На раннем этапе следователи старались установить связи между арестованными зиновьевцами и самим Зиновьевым и его сторонниками в Москве. Впервые имена Зиновьева и Каменева в связи с этим делом были упомянуты 9 декабря [584] . В следующие дни следователи занимались выяснением связей молодых зиновьевцев с Москвой [585] . 8 декабря продолжались аресты тех, кто потом будет обвинен в принадлежности к так называемому «Московскому центру». 16 декабря были арестованы Зиновьев и Каменев [586] .

На допросах Зиновьев отрицал, что знает о каких-либо контрреволюционных организациях [587] . Ведущие следователи (Агранов и Люшков) обвиняли его в том, что он поощрял двурушничество своих сторонников после того, как сам публично отказался от контрреволюционных взглядов, однако продолжал бороться против руководства партии. В подтверждение этого предъявлялось письмо Зиновьева одному из арестованных по делу «Ленинградского центра», датированное 30 июня 1928 г. Однако Зиновьев категорически отрицал, что он вел какую-либо борьбу против партии и государства со времени своего заявления XV съезду партии в декабре 1927 г. Он признался, что знает некоторых из арестованных по делу «Ленинградского центра», однако ему не известно об их принадлежности к какой-либо контрреволюционной организации. Он закончил свои показания тем, что снимает с себя любую ответственность за «контрреволюционных выродков», которые докатились до террора.

Каменев также отказался от любых контактов с контрреволюционными организациями, а также утверждал, что ничего не знает об их деятельности [588] . Он категорически отрицал, что вел какую-либо борьбу против партии и государства. Со времен дискуссии в партии он также не вел никакой пропаганды против партийного руководства; напротив, он всячески поддерживал его. Он редко встречался с Зиновьевым и не считал, что годится на роль руководителя партии. Он добавил, что если бы он знал что-либо о контрреволюционной организации в Ленинграде, то сделал бы все возможное для того, чтобы выявить и уничтожить ее.

Тем не менее некоторые из арестованных московских зиновьевцев признавались в том, что занимались оппозиционной деятельностью после XV съезда партии. Один из них утверждал, что в целом они соглашались на то, чтобы восстановиться в партии, однако не потому, что они верили в нее, а для «обмана партии» [589] . Другой говорил о совещании зиновьевцев в сентябре 1928 г., на котором председательствовали Зиновьев и Каменев. В октябре того же года состоялось тайное совещание зиновьевцев, на котором присутствовали 35-40 оппозиционеров [590] . Упоминалось также, что Бухарин якобы предлагал в 1929 г. сформировать объединенный блок оппозиции. Однако зиновьевцы отклонили эту идею [591] . Некоторые из зиновьевцев выражали желание заменить Сталина на посту руководителя партии Зиновьевым или Каменевым. В случае если начнется война, такая смена считалась необходимой [592] . Однако в материалах следствия по делу «московских зиновьевцев» не содержится указаний на то, что они знали о каких-либо контрреволюционных организациях в Ленинграде, о планах убийства Кирова или других политических лидеров.

Обвинительное заключение против «членов» Ленинградского Центра было составлено 25 декабря и опубликовано 27 декабря [593] . Оно было подписано Л. Шейниным и А. Вышинским, который позже печально прославился как прокурор наиболее громких показательных московских процессов 1936-1938 гг. В то время Вышинский был заместителем прокурора СССР, Лев Шейнин занимал пост следователя по особо важным делам Прокуратуры СССР [594] . Обвинительное заключение было подписано и самим прокурором СССР И. А. Акуловым. 21 декабря Сталин и его ближайшие соратники встречались с Ягодой, Аграновым и другими лицами, принимавшими участие в процессе: с Акуловым, Вышинским и Ульрихом, председателем Военной Коллегии Верховного Суда СССР [595] .

Шейнин, благополучно избежавший репрессий во времена Большого террора, дал свои показания комиссии Шверника. Он заявил что хотя обвинительное заключение составлял Вышинский, однако в ходе его подготовки он при случае отправил его Сталину. Сталин прочитал заключение и откорректировал его текст. Один из самых длинных параграфов был добавлен в него по требованию Сталина. Вышинский лично сказал об этом Шейнину [596] .

Сталин якобы изменил состав «Ленинградского центра», включил в него Николаева. При этом практически никто из арестованных (и Николаев в т. ч.) никогда не говорили, что являются членами этого «центра» [597] . Предположительно Сталин добавил в обвинительное заключение одну фразу, которая придала «Ленинградскому центру» главную роль в организации убийства. Кроме того, Сталин, как полагают, отобрал для процесса из числа арестованных 14 человек, а также отредактировал сообщение прессы о данном деле [598] .

Шейнин также рассказал комиссии Шверника, что, когда он впервые увидел Николаева, у того изо рта шла пена, а взгляд был каким-то странным. Он предложил отправить Николаева на психиатрическое освидетельствование, но его предложение вызвало вспышку гнева Ежова, который обрушил на Шейнина поток оскорблений. Позднее он получил за это выговор от Акулова и Вышинского [599] . Тем не менее эта история выглядит несколько сомнительной, т. к. Шейнину, очевидно, хотелось представить себя в этом деле в наиболее благоприятном свете.

По имеющимся данным 25 декабря проект обвинительного заключения был представлен Центральному Комитету партии; позднее в этот же день он был поддержан и на заседании Политбюро [600] . На заседании присутствовали Акулов, Вышинский и Ульрих. Днем позже Вышинский и Ульрих встретились в кабинете Сталина; видимо, для того, чтобы получить окончательные инструкции по организации и проведению судебного процесса [601] . Есть предположение, что даже приговоры были заранее согласованы, отпечатаны в Москве на машинке и привезены в Ленинград лично Вышинским. Сталин потребовал от Ульриха, чтобы все обвиняемые были приговорены к смертной казни [602] .