Так возник заговор, инспирированный испанскими агентами и поддержанный частью местного дворянства. Жанна д’Альбре была уверена, что к этому приложила свою руку и Екатерина Медичи. Целью заговорщиков являлся захват королевы с ее детьми и изгнание протестантских проповедников. Жанна узнала об этом, когда направлялась на лечение термальными водами. Будучи противницей кровопролития, она сумела на этот раз расстроить планы заговорщиков, не прибегая к насилию, однако вскоре ей довелось столкнуться с мощной оппозицией со стороны депутатов сословного собрания Беарна. В Наварре, даже в ее французской части, традиционно было сильно испанское влияние, поэтому и там поднялось мятежное дворянство. Жанна попыталась усмирить смутьянов, послав против них вооруженный отряд, который, однако, не только не сумел исполнить ее приказ, но и лишился своего предводителя, попавшего в плен к мятежникам.

И тогда она послала в бой своего сына. Это была первая военная кампания юного Генриха Наваррского, которому тогда исполнилось всего 14 лет. В феврале 1568 года он выступил в поход, имея при себе помощником месье де Грамона, гугенота с весьма неопределенными убеждениями. Глава одного из самых знатных семейств Нижней Наварры, Грамон являлся наследственным мэром Байонны и в качестве генерального наместника управлял Беарном во время отсутствия королевы. Теперь генеральным наместником Наварры и Беарна был ее сын Генрих. В своем распоряжении он имел сравнительно немногочисленный отряд из беарнских дворян и справился с заданием без особого труда, поскольку мятежники рассеялись, не вступая в бой. Ему будто бы удалось уговорить их, прежде чем пришлось пустить в ход пушки: нескольким захваченным в плен бунтовщикам было поручено убедить своих сотоварищей сложить оружие, и победа, одержанная принцем Наваррским, оказалась полной. Возвратившись в По, он собрал народ и велел генеральному прокурору Беарна произнести на местном диалекте речь, в которой утверждалось, что ни принц, ни его мать не имеют намерения посягать на права, обычаи и свободы своих подданных, а главное — на их традиционные верования. Это было всё, чего добивались беарнцы, ответившие возгласами одобрения на обращение «своего Генриха», которого многие еще помнили босоногим мальчишкой.

Мир в Лонжюмо, подтверждавший все данные гугенотам уступки, вопреки надеждам Екатерины Медичи не успокоил мятежный дух ее подданных, но лишь на время оттянул очередную вспышку насилия. Впрочем, она и сама понимала это, не питая ни малейших иллюзий. Многим казалось удивительным, что она не держала (или по крайней мере не выражала) обиды на Жанну д’Альбре, которая вероломно покинула ее и проводила у себя в Наварре политику, шедшую вразрез с принятыми во Французском королевстве постановлениями. Снисходительность Екатерины (она даже давала понять Жанне д’Альбре, что та могла бы играть роль арбитра для обеих враждующих группировок) истолковывали по-разному, в том числе и приписывая ее слабости королевы-матери, что было совершенно ошибочно: не идя на прямой разрыв с наваррской гугеноткой, она действовала против Испании, всегда готовой приголубить обиженных владетелей Наварры и Беарна. Кроме того, она играла на чувстве династической верности Жанны, но еще больше была заинтересована в принце Наваррском, сожалея о том, что потеряла столь ценного заложника. О пророчестве Нострадамуса она не вспоминала, по крайней мере до поры до времени. В 1568 году ее посланник Ла Мотт-Фенелон настойчиво уговаривал Жанну вернуться вместе с детьми ко французскому двору. Кажущееся потепление в отношениях между королевами Генрих Наваррский использовал для того, чтобы потребовать для себя полного права на исполнение должности губернатора Гиени и, соответственно, отстранения от дел навязанного ему в годы малолетства заместителя в лице ненавистного Монлюка. Однако Жанна д’Альбре не желала ничем поступаться, и Екатерина Медичи сменила тактику.

В том же 1568 году, всего лишь несколько месяцев спустя после мира в Лонжюмо, разразилась третья Религиозная война. Католики, вдохновившись жесткими мерами, принятыми герцогом Альбой в Нидерландах, решили не таить более своей нетерпимости в отношении гугенотов и перейти в открытое наступление против них. Екатерину Медичи при этом не пришлось долго уговаривать. Возможно, ей вспомнилось, что советовал Альба во время их встречи в Байонне: надо обезглавить гугенотскую оппозицию. Конде и Колиньи сочли за благо укрыться в лесах Центрального массива, однако шпионы Екатерины и там не спускали с них глаз. Королевские отряды под командованием Гаспара Таванна получили приказ задержать обоих предводителей протестантов, однако случайно перехваченная записка содержала плохие для них новости: 23 августа 1568 года адмирал Колиньи, Конде с беременной женой и семьи находившихся в их окружении гугенотов под защитой нескольких сот солдат двинулись в направлении Ла-Рошели, главного оплота французского кальвинизма. Беглецам удалось переправиться через Луару, и 19 сентября они достигли своей цели, причем по пути их отряд существенно пополнился сторонниками. Принимались необходимые меры, чтобы выдержать долгую осаду в Ла-Рошели. Город, защищенный с суши крепостными стенами и открытый со стороны океана для судов, спешивших ему на помощь из Англии, на много десятилетий превратился в автономную державу, вдохновляемую женевским вероучением и не подчиненную центральной королевской власти.

Развернувшиеся события самым непосредственным образом затронули юного Генриха Наваррского: Екатерина Медичи распорядилась включить его вместе с Жанной д’Альбре в список тех, кого предполагалось арестовать. Верхом вероломства было то, что с этой целью она направила в По Жана де Лoса, того самого католического наставника юного Генриха, которого Антуан Бурбон в свое время назначил вместо Ла Гошри. Ему было поручено интернировать королеву Наваррскую и любым способом (уговоры, обещания, хитрость и даже прямое насилие) доставить Генриха ко двору. Однако де Лос из-за прохватившего его поноса задержался с выполнением полученного задания, и Жанна с сыном воспользовались этой задержкой: покинув По, они направились в Нерак, куда и прибыли 29 августа 1568 года. Туда же стекались и стихийно формировавшиеся для их защиты вооруженные отряды гугенотов. В Нераке Жанна узнала, что Конде и Колиньи отправились в Ла-Рошель, и она приняла важное решение, значение которого выходило за рамки чисто конфессионального вопроса, — присоединиться к Конде и Колиньи, что означало мятеж против короны и участие в гражданской войне.

Ввязавшись в вооруженный конфликт, королева Наваррская встала во главе французской Реформации, дабы защищать протестантизм, а вместе с тем и права принцев крови, прежде всего — своего сына. Главными противниками были объявлены окружавшие королеву-мать чужеземцы — лотарингцы Гизы и итальянцы. Религиозная война приобретала, таким образом, патриотический оттенок. Из королевских эдиктов, направленных на умиротворение страны, признававших определенные права как за католиками, так и протестантами, делался вывод о праве принцев решать, какого вероисповедания будут придерживаться их подданные, по примеру Священной Римской империи германской нации, в которой уже более десяти лет действовал принцип «Cujus regio, ejus religio» — «Чья страна, того и вера».

При этом если Жанна д’Альбре пыталась оправдать свою позицию тем, что она, сохраняя верность королю Франции, которого считала гарантом национального примирения, выступала против плохих советников, препятствующих умиротворению, то Мишель Лопиталь, уволенный с должности королевского канцлера, адресовал упреки непосредственно Екатерине Медичи, иезуитам, Филиппу II и, наконец, герцогу Анжуйскому, возведенному в должность генерального наместника королевства.

Контроль, осуществлявшийся Монлюком над Гиенью, был столь жестким, что Жанне д’Альбре пришлось хитрить и торопиться с отъездом, который приобрел характер бегства. Перед тем как покинуть Нерак, Жанна д’Альбре публично причастилась хлебом и вином, дабы подтвердить свою приверженность протестантизму, а затем вместе с сыном Генрихом, дочерью Екатериной и полусотней сопровождавших их дворян незаметно исчезла, предположительно 6 сентября 1568 года. Следы беглецов обнаружились 8 сентября в Тоннене, куда они прибыли, переправившись через Гаронну буквально под носом у Монлюка. Там с королевой и принцем Наваррскими встретился эмиссар королевы-матери месье де Ла Мотт-Фенелон, пытавшийся убедить их не иметь ничего общего с теми, кто «уже столько раз замышлял гибель сего королевства и дома, для коего вы имеете честь быть самыми близкими людьми».

Ему ответил, по свидетельству Жанны д’Альбре, рассказавшей о беседе с де Ла Мотт-Фенелоном в своих «Мемуарах», принц Наваррский, и этот ответ четырнадцатилетнего отрока был столь афористично ярок (это стиль самой Жанны), что вопрос о его авторстве остается открытым… Генрих будто бы сказал, что направляется в стан мятежников, дабы сэкономить материю для траурных одеяний, поскольку если принцы крови будут погибать один за другим, то им придется носить траур друг по другу, а если же они погибнут все сразу, то и не потребуется траурный убор — вот поэтому-то он и поехал к своему дяде, принцу Конде, чтобы жить и умереть вместе с ним. Когда же Ла Мотт-Фенелон упрекнул его, что они разжигают пламя пожара, который охватит всю Францию, юный принц ответил, что довольно будет одного ведра воды, чтобы потушить это пламя. Поскольку собеседник не понял его, Генрих пояснил: «Пусть кардинал Лотарингский пьет из него, пока не лопнет!» Пересказав эту беседу непримиримых противников, Жанна д’Альбре добавила, что написала об этом не ради восхваления сына и не из стремления быть его историографом. А для чего же тогда еще?