — A. M. Отрощенко;

Четвертое управление (нелегальной разведки) — A. M. Короткое, А. А. Крохин;

Пятое управление (разведывательной информации);

Отдел НТР — Л. Р. Квасников;

Отдел «Д» — А. Г. Траур;

Отдел шифросвязи;

Отдел радиосвязи;

Отдел оперативной техники;

Отдел безопасности совколоний.

Но дни КИ, как органа внешней разведки, были сочтены. 2 ноября 1951 года во избежание ненужного параллелизма загранаппараты КИ и 1-го управления МГБ были объединены. Оставшийся после этого так называемый «маленький» Комитет информации при МИДе СССР просуществовал до 1958 года, когда, утратив функции спецслужбы, был преобразован в Управление внешнеполитической информации (уже не «при», а в структуре МИДа). Часть функций КИ перешла в Отдел информации ЦК КПСС (существовавший до 1959 года, его заведующим был Георгий Максимович Пушкин). Впрочем, дезинформация оставалась в ведении КИ (2-я служба или служба «Д», в ПГУ отдел дезинформации был образован в январе 1959 г. во главе с И. И. Агаянцем).

1 ноября 1951 года в связи с окончательной передачей разведывательных функций из Комитета информации при МИДе СССР в Министерство государственной безопасности СССР приказом МГБ № 00796 в МГБ было вновь образовано Первое главное управление (ПГУ). Возглавил его Сергей Романович Савченко, который как начальник ПГУ был назначен заместителем министра госбезопасности. Структура ПГУ МГБ стала выглядеть следующим образом:

Руководство (начальник, его заместители и Коллегия);

Секретариат;

Управление нелегальной разведки.

Географические отделы:

Англо-американский;

Латинской Америки;

стран Скандинавии и Финляндии;

Германии;

Австрии и Швейцарии;

Франции и стран Бенилюкса;

Дальневосточный (Япония и Корея);

Юго-Восточной Азии;

Ближнего и Среднего Востока.

Функциональные отделы:

научно-технической разведки;

внешней контрразведки;

«Д» (активных мероприятий);

информационно-аналитический;

шифровальный.

Позднее на базе европейских направлений (английского, германского, французского и других) было создано Управление Западной Европы ПГУ МГБ.

К концу 1951 года в структуре центрального аппарата МГБ СССР за деятельность за рубежом отвечали два подразделения: Первое главное управление (внешняя разведка) и Бюро № 1 (проведение диверсий и террора за границей).

В 1952 году руководство СССР, проанализировав первые итоги «холодной войны», внесло в деятельность МГБ некоторые коррективы. В ноябре 1952 года под руководством Иосифа Сталина состоялось заседание Комиссии по реорганизации разведывательной и контрразведывательной служб МГБ СССР.