В период между первой и второй высадками американцы решили усилить гарнизон Уэйка. Но замешательство, царившее в высшем командовании после Пирл-Харбора, и полное отсутствие информации о месте нахождения Объединенного Флота привели к тому, что все замыслы провалились. Не удалось ни усилить гарнизон, ни перехватить новые десантные силы японцев. Хотя имелись 3 эскадренных авианосца, все опасались, что Уэйк — просто приманка в японской мышеловке. Страх потерять еще и 3 авианосца вдобавок к потопленным в Пирл-Харборе линкорам сковал всех.

24 Воздушная Флотилия японцев продолжала ежедневные бомбардировки Уэйка. Ее усилили самолетами с тяжелых авианосцев “Хирю” и “Сорю”. Они не устраивали засады, хотя японцы тоже понимали, что Уэйк могут отправить подкрепления. Японцы высадились на остров в предрассветном сумраке 23 декабря. Однако они имели, гораздо меньше сил, чем могли к этому времени собрать американцы. Поэтому, если американцы выказали робость и нерешительность, то японцы оказались слишком безрассудными и неподготовленными к битве, которая могли встать решающей. Японский флот выделил такое прикрытие, которое американцы, действуя энергично, могли просто раздавить.

Второе Соединение Вторжения Уэйк собралось в Руотта. Оно включало наскоро отремонтированные корабли, участвовавшие в первой попытке: легкие крейсера “Юбари”, “Тацута”, “Тэнрю”, эсминцы “Муцуки”, “Яёй”, “Оитэ”, “Мотидзуки”, 1 эсминец-транспорт, 2 транспорта. Соединение получило еще 2 эсминца: “Асанаги” и “Юнаги”, помогавший захватить Макин, а потом шаставший по Гилбертовым островам, 1 эсминец-транспорт, 1 транспорт, минный заградитель, груженый войсками авиатранспорт. К первоначальным силами СМДЧ были добавлены войска с уже захваченного Гуама, теперь было собрано около 2000 человек. Тяжелые крейсера “Кинугаса”, “Како”, “Аоба”, “Фурутака” из Соединения Вторжения Гуам были сведены в Соединение Поддержки К оперативной зоны Маршалловых островов. 24 Воздушная Флотилия была усилена 24 гидросамолетами гидроавианосца “Титосэ”. “Хирю” и “Сорю” со своими 108 самолетами, тяжелые крейсера “Тонэ” и “Тикумa”, эсминцы “Уракадзэ” и “Таникадзэ” отделились от возвращающегося после атаки Пирл-Харбора Ударного Соединения, чтобы поддержать вторую высадку на Уэйк. Они были переданы под тактическое командование 4 Флота.

Десантные силы покинули Руотта в 5.45 21 декабря. “Хирю” и “Сорю” уже находились в 200 милях на NNW от острова. 21 декабря авианосные самолеты тоже совершили налет на Уэйк, вместе с самолетами 24 Воздушной Флотилии. Контр-адмирал Кадзиока на сей раз не бросился безоглядно на штурм и не стал проводить долгого артобстрела.

Вместо этого десантники ночью в 2.20 23 декабря были посажены на баржи в 2 милях от цели. Несмотря на сопротивление, вскоре были захвачены плацдармы. В 6.00 авианосные самолеты поддержали десант, а в 6.30 гарнизон капитулировал. Десантники потеряли 140 человек, на кораблях погибли 4 человека. Были сбиты 10 японских самолетов. 3 острова Уэйка стали частью Японской империи и образовали новое звено в японском оборонительном периметре. Линии снабжения Филиппин оказались перерезаны без всяких морских боев, а японцы получили урок проведения амфибийных операций.

Тактический план вторжения на Филиппинские острова, созданный Императорской Японской армией, предусматривал высадку в нескольких местах для захвата ключевых аэродромов. Это позволило бы армии дальше действовать под постоянным воздушным прикрытием. Планировалось 8 декабря захватить остров Батан в 125 милях к северу от Лусона, чтобы самолеты оттуда могли прикрывать высадку в Апарри, намеченную на 10 декабря. Этот же план требовал захвата в тот же день острова Камгуин в 30 милях к северу от Лусона, чтобы немедленно использовать его как базу гидросамолетов для прикрытия высадки в Апарри. Сам Апарри был важен только как место создания авиабаз. Главный десант планировался в заливе Лингаен, он образовал бы северную половину клещей для Манилы. 11 декабря планировалось захватить Виган, тоже чтобы обеспечить воздушное прикрытие высадки в Лингаене.

Однако американский флот имел силы, с которыми следовало считаться. Нужно было нейтрализовать базу флота в Давао и уничтожить американскую авиацию на юге. Для этого на 8 декабря был намечен налет авианосной авиации. Через несколько дней планировалась высадка в Легаспи. Чтобы обеспечить создание южной половины клещей для Манилы на 23 декабря была намечена высадка в бухте Ламон. 20 декабря войскам, переброшенным с Палау, следовало захватить Давао. Конвой прикрывало Ударное Соединение Давао из состава Южного Флота под командованием контр-адмирала Райдзо Танаки. Затем Ударное Соединение Давао должно было захватить Холо — маленький островок к северо-востоку от Борнео. Таким образом Филиппины оказывались изолированными, а Давао и Холо обеспечивали базы и воздушное прикрытие для последующей высадки на Борнео.

Императорский флот при захвате Филиппин имел три задачи. Первая: нейтрализовать, уничтожить или рассеять американские морские и воздушные силы. Вторая: прикрыть и поддержать высадки японской армии. Третья: защитить армейские линии снабжения. Захват Филиппин был совершенно неизбежным шагом в японском наступлении на юг за стратегическим сырьем. Поэтому обязательным становилось уничтожение американских вооруженных сил на Филиппинах. Однако сами Филиппины не обладали сколь-нибудь заметными стратегическими ресурсами (возможно, за исключением меди) в количествах, необходимых Японии для ведения войны.

Адмирал Ямамото полагал, что хотя силы американцев и уступают японским, они будут использованы полностью. 8 декабря американский флот на Филиппинах имел 1 тяжелый и 1 легкий крейсера, 4 эсминца, 29 подводных лодок, 6 канонерок, 2 базы гидросамолетов, несколько вспомогательных судов. Авиация флота состояла из 32 летающих лодок PBY “Каталина”, 4 транспортных гидросамолетов Грумман “Дак”, 5 корабельных гидросамолетов “Кингфишер”. Кроме того в Таракане и Баликпапане на Борнео стояли еще 1 легкий крейсер и 9 эсминцев. Американская Дальневосточная Воздушная Армия имела к 8 декабря на Филиппинах около 34 бомбардировщиков В-17 “Летающая крепость” и 70 истребителей Р-40 “Уорхок”.