Слава о добродетелях и мудрости этого великого отца Церкви разнеслась повсюду. Те, кто нуждался в духовном руководстве, спешили к нему за утешением и советом. Уязвленные грехами, оставив своих архиереев и духовников, стекались к Никодиму не только из скитов и монастырей, но и из разных стран и окраин, чтобы увидеть его и получить от него наставление. Этот подвиг духовного окормления вместе с обычными молитвами, бдениями и другими подвигами, которых преподобный Никодим не оставлял, подорвали здоровье старца и вынудили его укрыться в келье иконописца Киприана.

Уже незадолго до кончины он собрал трехтомный Синаксарий, истолковал каноны Господских и Богородичных праздников ("Иортодромион"), истолковал степенны Октоиха ("Новая лествица"). И наконец, написал "Исповедание моей веры" — в обличение злостных нападок, которым он подвергался со стороны некоторых неблагонамеренных монахов Афона.

Всю свою жизнь святой Никодим провел в духовных подвигах и написании душеполезных книг. Единственной заботой его было исполнять волю Божию и приносить пользу ближнему. Приняв от Господа талант, он возрастил его, как верный раб. Он не носил другой обуви, кроме лаптей, не имел ни смены одежды, ни своего жилища, но жил по всей Святой Горе, почему и назван был Святогорцем.

Почувствовав приближение кончины, преподобный вернулся в келью Скуртеосов. Он сильно ослаб, затем у него развился паралич. Готовясь к отшествию из этого мира, он исповедался, соборовался и ежедневно причащался Божественных Таин.

14 июля 1809 года блаженный Никодим предал в руки Божии душу свою, которая водворилась в селениях праведных среди преподобных и богословов, и теперь он видит лицом к лицу Того, Кому всю жизнь служил на земле и Кого прославлял в своих трудах.