В 17 веке иезуиты придумывают новую идею, призванную не допустить объединения русского народа и усиления влияния Русской Православной Церкви, что было бы гибельным для с трудом сколоченной Брестсткой унии (1596 г.) и трещавшей по швам Речи Посполитой. Сами униаты признают, что проект создания «Киевского Патриархата» был изобретен Ватиканом. Под этим названием имеется в виду именно католический Патриархат восточного обряда (Рим создал свои униатские «патриархаты» в противовес Православным патриаршим кафедрам — Антиохийской, Иерусалимской и др.)

В этих условиях Православные братства получают от константинопольских Патриархов права на «чрезвычайное управление Церковью», на контроль за деятельностью шатающихся в вере архиереев, церковного суда и т. п. В 1606 году Львовское Успенское Ставропигиальное братство получает право на управление Церковью на всех пределах России, вплоть до Москвы. Это происходит в пик русской смуты, когда польские оккупанты не допускают каноничного Московского Патриарха до управления Церковью.

Огромную роль сыграли братства в фактическом срыве Ватиканского плана Брестской унии — в католичество перешла только большая часть иерархии, но без духовенства и народа.

В 1666 году Ватиканская дипломатия в лице католиков-поляков наносит мощнейший удар по Русской Православной Церкви и России. Благодаря высокопрофессиональной интриге тайного католика — митрополита Газского Паисия Лигарида, пробравшегося к управлению Русской Православной Церковью, с патриаршего престола свергается Патриарх Никон, бывший одним из главных идеологов воссоединения Западной и Восточной России (именно благодаря Патриарху Никону Земский собор 1651–1653 гг. принимает решение объявить войну Польше).

Гонения и преследования, каким подверглось малорусское население в пределах Польши в религиозном и экономическом отношениях, вызвали ряд восстаний, средоточием которых явилась окраина польского государства — часть территории бывшей Киевской Руси, оккупированная поляками и названная ими Украиной. Первопричиной казацких восстаний явилась отнюдь не борьба за национальное освобождение малороссов, а лишь желание «не реестровой» части казачества стать «реестровой» — получать плату за службу польскому королю. Но одновременно с этим восстал и доведенный до предела малорусский народ. И казачество было вынуждено к нему присоединится, и, в конечном счете, возглавить.

На Переяславской Раде, состоявшейся в 1654 году и проложившей путь к созданию Единой России, Богдан Хмельницкий произнес слова о том, что Бог освободил Малую Русь от врагов «хотящими искоренити Церковь Божию, дабы и имя Русское не поминалось в земле нашей». Сказаны были также и другие слова: «Боже, утверди, Боже, укрепи, чтобы мы во веки были едино!» Через столетие последствия Переяславской Рады привели к падению Польского государства, и укреплению России. Почти все малорусские земли вернулись в лоно Единой Руси.

После Переяславской Рады и освобождения объединенным московско-запорожским войском Западной Руси царь Алексей Михайлович принимает титул «Великого князя Литовского». Казалось, что католическо-польской оккупации пришел конец, однако смерть Богдана Хмельницкого и последовавший после этого период кровавых междуусобиц под названием Руины, когда все воевали против всех, отодвинул его. Однако ни одно из антимосковских восстаний не имело самостийнической ориентации. Раздоры шли от казачьей верхушки, знати и духовенства, которые уже были ополячены и вынуждены были пойти на союз с Москвой именно потому, что не могли выступить против восставшего народа. Именно поэтому после смерти Богдана Хмельницкого многие из гетманов, духовенства и других властных лиц изменяют русскому царю и склоняют голову перед польским королем.

Те же причины во многом определяли и поведение Мазепы. Кумир украинских «самостийников», за самостийнисть и не боролся, а искал такого сюзерена, при котором и далее можно было бы ему воровать и грабить малороссов. Самостийником, как и прочие казацкие сепаратисты, он уже стал задним числом.

Одновременно смута началась и в России (чему в немалой степени способствовал митрополит Паисий Лигарид). Российская смута дестабилизировала Россию и расколола Русскую Православную Церковь. Митрополит Макарий в своей «Истории Русской Церкви» прямо утверждает, что если бы Никон остался Патриархом, то раскола бы не произошло.

Никон был сторонником сосуществования «старого» и «нового» обрядов, и он фактически достиг примирения с будущими вождями старообрядцев (в первую очередь с Нероновым).

Но проведенный под «режиссурой» Паисия Лигарида Собор 1666 года низверг Патриарха Никона и проклял старые обряды. Лигарид старался максимально рассорить примирившиеся было стороны, а Патриарха рассорить с Царем.

Показательно, что сразу после свержения Никона (1666 г.) в 1667 году с Польшей заключается Андрусовский мир, фактически спасший это государство и на целые сто лет отодвинувший воссоединение Белоруссии, Холмщины и Подолии. Согласно этому договору Речь Посполитая и Российское царство разделили между собой малорусские земли.