Сам много натерпевшийся от хозяйственников, он навел в батальоне самый образцовый порядок в снабжении, расквартировании людей и размещении лошадей. Тщательно готовил батальонные учения. Выбрав район учений, выезжал на рекогносцировку с каждым командиром роты, требовал от них предварительного плана действий, четкого обоснования решений. В ходе учений любил давать неожиданные вводные, часто менял обстановку, заставляя подчиненных думать и быстро находить выход из любой ситуации.

Результаты не замедлили сказаться. На первых же маневрах батальон Кондратенко был отмечен командиром корпуса. На смотре после маневров его солдаты оказались самыми опрятными и подтянутыми. Для многих в полку это так и осталось непонятным, особенно для тех командиров, которые придавали церемониалам первостепенное значение, даже в ущерб боевой подготовке. Не удивлялись только его ротные, которые хорошо знали, как умеет их командир быстро найти общий язык с солдатами, доходчиво объяснить самые сложные вопросы.

Это лето для Романа Кондратенко было особенно радостным. Как-то в Бобруйске он познакомился с дочерью местного воинского начальника Дмитрия Васильевича Потапчина, Надеждой Дмитриевной, и влюбился, что называется, с первого взгляда. Невысокого роста, хрупкая девушка понравилась ему открытым характером, простотой и доверчивостью. Она не жеманилась, как многие барышни, внимательно слушала Романа Исидоровича и радостно краснела при его появлении. Вскоре он догадался, что его любовь взаимна. Скромный и даже застенчивый по натуре, Кондратенко неожиданно для себя повел на родителей Нади настоящую атаку, и уже 18 сентября молодые повенчались.

Вскоре после женитьбы состоялось назначение Романа Исидоровича в штаб Виленского военного округа. В следующем, 1892 году за отличие в службе он был произведен в полковники.

Служба в штабе округа во многом походила на уже пройденную в управлении местной бригады. Правда, он почти не занимался мобилизационными делами, но зато больше стало частей, подлежащих проверкам. Кроме контроля боевой подготовки офицеры штаба принимали участие во всех маневрах на территории округа, как правило, в качестве посредников. Работа была живая, интересная. Роман Исидорович с удовольствием ею занимался. Скоро он стал в контрольной группе незаменимым человеком. Способствовала этому не только его работоспособность, но и высокие военные знания — результат долгих лет учения в двух академиях и самостоятельной работы.

Офицеров Генерального штаба в их группе было много, а инженер он один. В штабе округа все любили и уважали его.

Сам Кондратенко, почувствовав особое отношение к себе со стороны сотоварищей и начальников, не возгордился, а наоборот, ощутил неловкость такого положения. Он откровенно стеснялся популярности.

Службой Роман Исидорович был доволен. Только командировки нарушали налаженный быт. Надежду Дмитриевну приходилось отправлять с детьми в Бобруйск, к родным. К этому времени у них было двое детей: мальчики-погодки, Николай и Андрей. И, как нарочно, именно в это время, девяносто третий и девяносто четвертый годы, пришлось ему больше всего бывать в командировках.

В июле 1893 года Кондратенко с группой офицеров штаба направили на осмотр Днепро-Бугского канала. Командировка была незапланированной: срочно потребовался офицер, хорошо разбирающийся в инженерном деле. Кондратенко только что вернулся с прусской границы, однако поехал не раздумывая. Предстояло внимательно обследовать сооружение, оценить его с оборонной точки зрения и подготовить доклад для созданной по этому поводу комиссии.

В этой поездке очень обрадовало Романа Исидоровича посещение Киева. На Крещатике подивился городской новинке: навстречу двигался вагон конки, но… без коней, вполне самостоятельно. Да, это был первый электрический трамвай! Скоро проехал еще один. А вдоль всего проспекта тянулся длинный ряд электрических фонарей, что тоже поражало воображение.

В Киев, как и во всю Россию, вместе с электричеством бурно врывался иностранный капитал, торопясь создать себе броскую рекламу. Но тут же, на Крещатике, по канавам текла зловонная грязь, с непривычки доводящая прохожих до тошноты. Неудивительно, что второй год подряд город становился источником холерной эпидемии.

Годом раньше Роман Исидорович был с женой в Киеве, но проездом, и тогда они просто не успели рассмотреть достопримечательности города. Сейчас, побывав в знаменитом Софийском соборе, Кондратенко подробно описывал свое посещение жене:

«…Около шести часов вечера я поехал в Софийский собор, где осмотрел части его, которые мы с тобой не успели видеть: притвор, где хранится гробница Ярослава Мудрого, мощи митрополита Киевского Макария, замученного татарами, верхние приделы, лестницы, стены, покрытые живописью, изображающей сцены из великокняжеской жизни (охота на медведей, волков, вид терема с княгиней и ее приближенными).

Как-то странно видеть подобные изображения на стенах храма, но это объясняется тем, что постройки эти составляли часть великокняжеского дворца…»

Едва вернувшись из Киева, Кондратенко получает предписание явиться в Ковно для участия в ночных маневрах в качестве посредника.

Здесь впервые он увидел действие прожекторных команд. Во время ночной атаки цепи атакующих осветили прожектором. Картина производила впечатление, но выглядела несколько театрально. На разборе за общими хвалебными речами только один Кондратенко указал на ошибки в применении прожекторов, обратив внимание на то, что для большей живучести они должны светить короткое время и освещать не противника, а ориентиры, по которым надо бить.