С детства В. П. Амалицкий отличался любовью к природе и интересом к естественным наукам, хотя успехами в гимназии особенно не выделялся. Окончив гимназию, В. П. Амалицкий поступил в Петербургский университет на физико — математический факультет, объединявший в то время все естественные науки. Уже на втором курсе он избрал своей специальностью геологию, возглавлявшуюся в университете двумя крупнейшими учеными — В. В. Докучаевым и А. А. Иностранцевым.

В 1883 году В. П. Амалицкий окончил университет со степенью кандидата и был оставлен при кафедре. Одновременно он получил от В. В. Докучаева предложение участвовать в руководимой им большой экспедиции по исследованию земель Нижегородской губернии.

В пределах Нижегородской губернии распространены преимущественно отложения пермской системы — не морские, а образовавшиеся на поверхности материков (в больших озерах и дельтах рек того времени), так называемые материковые, или континентальные, отложения. В морских отложениях обычно в изобилии встречаются раковины беспозвоночных; некоторые пласты переполнены ими. Континентальные отложения, напротив, бедны органическими остатками. Они встречаются здесь довольно редко. Там, где пласты пород вскрываются на земной поверхности, — в оврагах, обрывах долин рек, холмах, выемках дорог и т. д., или, как их называют геологи, в обнажениях, — морские пласты, содержащие ископаемые, почти всегда попадают в разрез, и ископаемые легко в них обнаруживаются. В континентальных породах участки, содержащие ископаемые, гораздо реже попадают в разрез, не вскрываются обнажениями и потому гораздо труднее доступны изучению.

Во времена В. П. Амалицкого эта особенность распространения остатков ископаемых животных в континентальных породах не была известна. Отсутствие ископаемых объяснялось тем, что эти породы якобы отлагались в условиях, непригодных для жизни, — в пустынях, мертвых озерах и т. д. Континентальные толщи назывались «мертвыми», «безжизненными», «немыми». Геологи обычно избегали изучать континентальные отложения, находили их неинтересными, не обещающими важных научных данных, хотя их загадочность в смысле происхождения и возраста неоднократно привлекала внимание исследователей.

Обширное распространение континентальных пермских пород на северо — востоке Европейской России поразило молодого В. П. Амалицкого. Его ум не мог примириться с утвердившимся мнением о мертвом, безжизненном характере пород на таких больших пространствах.

Молодой ученый смело принялся за поиски остатков ископаемых животных и растений в «пестроцветных» глинах, песчаниках и песках Окско — Волжского бассейна. Поиски увенчались успехом. В. П. Амалицкий нашел множество раковинок пресноводных моллюсков — антракозид. «Немые», «мертвые» отложения «заговорили».

В. П. Амалицкий из геолога превращается в палеонтолога. Он изучает найденные им остатки, сравнивает с описанными Ранее в других странах находками.

В 1887 году В. П. Амалицкий стал магистром геологии и хранителем Геологического кабинета Петербургского университета. В 1889 году он начал свою многолетнюю педагогическую деятельность чтением курса палеонтологии в том же университете. На следующий год В. П. Амалицкий получил кафедру геологии в Варшавском университете. В первый же год молодой профессор стал любимцем студентов.

В. П. Амалицкий совершает поездку в Вологодскую и Олонецкую губернии, продолжает исследование ископаемых моллюсков — антракозид.

В 1892 году В. П. Амалицкий защитил в Петербургском университете диссертацию на степень доктора геогнозии «Материалы к познанию фауны пермской системы России».

В. П. Амалицкий в 1894 году выехал в Англию. Там он много работал в Британском музее, изучая ископаемую фауну Южной Африки и Индии.

После этой поездки прежние догадки превратились в уверенность. В. П. Амалицкий занимается сравнением геологической истории России и Южной Африки, Австралии и Индии. Громадные расстояния между нашей страной и южными материками не смущают ученого. Он понимает, что растительность и животный мир в верхнепермское время были одинаковы на этих так удаленных друг от друга областях древней суши.

Утверждения В. П. Амалицкого показались его современникам фантастическими. Они представляли полную противоположность установившемуся мнению о резком различии животных и растений на северных и южных материках в эпоху перми. Казалось невероятным, чтобы далеко на севере, в центре северной пермской материковой области, вдруг оказалась фауна и флора, типичная для Южного полушария.

Не смущаясь отсутствием поддержки, уверенный в правильности своего прогноза, В. П. Амалицкий составляет программу исследований и немедленно приступает к ее исполнению на собственные средства. Детей у В. П. Амалицкого не было; все свободное от преподавания каникулярное время он вместе с женой проводит в исследовании пермских отложений северо — востока Европейской России. В небольшой лодке с двумя гребцами В. П. Амалицкий плавал по Сухоне, Северной Двине и Вытегре, тщательно обследуя все выходы пермских пород. Начиная с 1895 по 1898 год каждое лето В. П. Амалицкий проводил под открытым небом, ночуя под незамысловатым навесом прямо в лодке, шаг за шагом проходя сотни километров береговых обнажений.

Возвращаясь из своей экспедиции в конце лета 1895 года, В. П. Амалицкий задержался на два дня в Нижнем Новгороде. В одном из оврагов, врезавшихся в береговой обрыв, ученый заметил выступ твердого песчаника с мелкими гальками. Внимательно присматриваясь к породе, В. П. Амалицкий неожиданно обнаружил, что кроме галек песчаник содержит еще плотные скатанные обломки костей такого же темно — коричневого цвета, как и гальки. Усердные поиски дали обнадеживающий результат: было собрано несколько позвонков, обломков черепов и зубов. Эта находка очень подбодрила В. П. Амалицкого. Он вернулся в Варшаву и с нетерпением стал ожидать следующего лета, чтобы снова продолжить поиски драгоценных остатков древней жизни, затерянных в массах «немых» пестроцветных пород на берегах рек Севера.