Ремонтные мастерские на Яве не могли обслужить так много кораблей, к тому же они сильно пострадали от бомбардировок. Так как стало невозможно выполнять ремонт и обслуживание, количество боеспособных кораблей начало сокращаться. “Стюарт”, поврежденный во время боя в проливе Бадунг, был поставлен в сухой док в Сурабае только чтобы погибнуть вместе с доком. Легкий крейсер “Тромп”, получивший 11 попаданий в надстройки и КДП в том же бою, был отправлен в Австралию на ремонт, так как на Яве его отремонтировать было просто невозможно. Эсминец “Банкерт” был полностью выведен из строя во время воздушного налета на Сурабаю 24 февраля. Эсминец “Уиппл” столкнулся с “Де Рейтером” и тоже вышел из строя. Ему временно приделали “мягкий” нос, но включить в ударное соединение конечно не могли. Эсминец “Эдсолл” был поврежден собственными глубинными бомбами, которые взорвались слишком близко к корме из-за неправильной установки взрывателей. Поэтому он мог быть использован лишь для эскортной работы, и то с ограничениями. “Марблхед” тоже нельзя было отремонтировать на Яве, и его отослали на Цейлон. “Блэк Хок” был отправлен в Австралию под эскортом эсминцев “Балмер” и “Баркер”, которым требовался немедленный ремонт. К тому же на них не осталось торпед.

Даже оставшиеся в распоряжении АБДА корабли были потрепаны. Кормовая башня “Хьюстона” была уничтожена, хотя носовые башни работали. И вообще всем кораблям Доормана требовалась профилактика. Соединение, которое должно было отразить японское вторжение на Яву было просто слабым. Ситуация была столь отчаянной, что 25 февраля генерал Уэйвелл после совещания с Вашингтоном распустил командование АБДА и возложил ответственность за оборону Явы на адмирала Хелфрича. Всеми силами — сухопутными, морскими и воздушными — теперь командовали голландские офицеры.

В отличие от союзников, японское командование, у которого под носом маячила столь богатая добыча, подготовило для вторжения огромные силы. Его планом предусматривалась высадка в 3 местах на западе Явы — в бухте Бантам, в Мераке и Эретенветане — с целью захвата Батавии. На востоке, в 100 милях к западу от Сурабаи, должна была произойти высадка в Крагане. Перед этим следовало захватить остров Бавеан в 80 милях севернее Сурабаи и установить там радиостанцию.

2 соединения прикрытия кружили южнее Явы. Это было Южное соединение адмирала Нобутакэ Кондо (Главные Силы) и Первый Мобильный Флот адмирала Нагумо (Авианосное Ударное Соединение). Последнее все еще сохраняло свою организацию после налета на Пирл-Харбор. Они располагались так, чтобы отрезать Яву от Австралии и Индии. Самолеты Нагумо выполнили свою задачу и потопили возле Чилачапа базу гидросамолетов “Лэнгли” с 32 отчаянно нужными истребителями Р-40.

Ява была очень важна для японцев из-за ее богатых запасов нефти и многочисленным нефтеперегонных заводов. Остров был самым плотно населенным регионом в мире (более 50 миллионов жителей) и являлся административным и промышленным ядром 3000-мильной цепи островов Голландской Ост-Индии. Это было сердце владений Нидерландов в Южных Морях.

Ответственность за захват Сурабаи была возложена на 48 пехотную дивизию Императорской армии, которая сражалась на Филиппинах. Она была переведена в Холо и там погрузилась на транспорты. 19 февраля дивизия вышла в море как Первое Эскортное Соединение. Конвой зашел в Баликпапан, чтобы захватить 56 полк (без подразделений, находившихся в Банджермасине) и снова вышел в море 23 февраля. 25 февраля к нему присоединилось Второе Эскортное Соединение, возглавляемое “Дзинцу” и его 9 эсминцами.

Для захвата Батавии на западе японская армия свела вместе штаб 16 армии, 2 пехотную дивизию и 230 полк 38 дивизии. Конвой из 56 судов покинул бухту Камран 18 февраля. На первом отрезке пути Третье Эскортное соединение прикрывали крейсер “Натори” и его 8 эсминцев. Когда оно подошло к 3 участкам высадки, оно получило подкрепление в виде Западного Соединения Поддержки из 4 крейсеров и 3 эсминцев, легкого крейсера “Юра” и его 8 эсминцев, легкого авианосца “Рюдзё” и баз гидросамолетов “Титосэ” и “Мидзухо”.

Командование АБДА знало о сосредоточении кораблей в Холо и получило 24 февраля правильную информацию, что несколько соединений направились на юг. Было сделано правильное заключение, что вторжение будет развиваться по двум направлениям. А вот сделать можно было мало. Разве что дождаться появления японских кораблей на горизонте, чтобы атаковать их, как позволит сложившаяся ситуация. Морские силы АБДА подвергались постоянным атакам базовой авиации с востока, севера и запада. Его воздушные силы сокращались день ото дня. Тем не менее, командование АБДА планировало использовать свои уцелевшие бомбардировщики для атаки первых же кораблей, которые будут замечены, а потом обрушить на конвой свое Объединенное Ударное Соединение.

Первым показалось японское Восточное Соединение, это были эсминцы Первого Эскортного Соединения, прикрывавшие высадку на острове Бавеан 25 февраля. Адмирал Хелфрич, командовавший всеми морскими силами на Яве, сразу приказал адмиралу Доорману сосредоточить свой флот в Сурабае, переведя туда тяжелый крейсер “Эксетер”, легкий крейсер “Перт” и эсминцы “Юпитер”, “Электра” и “Энкаунтер” из Батавии. (Легкий крейсер “Хобарт” тоже находился в Батавии, но на нем не хватало топлива, так как танкер, с которого он заправлялся, был поврежден во время воздушного налета утром 25 февраля.) Однако адмирал Доорман не стал дожидаться прибытия кораблей из Батавии. 25 февраля он использовал свои корабли в Сурабае для ночного поиска вдоль берега на запад к Мадуре, надеясь перехватить транспорты. По возвращению в Сурабаю к нему присоединилась эскадра из Батавии. В это время поступили донесения о больших конвоях к западу и востоку от Явы. Доорман приказал оставшимся в Батавии кораблям — австралийскому легкому крейсеру “Хобарт”, 2 старым крейсерам Королевского Флота “Дрэгон” и “Данае”, 2 британским эсминцам “Стюарт” и “Тенедос” и голландскому эсминцу “Эвертсен” перехватить японский конвой, находившийся, по донесениям, возле Мунтока. Корабли вышли в море в 22.00, но были возвращены в порт в 1.00 26 февраля.

27 февраля это же соединение получило приказ совершить поиск к северу от Батавии. Если до 4.30 28 февраля не будет обнаружен неприятель, ему следовало уйти через пролив Сунда в Тринкомали на Цейлоне. Все корабли кроме эсминца “Эвертсен” прибыли туда. “Эвертсен” во время шквала оторвался от эскадры, и попытался присоединиться к “Перту” и “Хьюстону”, ведущим бой в бухте Бантам. Однако его перехватили эсминцы “Муракумо” и “Сиракумо”. После ожесточенного боя голландский эсминец загорелся и выбросился на берег.