Сделавшись игуменией, матушка Арсения, можно сказать, усугубила свои труды и подвиги. Не оставляя свой внутренний, Единому Богу ведомый подвиг, она энергично принялась за устроение обители, как с внешней стороны, так и с внутренней. И, несмотря на свои молодые годы, она сумела так расположить к себе сестер, что они не только уважали ее, но и благоговели перед нею, хотя, по смирению своему, она никогда не искала этого.

Первою заботою матушки было распространение в монастыре грамотности. Многие, поступая в монастырь, были совершенно безграмотны и лишены возможности поддерживать, укреплять свое благочестивое настроение чтением духовных книг. Игумения велела обучаться всем безграмотным сестрам, чтобы каждая из них могла прочитывать себе положенные молитвы, а в свободное время читать слово Божие и творения святых отцов. С этой же целью, собрав все разрозненные книги, принадлежащие монастырю, она составила библиотеку, дополнив ее творениями древних святоотеческих отцев, преподающих правило внутреннего делания, приобретением книг: "Добротолюбия", творений св. отцов -преподобных Варсонофия Великаго, Ефрема Сирина и других.

В 1867 году заботами матушки игумении было открыто в монастыре бесплатное четырехклассное женское училище с преподаванием в нем Закона Божиего, русского и славянского языков, географии, арифметики и русской истории.

Михаил Васильевич Себряков, не оставлявший и ранее монастырь своими пожертвованиями, теперь, когда дочь его стала настоятельницей, принимал живое участие в делах монастыря. Он помогал ему всегда, чем только мог. Конечно, и школу не оставил без внимания. На его средства были устроены небольшая библиотека и вся необходимая школьная мебель.

Первое время преподавала в школе сама матушка игумения, священники монастыря и инспектор Усть-Медведицкой гимназии Юргилевский. Когда же здоровье и силы стали изменять ей, то в училище начали заниматься монахини, воспитанные ею для этой цели. Открытие школы в монастыре встречено было общим сочувствием. Преосвященный Платон, тогдашний Донской Архипастырь, по возвращении своем из объезда епархии в 1867 году, прислал матушке игумении свое святительское благословение за благоустройство монастыря и за открытие в нем женского училища.

Надо заметить, что не знавши еще хорошо матушку Арсению, Архиепископ отнесся к ней, когда в первый раз посетил обитель, с большим недоверием, считая ее слишком молодой и неопытной в делах правления монастырем. Уезжая из обители, он высказал свое желание преобразовать монастырь в общежительный, причем половину послушниц предлагал выключить из монастыря. Матушка игумения не согласилась на это и со смирением отвечала ему, что она не имеет права высылать из монастыря тех, кого Сама Царица Небесная призвала на служение Себе, и что просит лучше снять с нее самой должность игумении, которую никогда не искала. Эти слова, сказанные молодой игуменией хотя и со смирением, но с достоинством и твердостью, невольно внушили уважение к ней Архиепископа. Он оставил мысль о преобразовании монастыря, и в последующее время своего архипастырства на Дону относился уже с полным доверием к ее правлению, сохраняя до самой смерти глубокое чувство расположения к ней.

Кроме занятий по училищу, матушка собирала к себе более способных сестер, много читала и беседовала с ними. Она желала и стремилась из каждой вверенной ее заботам послушницы устроить храм Бога Живого, причем немало пришлось ей перестрадать душою в сознании, что слово ее не всегда доступно их пониманию, а заповедь о любви к Богу и ближним совершенно чужда их сердца.

Должно быть, именно к этому времени относится то состояние духа матушки Арсении, о котором впоследствии она вспоминала в беседе со своими духовными дочерьми. "Прежде, - говорила она, - я познания ставила очень высоко и поэтому стремилась передать другим свои познания. Я тогда много говорила, желала иногда в церкви вслух всем сказать какое-нибудь полезное слово, особенно уяснившееся мне во время службы. Мне хотелось передать другим, если можно всему миру, свои познания. Я готова была взойти на колокольню и оттуда кричать всем: "Спешите, спешите, пока не кончился торг, то есть работайте над душою, пока есть случай, пока обстоятельства дают возможность потрудиться". Теперь же, - продолжала свою беседу матушка игумения, - я чувствую совсем другое. Без благодати Божией, действующей в душе и усовершающей ее, одни познания - ничто.

Потому я все меньше говорю и прихожу к такому состоянию, что не нахожу, что сказать. К этому состоянию влечется моя душа. Я молюсь за ближнего и нахожу, что это большое благо.

Так хорошо чувствуется, когда помолишься о спасении кого-либо и отдашь спасение этого человека в руки Божии".

Но хотя и не всем доступно было высокое слово матушки, не все слушали его охотно, в особенности в начале ее деятельности, но были и такие преданные, близкие ей по духу ученицы, которые не только что слово ее принимали с верою, но и жизнь свою готовы были отдать за нее. И молодая игумения, видя это, не щадила своих сил, не переставая учить и говорить. Горя неземною любовью к Богу, она всегда старалась внушить и другим эту любовь, старалась пробудить омраченную страстями и житейскими попечениями душу, возвысить ее, просветить, указать ей тот путь Евангельских заповедей, хотя тернистый и прискорбный, но единственно верный для спасения, по которому она сама шла неуклонно с юных лет и который считала главной целью жизни, тем более монашеской.

Она любила собирать к себе сестер для духовных бесед, не пропуская ни одного случая сказать им слова для пользы души. В первые годы своего игуменства она устраивала "Воскресные чтения" и беседы в трапезе, потом, когда силы ее стали слабеть, она в торжественные праздники у себя дома принимала монахинь и беседовала с ними. На праздник же Рождества Христова и Вербное Воскресение, по обычаю, издавна установившемуся в монастыре, после утрени клиросные провожали игумению с пением и зажженными свечами в ее покои. Здесь, после пения тропаря празднику, всегда говорила она им краткое, но глубоко назидательное слово.

"Я всегда люблю в праздники поделиться с вами словом, какое Господь положит мне на душу, - говорила она однажды.
– Вчера во время чтения Евангелия я как-то особенно обратила внимание на то, что Божия Матерь, слушая рассказы пастырей о явлении Ангела, возвестившего им радостную весть о рождении Спасителя мира, слагала все глаголы их в сердце Своем. Эти слова Евангелия как-то особенно запали мне в душу. И потом в течение всей земной жизни Христа Господа, думала я, Она все глаголы, свидетельствующие о Его Божестве, слагала в Своем сердце. Что же это значит? Значит, они запечатлелись в Ее сердце, остались в нем навсегда, а потому, когда Сын Ее страдал, умер на кресте, когда все оставили Его, даже апостолы, Она стояла у креста с одним из учеников, стояла не как растерзанная, убитая горестью мать, немогущая оставить Его только по жалости. Нет, Она стояла с верою, с крепкою верою, что Он - Господь, что Он воскреснет и воскресит Собою искупленный Им род человеческий. Глаголы, сложенные в сердце, укрепили Ее веру, сохранили от отчаяния. Так нужно стараться и нам воспринять в свои сердца глаголы Господа Иисуса. А мы что делаем? Мы слагаем в свои сердца какие-нибудь неприятные слова, сказанные ссорою, оскорбления, - это мы тщательно храним в нашем сердце, и потому сердце, наполненное этим, малодушно, не способно ни к чему хорошему. При малейшей неприятности воскресает все давно прошедшее, потому что оно там хранилось. А если бы в нашем сердце были глаголы Божии, то они дали бы душе мужество, крепость и силу для перенесения искушений, болезней и всего неприятного, что ни встретило бы нас. Постараемся же подражать Царице Небесной, не будем малодушны".